90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3429 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3429  regulatory protein RecX  100 
 
 		 127 aa  259  1e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1127  regulatory protein RecX  85.83 
 
 		 123 aa  208  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1126  regulatory protein RecX  84.25 
 
 		 123 aa  204  2e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1197  regulatory protein RecX  84.25 
 
 		 152 aa  205  2e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2746  regulatory protein RecX  74.22 
 
 		 137 aa  190  5e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1249  regulatory protein RecX  77.78 
 
 		 163 aa  187  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.31343  unclonable  0.00000000000185024 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3125  regulatory protein RecX  76.07 
 
 		 137 aa  183  8e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3268  regulatory protein RecX  75.21 
 
 		 137 aa  182  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3116  regulatory protein RecX  74.36 
 
 		 137 aa  181  3e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1216  regulatory protein RecX  49.59 
 
 		 150 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1047  hypothetical protein  43.8 
 
 		 145 aa  110  5e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.507009 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1591  regulatory protein RecX  38.14 
 
 		 158 aa  78.6  0.00000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002520  regulatory protein RecX  37.7 
 
 		 155 aa  77.8  0.00000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03512  recombination regulator RecX  36.89 
 
 		 155 aa  75.9  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3631  regulatory protein RecX  35.34 
 
 		 149 aa  74.7  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000014201 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0997  recombination regulator RecX  33.63 
 
 		 162 aa  70.1  0.000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.297747  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3173  recombination regulator RecX  34.86 
 
 		 166 aa  68.6  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0784826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3945  recombination regulator RecX  33.94 
 
 		 166 aa  67.8  0.00000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220575  normal  0.609803 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3179  recombination regulator RecX  33.94 
 
 		 166 aa  67.8  0.00000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00424518  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2982  recombination regulator RecX  33.94 
 
 		 166 aa  67.8  0.00000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00147806  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2821  recombination regulator RecX  33.94 
 
 		 166 aa  67.8  0.00000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0625377  decreased coverage  0.00000261064 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02548  RecA regulator RecX  33.94 
 
 		 166 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00300656  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2834  recombination regulator RecX  33.94 
 
 		 166 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00753418  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1014  recombination regulator RecX  33.94 
 
 		 166 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000360041 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0991  regulatory protein RecX  33.94 
 
 		 166 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200559  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02513  hypothetical protein  33.94 
 
 		 166 aa  67.4  0.00000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00616403  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0624  regulatory protein RecX  34.45 
 
 		 152 aa  66.2  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.261265  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0071  recombination regulator RecX  37.61 
 
 		 152 aa  65.9  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2979  recombination regulator RecX  32.69 
 
 		 166 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364675  decreased coverage  0.0000769144 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2947  recombination regulator RecX  31.73 
 
 		 166 aa  64.3  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.758881  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3137  recombination regulator RecX  31.73 
 
 		 166 aa  64.3  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.598523  hitchhiker  0.000324219 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1524  recombination regulator RecX  33.93 
 
 		 153 aa  63.5  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3030  recombination regulator RecX  30.77 
 
 		 166 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00516229  hitchhiker  0.000218758 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1115  recombination regulator RecX  33.03 
 
 		 162 aa  63.2  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.082159  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17540  recombination regulator RecX  31.62 
 
 		 153 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0982  recombination regulator RecX  32.11 
 
 		 162 aa  61.6  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3212  recombination regulator RecX  32.11 
 
 		 164 aa  60.8  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.734703  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3014  recombination regulator RecX  30.77 
 
 		 166 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000680655 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1654  recombination regulator RecX  30.97 
 
 		 161 aa  58.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.931708  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38550  recombination regulator RecX  31.86 
 
 		 155 aa  58.5  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3374  recombination regulator RecX  32.74 
 
 		 187 aa  58.9  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.563147  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3239  recombination regulator RecX  32.74 
 
 		 182 aa  58.9  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00185832  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1764  recombination regulator RecX  29.91 
 
 		 150 aa  57.8  0.00000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0842  recombination regulator RecX  33.94 
 
 		 168 aa  56.6  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000969432  unclonable  0.0000000113027 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1288  regulatory protein RecX  31.62 
 
