123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0778 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0778  regulatory protein RecX  100 
 
 		 224 aa  455  1e-127  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000705154  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07470  hypothetical protein  35 
 
 		 233 aa  85.5  6e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0298056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10730  hypothetical protein  36.64 
 
 		 177 aa  84.7  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0103312  unclonable  0.00000000098721 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1615  regulatory protein RecX  30.83 
 
 		 160 aa  75.9  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.384198  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1618  regulatory protein RecX  33.06 
 
 		 225 aa  70.9  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.0000117054  hitchhiker  0.000000000911842 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1764  recombination regulator RecX  34.04 
 
 		 150 aa  67  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1482  recombination regulator RecX  31.73 
 
 		 152 aa  65.9  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0624  regulatory protein RecX  33.57 
 
 		 152 aa  65.5  0.0000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.261265  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1477  recombination regulator RecX  32 
 
 		 163 aa  65.5  0.0000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.192923  normal  0.303181 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1764  recombination regulator RecX  32.62 
 
 		 150 aa  65.1  0.0000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0071  recombination regulator RecX  30.16 
 
 		 152 aa  63.5  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3631  regulatory protein RecX  33.07 
 
 		 149 aa  63.2  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000014201 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1249  regulatory protein RecX  29.2 
 
 		 163 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.31343  unclonable  0.00000000000185024 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00148  recombination regulator RecX  36.36 
 
 		 162 aa  62.8  0.000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0909326  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17540  recombination regulator RecX  31.85 
 
 		 153 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0355  regulatory protein RecX  28.23 
 
 		 168 aa  61.2  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.432012  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1379  recombination regulator RecX  29.23 
 
 		 155 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.111051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1288  regulatory protein RecX  27.21 
 
 		 156 aa  60.5  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.67081  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1216  regulatory protein RecX  29.92 
 
 		 150 aa  60.1  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1524  recombination regulator RecX  31.85 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0710  regulatory protein RecX  26.67 
 
 		 149 aa  59.7  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1654  recombination regulator RecX  24.64 
 
 		 161 aa  59.3  0.00000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.931708  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1197  regulatory protein RecX  35.21 
 
 		 152 aa  58.9  0.00000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3974  recombination regulator RecX  30.81 
 
 		 191 aa  58.9  0.00000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2629  transcriptional regulator for RecA  28.23 
 
 		 220 aa  57.8  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.916509 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002520  regulatory protein RecX  27.7 
 
 		 155 aa  57  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11880  regulatory protein RecX  28.67 
 
 		 159 aa  57  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000829523  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2178  recombination regulator RecX  28.49 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03512  recombination regulator RecX  29.23 
 
 		 155 aa  56.2  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0925  regulatory protein RecX  33.8 
 
 		 150 aa  55.8  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4029  recombination regulator RecX  27.97 
 
 		 156 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.875431  hitchhiker  0.00000000000109696 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2135  recombination regulator RecX  32.19 
 
 		 183 aa  55.5  0.0000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.964085  hitchhiker  0.00278139 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3014  recombination regulator RecX  29.77 
 
 		 150 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170069  hitchhiker  0.000000000000467148 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0661  regulatory protein RecX  24.42 
 
 		 225 aa  54.3  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2148  recombination regulator RecX  32.19 
 
 		 183 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2194  recombination regulator RecX  32.19 
 
 		 183 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0540009 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2421  recombination regulator RecX  26.09 
 
 		 184 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.47552  normal  0.0671144 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1232  recombination regulator RecX  27.08 
 
 		 156 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000982124 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1176  recombination regulator RecX  25.36 
 
 		 156 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.190547 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0073  regulatory protein RecX  28.77 
 
 		 253 aa  53.5  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1889  recombination regulator RecX  27.89 
 
 		 212 aa  53.9  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2490  recombination regulator RecX  33.66 
 
 		 269 aa  53.1  0.000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4032  recX protein  30.56 
 
 		 152 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2486  regulatory protein RecX  31.01 
 
 		 137 aa  52.4  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1832  regulatory protein RecX  31.21 
 
 		 210 aa  52.4  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000237613  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38550  recombination regulator RecX  23.36 
 
 		 155 aa  52.8  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1630  recombination regulator RecX  25.5 
 
 		 156 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.993892  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3737  regulatory protein RecX  36.11 
 
 		 154 aa  52  0.000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0221  regulatory protein RecX  30.2 
 
 		 152 aa  52  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0989  regulatory protein  30.38 
 
