136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3016 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3016  regulatory protein RecX  100 
 
 		 155 aa  323  5e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0925  regulatory protein RecX  40.48 
 
 		 150 aa  98.6  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03512  recombination regulator RecX  46.03 
 
 		 155 aa  98.6  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3631  regulatory protein RecX  40.16 
 
 		 149 aa  97.1  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000014201 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002520  regulatory protein RecX  45.24 
 
 		 155 aa  96.3  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1654  recombination regulator RecX  35.51 
 
 		 161 aa  93.2  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.931708  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1482  recombination regulator RecX  37.76 
 
 		 152 aa  89.7  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0071  recombination regulator RecX  38.85 
 
 		 152 aa  88.6  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02847  Regulatory protein RecX  36.62 
 
 		 153 aa  88.2  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168655  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0355  regulatory protein RecX  35.71 
 
 		 168 aa  84.3  5e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.432012  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1288  regulatory protein RecX  36.15 
 
 		 156 aa  83.6  9e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.67081  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3212  recombination regulator RecX  44.32 
 
 		 164 aa  82.4  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.734703  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0624  regulatory protein RecX  34.11 
 
 		 152 aa  82.8  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.261265  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1115  recombination regulator RecX  33.97 
 
 		 162 aa  81.3  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.082159  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0842  recombination regulator RecX  33.99 
 
 		 168 aa  80.5  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000969432  unclonable  0.0000000113027 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1764  recombination regulator RecX  34.35 
 
 		 150 aa  80.5  0.000000000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1764  recombination regulator RecX  32.82 
 
 		 150 aa  78.6  0.00000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38550  recombination regulator RecX  32.17 
 
 		 155 aa  78.6  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1216  regulatory protein RecX  32.28 
 
 		 150 aa  77.4  0.00000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1630  recombination regulator RecX  32.62 
 
 		 156 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.993892  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1477  recombination regulator RecX  33.86 
 
 		 163 aa  76.6  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.192923  normal  0.303181 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4087  recombination regulator RecX  32.62 
 
 		 156 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1232  recombination regulator RecX  32.62 
 
 		 156 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000982124 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1289  recX protein  35.51 
 
 		 148 aa  74.3  0.0000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0982  recombination regulator RecX  30.52 
 
 		 162 aa  73.9  0.0000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1049  regulatory protein RecX  31.91 
 
 		 206 aa  73.6  0.0000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00125006  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1176  recombination regulator RecX  31.21 
 
 		 156 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.190547 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1982  hypothetical protein  34.04 
 
 		 411 aa  72  0.000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00280445 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17540  recombination regulator RecX  32.09 
 
 		 153 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1615  regulatory protein RecX  33.6 
 
 		 160 aa  71.2  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.384198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1524  recombination regulator RecX  31.91 
 
 		 153 aa  70.9  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0989  regulatory protein  34.51 
 
 		 144 aa  70.5  0.000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0882  regulatory protein RecX  34.51 
 
 		 144 aa  70.5  0.000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.119273  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0569  regulatory protein RecX  34.97 
 
 		 155 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.51496 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3014  recombination regulator RecX  30.99 
 
 		 150 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170069  hitchhiker  0.000000000000467148 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00148  recombination regulator RecX  31.25 
 
 		 162 aa  68.6  0.00000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0909326  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3239  recombination regulator RecX  40.91 
 
 		 182 aa  68.2  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00185832  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3374  recombination regulator RecX  40.91 
 
 		 187 aa  68.2  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.563147  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0933  regulatory protein RecX  34.15 
 
 		 150 aa  67  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1051  regulatory protein RecX  34.15 
 
 		 150 aa  67  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0599786 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02548  RecA regulator RecX  32.48 
 
 		 166 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00300656  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0991  regulatory protein RecX  32.48 
 
 		 166 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200559  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3945  recombination regulator RecX  32.48 
 
 		 166 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220575  normal  0.609803 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2834  recombination regulator RecX  32.48 
 
 		 166 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00753418  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2982  recombination regulator RecX  32.48 
 
 		 166 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00147806  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1014  recombination regulator RecX  32.48 
 
 		 166 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000360041 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02513  hypothetical protein  32.48 
 
 		 166 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00616403  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1379  recombination regulator RecX  29.61 
 
 		 155 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.111051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3116  regulatory protein RecX  38.95 
 
 		 137 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4032  recX protein  29.79 
 
 		 152 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1249  regulatory protein RecX  30.15 
 
