257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1111 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1111  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 
251 aa  495  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0589091  normal  0.717046 
 
 
-
 
NC_003296  RS00880  aldolase protein  63.2 
 
 
267 aa  259  2e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0143693  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0109  HpcH/HpaI aldolase  43.5 
 
 
259 aa  199  5e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0113  HpcH/HpaI aldolase  43.5 
 
 
259 aa  199  5e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2588  HpcH/HpaI aldolase  46.19 
 
 
258 aa  198  6e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0901158  hitchhiker  0.00712215 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0585  HpcH/HpaI aldolase  45.24 
 
 
259 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170473  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2673  HpcH/HpaI aldolase  45.02 
 
 
258 aa  192  4e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4781  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  46.38 
 
 
259 aa  186  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.131567  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0716  putative aldolase  45.31 
 
 
253 aa  167  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0565774 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6953  HpcH/HpaI aldolase  43.78 
 
 
259 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3089  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  38.89 
 
 
256 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0555789  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3135  HpcH/HpaI aldolase  37.71 
 
 
254 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1540  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  37.5 
 
 
264 aa  118  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09360  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase, HpcH/HpaI family  40.09 
 
 
258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4475  HpcH/HpaI aldolase  36.29 
 
 
273 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000552793 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3014  putative aldolase protein  33.6 
 
 
250 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1595  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  32.47 
 
 
255 aa  104  1e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3740  HpcH/HpaI aldolase  33.6 
 
 
250 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1457  HpcH/HpaI aldolase  39.49 
 
 
279 aa  103  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.270951 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0115  HpcH/HpaI aldolase  33.06 
 
 
263 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1241  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  35.42 
 
 
259 aa  102  8e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.431115  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02555  hypothetical protein  30.93 
 
 
249 aa  101  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1071  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  31.78 
 
 
257 aa  100  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.65096  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2586  HpcH/HpaI aldolase  35.98 
 
 
251 aa  99.4  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000566664 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0507  putative HpcH/HpaI aldolase  31.65 
 
 
253 aa  98.6  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.208943  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0826  HpcH/HpaI aldolase  35.97 
 
 
267 aa  98.2  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.146746  unclonable  0.000000000657155 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6846  HpcH/HpaI aldolase  33.64 
 
 
265 aa  97.8  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1881  HpcH/HpaI aldolase  29 
 
 
254 aa  97.4  2e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2821  HpcH/HpaI aldolase  30.13 
 
 
254 aa  97.1  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.558191 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3554  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  32.63 
 
 
256 aa  97.1  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3394  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  32.63 
 
 
256 aa  96.7  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3396  HpcH/HpaI aldolase  34.03 
 
 
266 aa  96.7  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7095  HpcH/HpaI aldolase  32.48 
 
 
256 aa  95.5  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.859746  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3771  HpcH/HpaI aldolase  34.65 
 
 
261 aa  95.5  7e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635627  normal  0.155123 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2640  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  34.48 
 
 
260 aa  95.5  7e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.989277 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1411  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  31.22 
 
 
255 aa  95.5  8e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0315815  normal  0.619114 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3658  putative 2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  33.61 
 
 
266 aa  94.7  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01933  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  34.89 
 
 
253 aa  94.7  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2317  HpcH/HpaI aldolase  31.12 
 
 
264 aa  94  2e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.542769  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0810  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  31.91 
 
 
256 aa  92.8  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3485  HpcH/HpaI aldolase  32.51 
 
 
249 aa  93.2  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.547567  normal  0.212709 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2830  HpcH/HpaI aldolase  33.33 
 
 
273 aa  92.8  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3232  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  29.13 
 
 
257 aa  91.7  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3685  HPCH/HPAI aldolase family protein  32.61 
 
 
258 aa  91.7  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.590327  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0871  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  31.5 
 
 
266 aa  91.7  1e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1776  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  34.75 
 
 
254 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.170992  normal  0.538418 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3421  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  29.13 
 
 
256 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0046  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  33.06 
 
