22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4251 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007901  Rfer_4251  hypothetical protein  100 
 
 		 375 aa  752    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5238  hypothetical protein  27.12 
 
 		 437 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.413163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5454  hypothetical protein  27.36 
 
 		 424 aa  109  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.131248  decreased coverage  0.00950425 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4757  hypothetical protein  30.34 
 
 		 506 aa  90.1  5e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5006  lytic transglycosylase catalytic  30.86 
 
 		 136 aa  51.2  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0840995  normal  0.821315 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9813  type IV secretion protein AvhB9  30.88 
 
 		 269 aa  47.4  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4439  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.95 
 
 		 267 aa  46.6  0.0007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0177  hypothetical protein  34.21 
 
 		 250 aa  45.8  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4557  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  30.77 
 
 		 269 aa  45.8  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.630159  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4253  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  29.07 
 
 		 270 aa  45.8  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5236  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.28 
 
 		 290 aa  45.4  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.385034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6399  P-type conjugative transfer protein VirB9  31.88 
 
 		 269 aa  45.1  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.474869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2275  P-type conjugative transfer protein TrbG  30.26 
 
 		 266 aa  45.1  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.210021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2258  PilL domain-containing protein  33.77 
 
 		 199 aa  44.3  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0159  hypothetical protein  32.89 
 
 		 250 aa  44.3  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1978  PilL domain-containing protein  33.77 
 
 		 189 aa  44.3  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00413738  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2174  PilL domain-containing protein  33.77 
 
 		 189 aa  44.3  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.000606761  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0657  PilL domain-containing protein  33.77 
 
 		 189 aa  44.3  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4755  Conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  31.33 
 
 		 255 aa  44.3  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1611  PilL domain-containing protein  33.77 
 
 		 189 aa  44.3  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.150849  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0873  lytic transglycosylase, catalytic  26.74 
 
 		 599 aa  43.9  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0310  conjugal transfer protein TrbG/VirB9/CagX  28.79 
 
 		 343 aa  43.1  0.009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>