131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0456 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0456  recombination regulator RecX  100 
 
 		 159 aa  319  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0472  recombination regulator RecX  97.48 
 
 		 159 aa  312  9.999999999999999e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0552  recombination regulator RecX  82.69 
 
 		 159 aa  268  2e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0528  recombination regulator RecX  64 
 
 		 156 aa  201  5e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00754387  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0467  recombination regulator RecX  66.01 
 
 		 182 aa  200  5e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0441  regulatory protein RecX  57.75 
 
 		 262 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2572  recombination regulator RecX  55.41 
 
 		 293 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2040  recombination regulator RecX  52.67 
 
 		 297 aa  161  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2651  recombination regulator RecX  52.67 
 
 		 297 aa  161  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5978  recombination regulator RecX  55.48 
 
 		 289 aa  161  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.129399 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2698  recombination regulator RecX  54.73 
 
 		 293 aa  160  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3294  regulatory protein RecX  54.23 
 
 		 235 aa  160  8.000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.808849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2680  recombination regulator RecX  52.67 
 
 		 302 aa  159  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.521249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0672  regulatory protein RecX  53.52 
 
 		 235 aa  159  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.175014 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0651  recombination regulator RecX  53.33 
 
 		 285 aa  159  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0273  recombination regulator RecX  51.7 
 
 		 327 aa  156  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0973  recombination regulator RecX  51.7 
 
 		 327 aa  156  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2673  recombination regulator RecX  51.7 
 
 		 327 aa  156  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2403  recombination regulator RecX  51.7 
 
 		 327 aa  156  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0811  recombination regulator RecX  51.7 
 
 		 327 aa  156  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0815  recombination regulator RecX  51.7 
 
 		 327 aa  156  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.107305  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0016  recombination regulator RecX  51.7 
 
 		 327 aa  156  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0644  recombination regulator RecX  50.34 
 
 		 325 aa  149  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.490193  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0496  regulatory protein RecX  48.99 
 
 		 157 aa  138  3.9999999999999997e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0873  regulatory protein RecX  47.55 
 
 		 158 aa  134  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.473072 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3352  regulatory protein RecX  48.61 
 
 		 151 aa  133  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.121592  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4641  regulatory protein RecX  46.62 
 
 		 156 aa  133  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4002  regulatory protein RecX  48.61 
 
 		 151 aa  133  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.610217 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3955  regulatory protein RecX  44.76 
 
 		 168 aa  129  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.318478  normal  0.130991 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4684  regulatory protein RecX  46.15 
 
 		 157 aa  128  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00211486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0074  putative regulatory protein RecX  42.86 
 
 		 169 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.362102 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0020  regulatory protein RecX  43.66 
 
 		 150 aa  125  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5194  regulatory protein RecX  45.99 
 
 		 150 aa  122  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.910753  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0569  regulatory protein RecX  40.69 
 
 		 155 aa  118  3e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.51496 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4151  regulatory protein RecX  42.55 
 
 		 185 aa  115  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2198  putative regulatory protein RecX  43.36 
 
 		 153 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000131663  hitchhiker  0.0000324255 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3947  regulatory protein RecX  42.96 
 
 		 153 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0710  regulatory protein RecX  40.58 
 
 		 149 aa  98.2  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1548  regulatory protein RecX  36.88 
 
 		 172 aa  94.4  5e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000023294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1832  regulatory protein RecX  36.6 
 
 		 172 aa  90.9  6e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0346429  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1630  recombination regulator RecX  34.48 
 
 		 156 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.993892  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4087  recombination regulator RecX  34.48 
 
 		 156 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1289  recX protein  36.62 
 
 		 148 aa  82  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3014  recombination regulator RecX  36 
 
 		 150 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170069  hitchhiker  0.000000000000467148 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1232  recombination regulator RecX  33.79 
 
 		 156 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000982124 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00148  recombination regulator RecX  38.93 
 
 		 162 aa  81.3  0.000000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0909326  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4029  recombination regulator RecX  33.1 
 
 		 156 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.875431  hitchhiker  0.00000000000109696 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1524  recombination regulator RecX  33.1 
 
 		 153 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4032  recX protein  33.57 
 
 		 152 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1379  recombination regulator RecX  34.97 
 
 		 155 aa  77.8  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.111051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1288  regulatory protein RecX  39.31 
 
 		 156 aa  77.4  0.00000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.67081  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17540  recombination regulator RecX  32.86 
 