 		 156 aa  55.1  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.67081  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1051  regulatory protein RecX  30.28 
 
 		 150 aa  54.3  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0599786 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0933  regulatory protein RecX  30.28 
 
 		 150 aa  54.3  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02827  hypothetical protein  35.19 
 
 		 143 aa  54.3  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06801  hypothetical protein  35.19 
 
 		 143 aa  54.3  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1232  recombination regulator RecX  28.46 
 
 		 156 aa  53.5  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000982124 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3016  regulatory protein RecX  33.33 
 
 		 155 aa  53.5  0.0000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1764  recombination regulator RecX  29.91 
 
 		 150 aa  53.5  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1176  recombination regulator RecX  31.25 
 
 		 156 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.190547 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0355  regulatory protein RecX  32.08 
 
 		 168 aa  52  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.432012  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0882  regulatory protein RecX  36.19 
 
 		 144 aa  51.6  0.000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.119273  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0989  regulatory protein  36.19 
 
 		 144 aa  51.6  0.000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2486  regulatory protein RecX  30.25 
 
 		 137 aa  51.6  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3014  recombination regulator RecX  29.46 
 
 		 150 aa  52  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170069  hitchhiker  0.000000000000467148 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1630  recombination regulator RecX  26.83 
 
 		 156 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.993892  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0496  regulatory protein RecX  31.25 
 
 		 157 aa  51.6  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1379  recombination regulator RecX  31.25 
 
 		 155 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.111051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4087  recombination regulator RecX  26.83 
 
 		 156 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2669  regulatory protein recX  31.25 
 
 		 168 aa  50.4  0.000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2015  putative inhibitor/regulator of RecA, RecX  30 
 
 		 373 aa  49.7  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1477  recombination regulator RecX  30.7 
 
 		 163 aa  49.7  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.192923  normal  0.303181 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0925  regulatory protein RecX  32.71 
 
 		 150 aa  49.7  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1615  regulatory protein RecX  26 
 
 		 160 aa  48.9  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.384198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02847  Regulatory protein RecX  29.03 
 
 		 153 aa  47.8  0.00005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168655  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0412  recombination regulator RecX  27.97 
 
 		 258 aa  47.8  0.00005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0569  regulatory protein RecX  29.75 
 
 		 155 aa  47  0.00008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.51496 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0012  regulatory protein RecX  28.57 
 
 		 150 aa  47  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2490  recombination regulator RecX  31.09 
 
 		 269 aa  47  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4029  recombination regulator RecX  26.61 
 
 		 156 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.875431  hitchhiker  0.00000000000109696 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00148  recombination regulator RecX  33.33 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0909326  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0778  regulatory protein RecX  27.88 
 
 		 224 aa  45.8  0.0002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000705154  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0388  recX protein  27.43 
 
 		 138 aa  45.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1304  recombination regulator RecX  31.19 
 
 		 154 aa  45.4  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1733  inhibitor/regulator of recA, recX  27.14 
 
 		 373 aa  45.1  0.0004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.122628  normal  0.0971818 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3947  regulatory protein RecX  30.91 
 
 		 153 aa  45.1  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0873  regulatory protein RecX  32.43 
 
 		 158 aa  44.7  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.473072 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4032  recX protein  26.79 
 
 		 152 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5194  regulatory protein RecX  28.46 
 
 		 150 aa  43.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.910753  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1482  recombination regulator RecX  27.18 
 
 		 152 aa  43.5  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0710  regulatory protein RecX  28.8 
 
 		 149 aa  42  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1889  recombination regulator RecX  30.63 
 
 		 212 aa  41.6  0.004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2198  putative regulatory protein RecX  29.41 
 
 		 153 aa  41.2  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000131663  hitchhiker  0.0000324255 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0456  recombination regulator RecX  28.24 
 
 		 159 aa  40.8  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1289  recX protein  25.24 
 
 		 148 aa  40.8  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3352  regulatory protein RecX  29.82 
 
 		 151 aa  40.8  0.007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.121592  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4002  regulatory protein RecX  29.82 
 
 		 151 aa  40.8  0.007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.610217 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>