More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2448 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_2448  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  100 
 
 
206 aa  429  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1431  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  85.44 
 
 
206 aa  376  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2910  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  77.07 
 
 
213 aa  343  1e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.348469 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3016  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  82.44 
 
 
206 aa  338  5e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2401  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  82.44 
 
 
206 aa  337  5e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.907805  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1522  translation factor SUA5  81.95 
 
 
206 aa  337  5.9999999999999996e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0107346 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2799  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  81.95 
 
 
206 aa  336  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.703819  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1666  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  81.95 
 
 
206 aa  336  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00411691  hitchhiker  0.000419541 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2720  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  81.95 
 
 
206 aa  336  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2699  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  81.95 
 
 
206 aa  336  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1464  translation factor SUA5  81.46 
 
 
206 aa  335  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1530  translation factor SUA5  81.46 
 
 
206 aa  335  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.473863  normal  0.0177509 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1645  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  75.61 
 
 
206 aa  335  3.9999999999999995e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2127  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  75.12 
 
 
206 aa  331  5e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2249  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  78.05 
 
 
206 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00409955 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1688  SUA5/YciO/YrdC/YwlC family protein  78.54 
 
 
206 aa  325  3e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3520  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  66.5 
 
 
206 aa  295  5e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003091  YrdC family protein  65.53 
 
 
206 aa  286  1e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0373896  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01241  hypothetical protein  65.85 
 
 
206 aa  286  2e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2382  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  65.85 
 
 
206 aa  286  2e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00338683  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1491  hypothetical protein  65.85 
 
 
206 aa  286  2e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02755  hypothetical protein  65.53 
 
 
206 aa  286  2e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1376  hypothetical protein  65.85 
 
 
206 aa  286  2e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1466  hypothetical protein  65.85 
 
 
206 aa  286  2e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.748024  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1866  hypothetical protein  65.85 
 
 
218 aa  285  2e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000433853 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0799  hypothetical protein  64.08 
 
 
206 aa  286  2e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01251  hypothetical protein  65.85 
 
 
206 aa  286  2e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1899  hypothetical protein  65.85 
 
 
218 aa  285  2e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000179513 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2361  hypothetical protein  65.85 
 
 
206 aa  286  2e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000273648 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2202  hypothetical protein  64.39 
 
 
206 aa  282  2.0000000000000002e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000263235 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2009  hypothetical protein  64.39 
 
 
206 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.15072  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1156  hypothetical protein  64.56 
 
 
206 aa  282  3.0000000000000004e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.860443  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2665  hypothetical protein  63.41 
 
 
206 aa  279  2e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000483919 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02286  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  62.62 
 
 
206 aa  279  2e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.271298  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0742  translation factor SUA5  62.14 
 
 
207 aa  278  4e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.102429  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1910  hypothetical protein  64.39 
 
 
206 aa  277  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.570354  hitchhiker  0.000000000000422037 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1426  hypothetical protein  64.39 
 
 
206 aa  277  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.400287  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1852  hypothetical protein  64.39 
 
 
206 aa  277  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.242218 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1847  hypothetical protein  64.39 
 
 
206 aa  277  7e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.10405  hitchhiker  0.000163651 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2310  hypothetical protein  63.41 
 
 
206 aa  276  1e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.498665  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2827  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  60.98 
 
 
206 aa  275  2e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1929  hypothetical protein  61.46 
 
 
206 aa  273  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.837202  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2040  hypothetical protein  61.46 
 
 
206 aa  273  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.698074  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2170  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  61.95 
 
 
206 aa  273  1.0000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.687264  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1608  hypothetical protein  63.9 
 
 
206 aa  273  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000536358 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1930  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  63.41 
 
 
206 aa  266  1e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1062  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.74 
 
 
206 aa  263  1e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3395  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  56.1 
 
 
210 aa  254  8e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000157314  normal  0.436667 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1719  hypothetical protein  58.05 
 
 
207 aa  252  2.0000000000000002e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1835  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  55.61 
 
 
222 aa  248  6e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.225419  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0719  translation factor SUA5  57.28 
 
 
207 aa  246  1e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.781476  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2383  putative translation factor, Sua5/YciO/YrdC/YwlC  56.8 
 
 
209 aa  246  2e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1927  hypothetical protein  57.07 
 
 
209 aa  244  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22830  SUA5/yciO/yrdC family:Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  57.07 
 
 
209 aa  244  6.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.182663 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2527  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  55.83 
 
 
207 aa  244  9e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1488  translation factor SUA5  55.61 
 
 
209 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0525499  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1413  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  54.15 
 
 
221 aa  239  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0463136  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3788  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  54.63 
 
 
221 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000128856 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4499  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  53.66 
 
 
221 aa  237  9e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.255855  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4005  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.68 
 
 
221 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000384019 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15650  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  53.66 
 
 
209 aa  234  5.0000000000000005e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.319022  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0585  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.43 
 
 
208 aa  233  1.0000000000000001e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1527  putative translation factor Sua5  51.94 
 
 
207 aa  232  2.0000000000000002e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0764912 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1876  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  52.68 
 
 
209 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1398  hypothetical protein  50.97 
 
 
206 aa  232  3e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1598  hypothetical protein  50.97 
 
 
206 aa  232  3e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1839  translation factor SUA5  52.17 
 
 
206 aa  231  4.0000000000000004e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.287256  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1811  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  55.12 
 
 
209 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3585  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  54.15 
 
 
222 aa  229  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.170467 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2017  SUA5/YciO/YrdC/YwlC family protein  55.5 
 
 
205 aa  229  3e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0720523  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2117  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  53.66 
 
 
210 aa  228  5e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00315918 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5978  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  53.66 
 
 
210 aa  228  5e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.14868  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2099  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  53.66 
 
 
210 aa  228  5e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5405  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  52.68 
 
 
210 aa  225  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.391438  normal  0.71393 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1175  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  53.17 
 
 
210 aa  226  3e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.939017  hitchhiker  0.000000660923 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2310  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  59.43 
 
 
176 aa  224  6e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0511  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  49.75 
 
 
205 aa  224  7e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.932057  normal  0.0100809 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2009  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  53.17 
 
 
210 aa  224  7e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.254165  hitchhiker  0.000210728 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2315  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  49.76 
 
 
210 aa  224  8e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0708  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  50.97 
 
 
206 aa  223  2e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.711996  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2209  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.26 
 
 
207 aa  222  3e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0516  translation factor SUA5  49.26 
 
 
207 aa  222  3e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00357682 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2136  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.68 
 
 
210 aa  221  4e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1684  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.8 
 
 
207 aa  221  4.9999999999999996e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1682  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.71 
 
 
209 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.824894  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2623  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.71 
 
 
209 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2702  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.71 
 
 
209 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2569  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.71 
 
 
209 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1457  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.71 
 
 
209 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.517648  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2184  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.71 
 
 
209 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3133  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.71 
 
 
209 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.39497  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1902  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.71 
 
 
209 aa  219  3e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1101  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  48.78 
 
 
207 aa  217  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0452  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.24 
 
 
206 aa  216  2e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.372044  normal  0.0825487 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1065  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  48.78 
 
 
215 aa  215  2.9999999999999998e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0149272  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1079  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.77 
 
 
207 aa  214  7e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0136774  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0983  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.28 
 
 
207 aa  213  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0564469 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4023  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.55 
 
 
211 aa  213  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.708283  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1795  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.12 
 
 
206 aa  213  1.9999999999999998e-54  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00222469  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1431  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.78 
 
 
230 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.928431 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>