 		 144 aa  52  0.000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0882  regulatory protein RecX  30.38 
 
 		 144 aa  52  0.000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.119273  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0388  recX protein  28.23 
 
 		 138 aa  51.6  0.000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4087  recombination regulator RecX  26.57 
 
 		 156 aa  51.6  0.000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1474  regulatory protein RecX  28.57 
 
 		 152 aa  51.2  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00176584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3632  regulatory protein RecX  34.72 
 
 		 156 aa  51.2  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0406  recombination regulator RecX  30.15 
 
 		 178 aa  50.4  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.678141  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1080  regulatory protein RecX  27.01 
 
 		 167 aa  50.8  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.34554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1051  regulatory protein RecX  25 
 
 		 150 aa  50.4  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0599786 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0933  regulatory protein RecX  25 
 
 		 150 aa  50.4  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1115  recombination regulator RecX  32.35 
 
 		 162 aa  50.1  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.082159  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3212  recombination regulator RecX  31.16 
 
 		 164 aa  49.7  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.734703  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1220  recombination regulator RecX  28.87 
 
 		 199 aa  49.7  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.401061  normal  0.253487 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1426  regulatory protein RecX  29.37 
 
 		 220 aa  48.9  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.032748 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3116  regulatory protein RecX  27.35 
 
 		 137 aa  48.5  0.00008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3125  regulatory protein RecX  26.45 
 
 		 137 aa  48.1  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3268  regulatory protein RecX  26.45 
 
 		 137 aa  48.1  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0672  hypothetical protein  25 
 
 		 267 aa  47  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.564441  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3177  regulatory protein RecX  26.15 
 
 		 163 aa  47.4  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4386  hypothetical protein  31.94 
 
 		 105 aa  47.4  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.684002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2746  regulatory protein RecX  28.1 
 
 		 137 aa  47.4  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1353  regulatory protein RecX  29.5 
 
 		 214 aa  47  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3117  regulatory protein RecX  27.86 
 
 		 229 aa  47.4  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000463252  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2961  regulatory protein RecX  27.56 
 
 		 227 aa  47  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00629613  hitchhiker  0.0000594153 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3918  regulatory protein RecX  28 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02548  RecA regulator RecX  31.34 
 
 		 166 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00300656  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0991  regulatory protein RecX  31.34 
 
 		 166 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200559  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2834  recombination regulator RecX  31.34 
 
 		 166 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00753418  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2982  recombination regulator RecX  31.34 
 
 		 166 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00147806  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1014  recombination regulator RecX  31.34 
 
 		 166 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000360041 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2821  recombination regulator RecX  31.34 
 
 		 166 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0625377  decreased coverage  0.00000261064 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3179  recombination regulator RecX  31.34 
 
 		 166 aa  46.6  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00424518  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02513  hypothetical protein  31.34 
 
 		 166 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00616403  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3945  recombination regulator RecX  31.34 
 
 		 166 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220575  normal  0.609803 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0703  regulatory protein RecX  27.27 
 
 		 204 aa  46.2  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3016  regulatory protein RecX  23.78 
 
 		 155 aa  45.8  0.0006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0842  recombination regulator RecX  27.63 
 
 		 168 aa  45.8  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000969432  unclonable  0.0000000113027 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3159  regulatory protein RecX  24.41 
 
 		 154 aa  45.4  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.975837  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1047  hypothetical protein  27.2 
 
 		 145 aa  45.1  0.0008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.507009 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1509  regulatory protein RecX  25.93 
 
 		 151 aa  45.1  0.0009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.99842  normal  0.151917 
 
 
-
 
NC_002950  PG0157  regulatory protein RecX  25 
 
 		 161 aa  45.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1645  recombination regulator RecX  28.57 
 
 		 165 aa  45.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1289  recX protein  27.82 
 
 		 148 aa  45.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3292  regulatory protein RecX  24.82 
 
 		 163 aa  44.3  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0108519  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1127  regulatory protein RecX  42.86 
 
 		 123 aa  44.3  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3173  recombination regulator RecX  29.01 
 
 		 166 aa  45.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0784826  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2669  regulatory protein recX  30.2 
 
 		 168 aa  43.5  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1582  regulatory protein RecX  30.83 
 
 		 357 aa  43.9  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.57271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1126  regulatory protein RecX  42.86 
 
 		 123 aa  44.3  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3239  recombination regulator RecX  31.4 
 
 		 182 aa  43.9  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00185832  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02827  hypothetical protein  26.77 
 
 		 143 aa  43.9  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>