223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3547 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3547  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  100 
 
 
248 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3044  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  83.47 
 
 
250 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.606644 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2407  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  79.84 
 
 
250 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.724875  normal  0.178587 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3314  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  74.6 
 
 
249 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36538  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4752  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  71.77 
 
 
250 aa  367  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.696402  normal  0.613072 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2449  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  72.18 
 
 
250 aa  365  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.340238  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1426  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  68.95 
 
 
250 aa  359  2e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.267833 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4550  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  50.2 
 
 
253 aa  230  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.840101  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4069  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  49.39 
 
 
253 aa  228  7e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.117594  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4436  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  48.99 
 
 
253 aa  226  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0113118  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7459  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  48.77 
 
 
251 aa  209  3e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3792  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  50.21 
 
 
246 aa  209  4e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.782544 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2320  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  49.8 
 
 
249 aa  209  5e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.305277 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1793  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  45.9 
 
 
249 aa  201  8e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.158339  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6538  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  49.6 
 
 
255 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1349  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  45.53 
 
 
255 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.198025 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2554  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  41.34 
 
 
256 aa  160  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0436  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  37.05 
 
 
258 aa  159  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0895  phosphodiesterase-like  40.16 
 
 
256 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1378  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  37.5 
 
 
236 aa  150  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2532  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  34.68 
 
 
241 aa  142  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2026  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  35.48 
 
 
241 aa  141  8e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.353201  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1122  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  36.29 
 
 
241 aa  139  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1166  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  34.98 
 
 
246 aa  135  5e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.640174  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1123  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  34.98 
 
 
246 aa  135  5e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.34942  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2203  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.39 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0251  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  37.89 
 
 
256 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1773  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  34.68 
 
 
239 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0747849  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2476  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  37.01 
 
 
258 aa  132  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  normal  0.0557438 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2735  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  39.29 
 
 
251 aa  128  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3143  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  35.42 
 
 
257 aa  125  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0910478 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1576  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  35.51 
 
 
239 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.585017  normal  0.351153 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3104  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  36.11 
 
 
255 aa  119  4.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3733  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30 
 
 
281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000178181  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2785  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.47 
 
 
253 aa  115  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.879557  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0136  cytosolic glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.53 
 
 
257 aa  110  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0289  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.64 
 
 
467 aa  109  4.0000000000000004e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000460879  normal  0.30528 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1047  hypothetical protein  30.56 
 
 
282 aa  108  8.000000000000001e-23  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.708325 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1587  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  27.31 
 
 
369 aa  79.3  0.00000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1405  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.63 
 
 
243 aa  65.1  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000995679  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0949  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.48 
 
 
259 aa  65.1  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.886696  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3080  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.52 
 
 
250 aa  64.3  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.943179  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18890  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.53 
 
 
266 aa  63.9  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.231649  normal  0.337181 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1636  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.95 
 
 
627 aa  62.8  0.000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.41391 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0606  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.57 
 
 
239 aa  62.4  0.000000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3042  hypothetical protein  34.45 
 
 
260 aa  62  0.000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2900  hypothetical protein  33.61 
 
 
260 aa  61.6  0.00000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0543  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.15 
 
 
328 aa  60.5  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1744  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.3 
 
 
219 aa  60.5  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1999  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  27.46 
 
 
276 aa  60.1  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0328  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.77 
 
 
296 aa  59.3  0.00000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.710358 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0424  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.1 
 
 
245 aa  59.3  0.00000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0420  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.1 
 
 
247 aa  59.3  0.00000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3412  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  35.33 
 
 
258 aa  57.8  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1160  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.34 
 
 
237 aa  58.2  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0258  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30 
 
 
242 aa  57.4  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1652  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.11 
 
 
247 aa  57.4  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0300286  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06395  lycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.16 
 
 
250 aa  57.8  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1581  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.02 
 
 
236 aa  56.6  0.0000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.565806  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3486  Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase- like protein  33.56 
 
 
281 aa  56.6  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.016661  normal  0.0522309 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1204  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  25.58 
 
 
286 aa  55.5  0.0000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0060  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  24.84 
 
 
240 aa  54.7  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0078  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.58 
 
 
232 aa  53.9  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06765  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.31 
 
 
236 aa  53.5  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1178  glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.77 
 
 
245 aa  53.5  0.000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.814209 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1345  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  23.27 
 
 
231 aa  53.5  0.000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.42834  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2312  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.34 
 
 
244 aa  53.1  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1686  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.17 
 
 
273 aa  52.8  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000482632  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1397  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  24.17 
 
 
227 aa  52.4  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0069  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.38 
 
 
235 aa  51.6  0.00001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.571737  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5496  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  27.22 
 
 
241 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.779081  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3495  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.49 
 
 
247 aa  51.6  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.464671 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0444  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  35.24 
 
 
220 aa  51.6  0.00001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.517917  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2174  hypothetical protein  31.01 
 
 
271 aa  51.2  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.328239  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3673  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.14 
 
 
330 aa  51.6  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0320  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.05 
 
 
299 aa  51.6  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0237  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  27.22 
 
 
331 aa  52  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.128374 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1285  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative  27.72 
 
 
248 aa  50.8  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000464019  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0133  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.82 
 
 
252 aa  50.8  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902771  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1117  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  24.85 
 
 
231 aa  51.2  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.14837  normal  0.407637 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5454  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  26.25 
 
 
241 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1167  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  27.19 
 
 
233 aa  50.4  0.00002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.485039  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1260  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  38.46 
 
 
228 aa  51.2  0.00002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6463  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.29 
 
 
236 aa  50.4  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.705439 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000853  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.31 
 
 
239 aa  51.2  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0629  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  30.08 
 
 
623 aa  50.8  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.544167  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0212  hypothetical protein  25.93 
 
 
587 aa  51.2  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1776  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.74 
 
 
247 aa  51.2  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000170657  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0218  hypothetical protein  25.93 
 
 
587 aa  51.2  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.381171  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1811  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.74 
 
 
247 aa  51.2  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00873752  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4708  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  30.08 
 
 
623 aa  50.8  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.831779 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0957  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  24.85 
 
 
247 aa  50.1  0.00003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0266  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  28.17 
 
 
247 aa  49.7  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0337  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  35.14 
 
 
245 aa  49.7  0.00004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0220885  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0569  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  36.89 
 
 
227 aa  50.1  0.00004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2052  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.73 
 
 
491 aa  49.7  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3887  glycerophosphodiester phosphodiesterase  26.67 
 
 
241 aa  49.7  0.00004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.477333  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19720  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.33 
 
 
260 aa  49.3  0.00006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.893566  normal  0.0200163 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0586  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.88 
 
 
240 aa  49.3  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0869814 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1170  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.15 
 
 
222 aa  49.3  0.00006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>