147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0496 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0496  regulatory protein RecX  100 
 
 		 157 aa  312  9.999999999999999e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4684  regulatory protein RecX  55.41 
 
 		 157 aa  167  7e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00211486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3955  regulatory protein RecX  55.56 
 
 		 168 aa  160  8.000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.318478  normal  0.130991 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0467  recombination regulator RecX  55.1 
 
 		 182 aa  151  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0528  recombination regulator RecX  50.33 
 
 		 156 aa  149  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00754387  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5194  regulatory protein RecX  54.9 
 
 		 150 aa  149  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.910753  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0020  regulatory protein RecX  54.55 
 
 		 150 aa  145  3e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0552  recombination regulator RecX  51.68 
 
 		 159 aa  142  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3352  regulatory protein RecX  55.56 
 
 		 151 aa  140  5e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.121592  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4002  regulatory protein RecX  55.56 
 
 		 151 aa  140  5e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.610217 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0456  recombination regulator RecX  48.99 
 
 		 159 aa  138  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0873  regulatory protein RecX  51.43 
 
 		 158 aa  137  6e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.473072 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2040  recombination regulator RecX  51.35 
 
 		 297 aa  136  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2572  recombination regulator RecX  50 
 
 		 293 aa  136  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2651  recombination regulator RecX  51.35 
 
 		 297 aa  136  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3947  regulatory protein RecX  48.92 
 
 		 153 aa  135  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2698  recombination regulator RecX  49.32 
 
 		 293 aa  135  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0472  recombination regulator RecX  48.32 
 
 		 159 aa  135  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5978  recombination regulator RecX  48.98 
 
 		 289 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.129399 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0651  recombination regulator RecX  51.35 
 
 		 285 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0710  regulatory protein RecX  53.24 
 
 		 149 aa  133  9e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0441  regulatory protein RecX  46.67 
 
 		 262 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2680  recombination regulator RecX  49.66 
 
 		 302 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.521249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4641  regulatory protein RecX  52.9 
 
 		 156 aa  131  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0644  recombination regulator RecX  49.32 
 
 		 325 aa  128  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.490193  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0569  regulatory protein RecX  44.83 
 
 		 155 aa  127  8.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.51496 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0273  recombination regulator RecX  47.95 
 
 		 327 aa  126  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0973  recombination regulator RecX  47.95 
 
 		 327 aa  126  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2673  recombination regulator RecX  47.95 
 
 		 327 aa  126  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2403  recombination regulator RecX  47.95 
 
 		 327 aa  126  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0016  recombination regulator RecX  47.95 
 
 		 327 aa  126  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0811  recombination regulator RecX  47.95 
 
 		 327 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0815  recombination regulator RecX  47.95 
 
 		 327 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.107305  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3294  regulatory protein RecX  44.97 
 
 		 235 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.808849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0672  regulatory protein RecX  45.64 
 
 		 235 aa  124  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.175014 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1832  regulatory protein RecX  44.3 
 
 		 172 aa  114  3.9999999999999997e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0346429  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1548  regulatory protein RecX  42.21 
 
 		 172 aa  110  1.0000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000023294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4151  regulatory protein RecX  45.39 
 
 		 185 aa  107  6e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2198  putative regulatory protein RecX  43.36 
 
 		 153 aa  105  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000131663  hitchhiker  0.0000324255 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0074  putative regulatory protein RecX  42.26 
 
 		 169 aa  102  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.362102 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4032  recX protein  44.78 
 
 		 152 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1524  recombination regulator RecX  42.86 
 
 		 153 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38550  recombination regulator RecX  46.67 
 
 		 155 aa  94.4  5e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1176  recombination regulator RecX  44.53 
 
 		 156 aa  92  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.190547 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1630  recombination regulator RecX  40.71 
 
 		 156 aa  91.7  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.993892  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17540  recombination regulator RecX  42.11 
 
 		 153 aa  91.7  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4087  recombination regulator RecX  40.71 
 
 		 156 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3014  recombination regulator RecX  41.38 
 
 		 150 aa  90.9  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170069  hitchhiker  0.000000000000467148 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1379  recombination regulator RecX  43.8 
 
 		 155 aa  89  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.111051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1232  recombination regulator RecX  40.56 
 
 		 156 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000982124 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1288  regulatory protein RecX  41.48 
 
 		 156 aa  85.1  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.67081  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4029  recombination regulator RecX  41.04 
 
 		 156 aa  85.5  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.875431  hitchhiker  0.00000000000109696 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1654  recombination regulator RecX  44.27 
 