 		 163 aa  64.7  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.31343  unclonable  0.00000000000185024 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3179  recombination regulator RecX  32.48 
 
 		 166 aa  64.7  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00424518  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2821  recombination regulator RecX  32.48 
 
 		 166 aa  64.3  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0625377  decreased coverage  0.00000261064 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1591  regulatory protein RecX  37.88 
 
 		 158 aa  63.9  0.0000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2947  recombination regulator RecX  30.57 
 
 		 166 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.758881  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3137  recombination regulator RecX  30.57 
 
 		 166 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.598523  hitchhiker  0.000324219 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3125  regulatory protein RecX  37.89 
 
 		 137 aa  63.5  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3268  regulatory protein RecX  37.89 
 
 		 137 aa  63.5  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2015  putative inhibitor/regulator of RecA, RecX  29.45 
 
 		 373 aa  62.4  0.000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1047  hypothetical protein  33.33 
 
 		 145 aa  62.8  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.507009 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2979  recombination regulator RecX  30.57 
 
 		 166 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364675  decreased coverage  0.0000769144 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3173  recombination regulator RecX  32.39 
 
 		 166 aa  62.8  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0784826  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0997  recombination regulator RecX  27.56 
 
 		 162 aa  62  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.297747  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4029  recombination regulator RecX  27.66 
 
 		 156 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.875431  hitchhiker  0.00000000000109696 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1733  inhibitor/regulator of recA, recX  29.17 
 
 		 373 aa  61.6  0.000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.122628  normal  0.0971818 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3030  recombination regulator RecX  31.65 
 
 		 166 aa  61.6  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00516229  hitchhiker  0.000218758 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1304  recombination regulator RecX  34.92 
 
 		 154 aa  60.8  0.000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0651  recombination regulator RecX  35.04 
 
 		 285 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0388  recX protein  34.38 
 
 		 138 aa  60.1  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3014  recombination regulator RecX  29.94 
 
 		 166 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000680655 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2746  regulatory protein RecX  34.69 
 
 		 137 aa  60.5  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0012  regulatory protein RecX  30.3 
 
 		 150 aa  58.5  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02827  hypothetical protein  30.95 
 
 		 143 aa  58.9  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06801  hypothetical protein  30.95 
 
 		 143 aa  58.9  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1197  regulatory protein RecX  28.68 
 
 		 152 aa  57.4  0.00000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0710  regulatory protein RecX  30.94 
 
 		 149 aa  57  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0496  regulatory protein RecX  30.43 
 
 		 157 aa  56.6  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0273  recombination regulator RecX  31.88 
 
 		 327 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0973  recombination regulator RecX  31.88 
 
 		 327 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2673  recombination regulator RecX  31.88 
 
 		 327 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2403  recombination regulator RecX  31.88 
 
 		 327 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0811  recombination regulator RecX  31.88 
 
 		 327 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0815  recombination regulator RecX  31.88 
 
 		 327 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.107305  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0016  recombination regulator RecX  31.88 
 
 		 327 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2572  recombination regulator RecX  32.12 
 
 		 293 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1746  regulatory protein RecX  28.36 
 
 		 221 aa  55.5  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0135931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5978  recombination regulator RecX  32.12 
 
 		 289 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.129399 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0406  recombination regulator RecX  32.33 
 
 		 178 aa  53.5  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.678141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2698  recombination regulator RecX  32.33 
 
 		 293 aa  53.5  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2198  putative regulatory protein RecX  32.56 
 
 		 153 aa  52.8  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000131663  hitchhiker  0.0000324255 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0644  recombination regulator RecX  30.71 
 
 		 325 aa  52.8  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.490193  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3737  regulatory protein RecX  28.24 
 
 		 154 aa  52.8  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3632  regulatory protein RecX  27.07 
 
 		 156 aa  52  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2486  regulatory protein RecX  29.69 
 
 		 137 aa  51.6  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07470  hypothetical protein  32.91 
 
 		 233 aa  51.2  0.000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0298056  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0552  recombination regulator RecX  31.3 
 
 		 159 aa  50.4  0.000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3429  regulatory protein RecX  32.32 
 
 		 127 aa  50.4  0.000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1127  regulatory protein RecX  32.63 
 
 		 123 aa  49.7  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2010  regulatory protein RecX  27.78 
 
 		 151 aa  50.1  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.71121 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3947  regulatory protein RecX  30.15 
 
 		 153 aa  49.3  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>