28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_5006 on replicon NC_010683
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010683  Rpic_5006  lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 		 136 aa  279  1e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0840995  normal  0.821315 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1938  lytic transglycosylase catalytic  61.25 
 
 		 438 aa  103  7e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0154763 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4498  lytic transglycosylase, catalytic  56.47 
 
 		 404 aa  102  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0873  lytic transglycosylase, catalytic  58.97 
 
 		 599 aa  99.8  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1265  lytic transglycosylase catalytic  59.72 
 
 		 407 aa  96.7  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.254605 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1239  lytic transglycosylase, catalytic  58.33 
 
 		 404 aa  94.7  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1337  lytic transglycosylase catalytic  58.33 
 
 		 408 aa  94.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545884  normal  0.0328335 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1355  lytic transglycosylase, catalytic  58.33 
 
 		 408 aa  94.4  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0669029  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5454  hypothetical protein  32.03 
 
 		 424 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.131248  decreased coverage  0.00950425 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0210  type IV secretion system protein VirB9  36.84 
 
 		 266 aa  52.4  0.000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.332036  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5238  hypothetical protein  31.31 
 
 		 437 aa  50.4  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.413163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4251  hypothetical protein  30.38 
 
 		 375 aa  48.9  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.86 
 
 		 270 aa  48.5  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5546  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.56 
 
 		 291 aa  47.8  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0259324 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6570  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  32.91 
 
 		 293 aa  46.2  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0787  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.76 
 
 		 270 aa  45.1  0.0003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5456  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  25.88 
 
 		 268 aa  44.7  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0200156 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4757  hypothetical protein  31.68 
 
 		 506 aa  43.9  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6212  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.09 
 
 		 277 aa  43.5  0.0009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0737983 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  33.78 
 
 		 269 aa  43.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4172  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  35.14 
 
 		 269 aa  42.7  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.403674  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0219  type IV secretion system protein, VirB9  30.12 
 
 		 270 aa  42.4  0.002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  33.78 
 
 		 269 aa  42  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1527  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.41 
 
 		 293 aa  41.6  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5192  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.41 
 
 		 293 aa  41.6  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0164987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6300  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  23.91 
 
 		 303 aa  41.2  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0177  hypothetical protein  29.87 
 
 		 250 aa  40.4  0.007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1104  hypothetical protein  28.95 
 
 		 260 aa  40.4  0.008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>