 		 161 aa  84.7  4e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.931708  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1482  recombination regulator RecX  42.76 
 
 		 152 aa  83.2  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3631  regulatory protein RecX  33.1 
 
 		 149 aa  79.7  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000014201 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1047  hypothetical protein  36.57 
 
 		 145 aa  78.2  0.00000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.507009 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2979  recombination regulator RecX  36.08 
 
 		 166 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364675  decreased coverage  0.0000769144 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3030  recombination regulator RecX  35.44 
 
 		 166 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00516229  hitchhiker  0.000218758 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2947  recombination regulator RecX  36.08 
 
 		 166 aa  76.3  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.758881  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3137  recombination regulator RecX  36.08 
 
 		 166 aa  76.3  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.598523  hitchhiker  0.000324219 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1615  regulatory protein RecX  37.59 
 
 		 160 aa  73.2  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.384198  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1764  recombination regulator RecX  31.85 
 
 		 150 aa  72.8  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00148  recombination regulator RecX  36.5 
 
 		 162 aa  72.8  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0909326  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0842  recombination regulator RecX  31.68 
 
 		 168 aa  72.8  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000969432  unclonable  0.0000000113027 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3014  recombination regulator RecX  34.81 
 
 		 166 aa  71.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000680655 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0989  regulatory protein  32.61 
 
 		 144 aa  71.6  0.000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0882  regulatory protein RecX  32.61 
 
 		 144 aa  71.6  0.000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.119273  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02548  RecA regulator RecX  34.18 
 
 		 166 aa  70.9  0.000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00300656  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0991  regulatory protein RecX  34.18 
 
 		 166 aa  70.9  0.000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200559  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02513  hypothetical protein  34.18 
 
 		 166 aa  70.9  0.000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00616403  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2834  recombination regulator RecX  34.18 
 
 		 166 aa  70.9  0.000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00753418  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1014  recombination regulator RecX  34.18 
 
 		 166 aa  70.9  0.000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000360041 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1764  recombination regulator RecX  31.11 
 
 		 150 aa  70.1  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3945  recombination regulator RecX  34.18 
 
 		 166 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220575  normal  0.609803 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2982  recombination regulator RecX  34.18 
 
 		 166 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00147806  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3179  recombination regulator RecX  34.18 
 
 		 166 aa  69.3  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00424518  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2821  recombination regulator RecX  34.18 
 
 		 166 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0625377  decreased coverage  0.00000261064 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3239  recombination regulator RecX  29.05 
 
 		 182 aa  68.2  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00185832  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0388  recX protein  38.93 
 
 		 138 aa  67.8  0.00000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0925  regulatory protein RecX  38.52 
 
 		 150 aa  67.4  0.00000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0624  regulatory protein RecX  36.09 
 
 		 152 aa  67  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.261265  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3374  recombination regulator RecX  29.75 
 
 		 187 aa  67  0.00000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.563147  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1477  recombination regulator RecX  34.56 
 
 		 163 aa  65.9  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.192923  normal  0.303181 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1289  recX protein  32.06 
 
 		 148 aa  65.5  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0933  regulatory protein RecX  39.06 
 
 		 150 aa  63.9  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1051  regulatory protein RecX  39.06 
 
 		 150 aa  63.9  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0599786 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3173  recombination regulator RecX  32.89 
 
 		 166 aa  63.5  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0784826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03512  recombination regulator RecX  33.11 
 
 		 155 aa  63.5  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1249  regulatory protein RecX  30.56 
 
 		 163 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.31343  unclonable  0.00000000000185024 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1049  regulatory protein RecX  31.51 
 
 		 206 aa  62  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00125006  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0071  recombination regulator RecX  33.8 
 
 		 152 aa  62  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1591  regulatory protein RecX  32.86 
 
 		 158 aa  61.2  0.000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1216  regulatory protein RecX  29.93 
 
 		 150 aa  61.2  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002520  regulatory protein RecX  29.73 
 
 		 155 aa  60.8  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0982  recombination regulator RecX  28.86 
 
 		 162 aa  60.8  0.000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1167  hypothetical protein  25.66 
 
 		 160 aa  60.5  0.000000009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.254719 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0355  regulatory protein RecX  36 
 
 		 168 aa  58.5  0.00000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.432012  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0012  regulatory protein RecX  33.33 
 
 		 150 aa  58.5  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2746  regulatory protein RecX  31.25 
 
 		 137 aa  58.9  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0997  recombination regulator RecX  28.86 
 
 		 162 aa  57.8  0.00000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.297747  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>