221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3044 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3044  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  100 
 
 
250 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.606644 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2407  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  90.8 
 
 
250 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.724875  normal  0.178587 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3547  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  83.47 
 
 
248 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3314  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  76.71 
 
 
249 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36538  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4752  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  71.89 
 
 
250 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.696402  normal  0.613072 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2449  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  70.97 
 
 
250 aa  363  1e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.340238  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1426  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  69.76 
 
 
250 aa  361  7.0000000000000005e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.267833 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4069  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  52.63 
 
 
253 aa  235  6e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.117594  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4436  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  52.23 
 
 
253 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0113118  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4550  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  52.23 
 
 
253 aa  231  9e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.840101  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2320  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  54.62 
 
 
249 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.305277 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3792  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  51.85 
 
 
246 aa  213  1.9999999999999998e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.782544 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7459  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  49.18 
 
 
251 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1793  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  47.95 
 
 
249 aa  202  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.158339  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6538  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  50 
 
 
255 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.584107 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1349  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  47.15 
 
 
255 aa  196  3e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.198025 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2026  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  39.11 
 
 
241 aa  160  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.353201  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0895  phosphodiesterase-like  40.62 
 
 
256 aa  158  9e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2554  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  41.02 
 
 
256 aa  158  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0436  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  36.9 
 
 
258 aa  157  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1378  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  39.92 
 
 
236 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1166  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  38.27 
 
 
246 aa  150  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.640174  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1123  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  38.27 
 
 
246 aa  150  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.34942  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2203  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.06 
 
 
246 aa  142  5e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2532  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  35.74 
 
 
241 aa  137  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1122  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  37.1 
 
 
241 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1773  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  36.63 
 
 
239 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0747849  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3143  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  37.08 
 
 
257 aa  132  6e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0910478 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0251  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  37.25 
 
 
256 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3733  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.14 
 
 
281 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000178181  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2735  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  39.68 
 
 
251 aa  127  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1576  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  35.51 
 
 
239 aa  126  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.585017  normal  0.351153 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2476  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  34.25 
 
 
258 aa  123  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  normal  0.0557438 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2785  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  34.73 
 
 
253 aa  118  9e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.879557  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1047  hypothetical protein  31.75 
 
 
282 aa  117  9.999999999999999e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.708325 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3104  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  36.11 
 
 
255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0136  cytosolic glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  34.26 
 
 
257 aa  113  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0289  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.06 
 
 
467 aa  106  3e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000460879  normal  0.30528 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1587  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  27.49 
 
 
369 aa  74.3  0.000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3042  hypothetical protein  36.89 
 
 
260 aa  69.7  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2900  hypothetical protein  36.07 
 
 
260 aa  69.7  0.00000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0606  glycerophosphodiester phosphodiesterase  33.76 
 
 
239 aa  69.3  0.00000000005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3080  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.17 
 
 
250 aa  66.2  0.0000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.943179  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18890  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.33 
 
 
266 aa  64.3  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.231649  normal  0.337181 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0949  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.63 
 
 
259 aa  64.3  0.000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.886696  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0629  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  33.33 
 
 
623 aa  59.7  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.544167  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4708  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  33.33 
 
 
623 aa  59.7  0.00000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.831779 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1652  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  35.56 
 
 
247 aa  58.9  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0300286  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1405  glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.38 
 
 
243 aa  58.2  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000995679  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0504  glycerophosphodiester phosphodiesterase (glycerophosphoryl diester phosphodiesterase)  33.33 
 
 
623 aa  57.4  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3412  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  38.61 
 
 
258 aa  57.8  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06395  lycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.94 
 
 
250 aa  57.4  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1686  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.07 
 
 
273 aa  57  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000482632  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0658  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  32.52 
 
 
611 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0502  glycerophosphodiester phosphodiesterase (glycerophosphoryl diester phosphodiesterase)  32.52 
 
 
623 aa  56.6  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0505  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.52 
 
 
623 aa  56.6  0.0000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0648  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  32.52 
 
 
623 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00338315 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0591  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  32.52 
 
 
611 aa  56.2  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0718  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  32.52 
 
 
623 aa  55.8  0.0000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0560  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family protein  32.52 
 
 
623 aa  55.8  0.0000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1744  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.94 
 
 
219 aa  55.8  0.0000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2052  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  38 
 
 
491 aa  55.5  0.0000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0543  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.04 
 
 
328 aa  55.1  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0258  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.96 
 
 
242 aa  54.7  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1167  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.3 
 
 
233 aa  54.7  0.000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.485039  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1160  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.55 
 
 
237 aa  54.7  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1636  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.59 
 
 
627 aa  53.9  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.41391 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000853  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.88 
 
 
239 aa  54.3  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0424  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.27 
 
 
245 aa  53.9  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0420  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  29.88 
 
 
247 aa  54.7  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6463  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  27.07 
 
 
236 aa  53.9  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.705439 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3495  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.1 
 
 
247 aa  54.3  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.464671 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0683  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  36.3 
 
 
238 aa  53.5  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06765  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.72 
 
 
236 aa  53.5  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0188  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  39.81 
 
 
227 aa  53.5  0.000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.620509 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0212  hypothetical protein  28.03 
 
 
587 aa  53.1  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0218  hypothetical protein  28.03 
 
 
587 aa  53.1  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.381171  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0078  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.11 
 
 
232 aa  52.8  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2312  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  29.34 
 
 
244 aa  52.4  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1178  glycerophosphodiester phosphodiesterase  27.97 
 
 
245 aa  52.4  0.000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.814209 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0444  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  37.5 
 
 
220 aa  52  0.000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.517917  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1581  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  38.1 
 
 
236 aa  52  0.00001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.565806  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0893  Glycerophosphodiester phosphodiesterase  30.13 
 
 
245 aa  51.2  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  0.0736212 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3486  Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase- like protein  31.72 
 
 
281 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.016661  normal  0.0522309 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2174  hypothetical protein  34.48 
 
 
271 aa  51.2  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.328239  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30830  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  31.06 
 
 
265 aa  51.2  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2740  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  33.74 
 
 
243 aa  51.2  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.932941  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1397  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  24.58 
 
 
227 aa  50.8  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1886  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  35.19 
 
 
235 aa  50.4  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.572243 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1260  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  35.65 
 
 
228 aa  50.1  0.00003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0337  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  35.14 
 
 
245 aa  50.1  0.00004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0220885  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1204  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  23.39 
 
 
286 aa  49.7  0.00005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0060  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  25.62 
 
 
240 aa  49.7  0.00005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0069  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  30.63 
 
 
235 aa  49.3  0.00006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.571737  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1285  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase, putative  27.43 
 
 
248 aa  48.9  0.00007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000464019  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1285  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.89 
 
 
222 aa  48.9  0.00007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2733  putative glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  25.9 
 
 
287 aa  48.9  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011648  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1170  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  28.89 
 
 
222 aa  48.9  0.00008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2347  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  32.28 
 
 
276 aa  48.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.154261 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0646  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  49.25 
 
 
319 aa  48.1  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.716757  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>