 
260 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3604  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  29.13 
 
 
256 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0844  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  31.49 
 
 
256 aa  90.5  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1422  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  27.59 
 
 
256 aa  90.1  3e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0413862 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3547  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  29.82 
 
 
256 aa  89.4  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.293862  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0574  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  29.13 
 
 
256 aa  89.4  5e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3439  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  29.82 
 
 
256 aa  89.4  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3511  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  29.82 
 
 
256 aa  89.4  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.804576  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3608  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  29.82 
 
 
256 aa  89.4  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.908225  normal  0.699221 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3442  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  29.82 
 
 
256 aa  89.4  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4438  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  28.7 
 
 
256 aa  89.4  6e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.867031  normal  0.323849 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0974  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  31.8 
 
 
262 aa  89  6e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0827685  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02991  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  29.13 
 
 
256 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0579  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  29.13 
 
 
256 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02942  hypothetical protein  29.13 
 
 
256 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3911  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  35.35 
 
 
293 aa  88.6  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0068475  normal  0.0363616 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3315  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  29.13 
 
 
256 aa  88.6  9e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3054  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  35.12 
 
 
261 aa  87.8  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.761054  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3855  HpcH/HpaI aldolase  32.39 
 
 
253 aa  87.8  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.93374 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2327  HpcH/HpaI aldolase  31.74 
 
 
263 aa  88.2  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3568  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  28.7 
 
 
256 aa  87.8  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.809818 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00240  aldolase, putative  28.15 
 
 
267 aa  87  2e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.157179  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4400  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  30.25 
 
 
265 aa  87.8  2e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.125493  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3171  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  35.12 
 
 
261 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.537905  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2073  HpcH/HpaI aldolase  27.62 
 
 
258 aa  87  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20030  2,4-dihydroxyhept-2-enedioate aldolase  37.62 
 
 
286 aa  87  3e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3136  HpcH/HpaI aldolase  31.62 
 
 
254 aa  87  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.570038  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1122  HpcH/HpaI aldolase  29.92 
 
 
265 aa  86.7  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.597094 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1057  HpcH/HpaI aldolase  29.44 
 
 
257 aa  87  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6467  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  35.12 
 
 
261 aa  86.3  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1633  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  31.38 
 
 
261 aa  86.3  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.865657 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3113  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  34.3 
 
 
261 aa  86.3  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1898  HpcH/HpaI aldolase  33.67 
 
 
259 aa  85.9  5e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3725  HpcH/HpaI aldolase  36.41 
 
 
279 aa  86.3  5e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6205  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  32.48 
 
 
256 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.424474  normal  0.398428 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3223  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  30.49 
 
 
266 aa  84.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2181  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  32.37 
 
 
272 aa  84  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3463  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  33.85 
 
 
254 aa  84  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1789  HpcH/HpaI aldolase  33.66 
 
 
260 aa  84  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.17043  normal  0.157768 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2049  HpcH/HpaI aldolase  30.81 
 
 
267 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4404  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  36.54 
 
 
260 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2482  HpcH/HpaI aldolase  29.35 
 
 
254 aa  83.6  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.244891 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0475  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  35.23 
 
 
266 aa  83.2  0.000000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0320  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  35.58 
 
 
260 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3924  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  33.85 
 
 
265 aa  83.2  0.000000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.782529  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1647  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  33.06 
 
 
260 aa  83.2  0.000000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000936212 
 
 
-
 
NC_006680  CNK00850  conserved hypothetical protein  32.5 
 
 
269 aa  82.8  0.000000000000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1599  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  29.55 
 
 
260 aa  81.6  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.817561  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1628  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  34 
 
 
255 aa  80.5  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.5135  normal  0.22665 
 
 
-
 
NC_006685  CNC02750  conserved hypothetical protein  29.44 
 
 
263 aa  80.9  0.00000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.617702  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3103  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  29.55 
 
 
260 aa  80.9  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.814942  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2502  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  34.71 
 
 
261 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3116  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  34.71 
 
 
261 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.632433  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>