 		 153 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38550  recombination regulator RecX  35.95 
 
 		 155 aa  75.9  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1482  recombination regulator RecX  36.62 
 
 		 152 aa  73.9  0.0000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3631  regulatory protein RecX  32.89 
 
 		 149 aa  73.9  0.0000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000014201 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1176  recombination regulator RecX  34.46 
 
 		 156 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.190547 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1477  recombination regulator RecX  37.32 
 
 		 163 aa  73.6  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.192923  normal  0.303181 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1047  hypothetical protein  35.88 
 
 		 145 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.507009 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002520  regulatory protein RecX  30.82 
 
 		 155 aa  66.6  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03512  recombination regulator RecX  31.51 
 
 		 155 aa  66.2  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0925  regulatory protein RecX  35.04 
 
 		 150 aa  63.9  0.0000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1615  regulatory protein RecX  30.56 
 
 		 160 aa  63.9  0.0000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.384198  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1764  recombination regulator RecX  32.09 
 
 		 150 aa  63.2  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1764  recombination regulator RecX  32.09 
 
 		 150 aa  62.8  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3212  recombination regulator RecX  26.62 
 
 		 164 aa  62.8  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.734703  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1304  recombination regulator RecX  31.72 
 
 		 154 aa  62.4  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1654  recombination regulator RecX  35.71 
 
 		 161 aa  62.4  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.931708  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2979  recombination regulator RecX  30.19 
 
 		 166 aa  62.4  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364675  decreased coverage  0.0000769144 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0071  recombination regulator RecX  33.58 
 
 		 152 aa  62.8  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1115  recombination regulator RecX  28.29 
 
 		 162 aa  62.4  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.082159  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3137  recombination regulator RecX  30.19 
 
 		 166 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.598523  hitchhiker  0.000324219 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2947  recombination regulator RecX  30.19 
 
 		 166 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.758881  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2486  regulatory protein RecX  37.5 
 
 		 137 aa  61.6  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1216  regulatory protein RecX  31.82 
 
 		 150 aa  62  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1591  regulatory protein RecX  32.88 
 
 		 158 aa  61.2  0.000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3030  recombination regulator RecX  30.14 
 
 		 166 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00516229  hitchhiker  0.000218758 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3014  recombination regulator RecX  29.56 
 
 		 166 aa  60.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000680655 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0989  regulatory protein  27.74 
 
 		 144 aa  60.5  0.000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0882  regulatory protein RecX  27.74 
 
 		 144 aa  60.5  0.000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.119273  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0842  recombination regulator RecX  30.82 
 
 		 168 aa  60.5  0.000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000969432  unclonable  0.0000000113027 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3173  recombination regulator RecX  30.2 
 
 		 166 aa  58.5  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0784826  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0982  recombination regulator RecX  26.97 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0012  regulatory protein RecX  32.17 
 
 		 150 aa  58.2  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0388  recX protein  32.17 
 
 		 138 aa  57.4  0.00000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1249  regulatory protein RecX  26.57 
 
 		 163 aa  57  0.00000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.31343  unclonable  0.00000000000185024 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0221  regulatory protein RecX  34.27 
 
 		 152 aa  56.6  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02827  hypothetical protein  33.82 
 
 		 143 aa  56.2  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06801  hypothetical protein  33.82 
 
 		 143 aa  56.2  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2982  recombination regulator RecX  28.68 
 
 		 166 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00147806  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2821  recombination regulator RecX  28.68 
 
 		 166 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0625377  decreased coverage  0.00000261064 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3179  recombination regulator RecX  28.68 
 
 		 166 aa  56.2  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00424518  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3945  recombination regulator RecX  28.68 
 
 		 166 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220575  normal  0.609803 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02548  RecA regulator RecX  28.68 
 
 		 166 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00300656  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0991  regulatory protein RecX  28.68 
 
 		 166 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200559  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0624  regulatory protein RecX  32.85 
 
 		 152 aa  55.5  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.261265  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02513  hypothetical protein  28.68 
 
 		 166 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00616403  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2834  recombination regulator RecX  28.68 
 
 		 166 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00753418  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1014  recombination regulator RecX  28.68 
 
 		 166 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000360041 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3239  recombination regulator RecX  26.11 
 
 		 182 aa  53.1  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00185832  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1733  inhibitor/regulator of recA, recX  28.29 
 
 		 373 aa  52.4  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.122628  normal  0.0971818 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>