259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_02555 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_02555  hypothetical protein  100 
 
 
249 aa  518  1e-146  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0115  HpcH/HpaI aldolase  45.76 
 
 
263 aa  211  7e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3855  HpcH/HpaI aldolase  42 
 
 
253 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.93374 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2586  HpcH/HpaI aldolase  45 
 
 
251 aa  198  9e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000566664 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2691  HpcH/HpaI aldolase  46.81 
 
 
254 aa  194  9e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.553747  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0507  putative HpcH/HpaI aldolase  37.66 
 
 
253 aa  180  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.208943  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3771  HpcH/HpaI aldolase  40.08 
 
 
261 aa  178  8e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635627  normal  0.155123 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3485  HpcH/HpaI aldolase  39.09 
 
 
249 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.547567  normal  0.212709 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1540  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  41.03 
 
 
264 aa  150  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0838  HpcH/HpaI aldolase  41.53 
 
 
269 aa  150  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.185361 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3060  HpcH/HpaI aldolase  41.33 
 
 
244 aa  149  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.388501  normal  0.0341829 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3014  putative aldolase protein  34.16 
 
 
250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1422  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  32.31 
 
 
256 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0413862 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3740  HpcH/HpaI aldolase  33.61 
 
 
250 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3568  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  36.44 
 
 
256 aa  129  3e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.809818 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2821  HpcH/HpaI aldolase  32.64 
 
 
254 aa  129  6e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.558191 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3511  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  37.45 
 
 
256 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.804576  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3442  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  37.45 
 
 
256 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3547  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  37.45 
 
 
256 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.293862  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1411  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  32.27 
 
 
255 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0315815  normal  0.619114 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3439  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  37.45 
 
 
256 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3608  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  37.45 
 
 
256 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.908225  normal  0.699221 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0323  HpcH/HpaI aldolase  34.8 
 
 
263 aa  126  3e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.187244  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3421  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  36.73 
 
 
256 aa  125  5e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3604  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  36.73 
 
 
256 aa  125  5e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3554  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  34.62 
 
 
256 aa  125  7e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3232  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  36.6 
 
 
257 aa  125  9e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4438  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  36.28 
 
 
256 aa  124  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.867031  normal  0.323849 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0810  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  35.04 
 
 
256 aa  124  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1624  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  31 
 
 
253 aa  123  2e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.332134  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02991  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  36.28 
 
 
256 aa  123  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0579  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  36.28 
 
 
256 aa  123  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02942  hypothetical protein  36.28 
 
 
256 aa  123  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3315  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  36.28 
 
 
256 aa  123  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0574  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  36.28 
 
 
256 aa  123  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3394  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  34.19 
 
 
256 aa  122  5e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46590  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  35.1 
 
 
265 aa  121  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0844  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  33.86 
 
 
256 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1457  HpcH/HpaI aldolase  37.38 
 
 
279 aa  119  3.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.270951 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4400  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  31.75 
 
 
265 aa  115  8.999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.125493  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1499  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  32.64 
 
 
266 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1633  alpha-dehydro-beta-deoxy-D-glucarate aldolase  30.96 
 
 
261 aa  113  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.865657 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4475  HpcH/HpaI aldolase  32.28 
 
 
273 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000552793 
 
 
-
 
NC_003296  RS00880  aldolase protein  36.67 
 
 
267 aa  113  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0143693  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0113  HpcH/HpaI aldolase  30.08 
 
 
259 aa  113  3e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0871  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  32.93 
 
 
266 aa  113  3e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0109  HpcH/HpaI aldolase  30.08 
 
 
259 aa  113  3e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4034  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  33.91 
 
 
260 aa  112  4.0000000000000004e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3463  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  32.4 
 
 
254 aa  112  5e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1881  HpcH/HpaI aldolase  34.3 
 
 
254 aa  108  1e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10570  putative 2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  30.74 
 
 
268 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3503  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  31.6 
 
 
267 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.037052  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4781  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  32.51 
 
 
259 aa  106  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.131567  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3054  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  31.75 
 
 
261 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.761054  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3171  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  31.75 
 
 
261 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.537905  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0497  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  30.17 
 
 
268 aa  106  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12881  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  27.78 
 
 
252 aa  105  6e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0334391 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3924  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  33.9 
 
 
265 aa  105  7e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.782529  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6467  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  30.68 
 
 
261 aa  105  8e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2517  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  31.93 
 
 
254 aa  104  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2588  HpcH/HpaI aldolase  30 
 
 
258 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0901158  hitchhiker  0.00712215 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09230  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  32.78 
 
 
301 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.380791  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7095  HpcH/HpaI aldolase  30.97 
 
 
256 aa  103  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.859746  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0964  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  29.92 
 
 
266 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.698137  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6527  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  31.33 
 
 
261 aa  102  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.202263  normal  0.098717 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1595  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  28.45 
 
 
255 aa  102  6e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2673  HpcH/HpaI aldolase  30.32 
 
 
258 aa  102  7e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0292  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  31.51 
 
 
269 aa  101  9e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.419206  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0046  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  30.86 
 
 
260 aa  101  9e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1628  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  32.51 
 
 
255 aa  101  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.5135  normal  0.22665 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3136  HpcH/HpaI aldolase  34.63 
 
 
254 aa  100  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.570038  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0189  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  31.23 
 
 
279 aa  100  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.930897  normal  0.977626 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3113  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  30.28 
 
 
261 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2399  putative aldolase  30.89 
 
 
267 aa  99.8  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3223  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  29.84 
 
 
266 aa  99.4  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0826  HpcH/HpaI aldolase  32.16 
 
 
267 aa  99.8  4e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.146746  unclonable  0.000000000657155 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0716  putative aldolase  31.2 
 
 
253 aa  99.8  4e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0565774 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1071  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  26.03 
 
 
257 aa  99.4  4e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.65096  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4860  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  31.58 
 
 
266 aa  98.6  8e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.470101  normal  0.16217 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1189  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  32.55 
 
 
265 aa  98.6  9e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03701  conserved hypothetical protein  33.33 
 
 
252 aa  97.4  2e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02171  predicted 2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  29.84 
 
 
267 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1413  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  29.84 
 
 
267 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.638548  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1404  putative aldolase  29.84 
 
 
267 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.174017  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2387  putative aldolase  29.84 
 
 
267 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3561  aldolase  32.78 
 
 
265 aa  97.4  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2421  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  31.65 
 
 
254 aa  97.4  2e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.751865  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3886  HpcH/HpaI aldolase  28.91 
 
 
262 aa  97.1  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.21023  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02130  hypothetical protein  29.84 
 
 
267 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1613  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase protein  29.79 
 
 
260 aa  96.7  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.137402  normal  0.0298275 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00240  aldolase, putative  29.22 
 
 
267 aa  96.7  3e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.157179  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1475  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  27.53 
 
 
257 aa  96.7  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.263377 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2482  HpcH/HpaI aldolase  29.31 
 
 
254 aa  96.7  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.244891 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5698  4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase  29.82 
 
 
272 aa  96.3  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0429  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  28.15 
 
 
253 aa  95.9  5e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3135  HpcH/HpaI aldolase  26.58 
 
 
254 aa  95.9  5e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0239  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  29.34 
 
 
273 aa  95.9  6e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4207  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  30.86 
 
 
256 aa  95.1  9e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.102546  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1111  HpcH/HpaI aldolase  30.93 
 
 
251 aa  94.4  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0589091  normal  0.717046 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3116  2-dehydro-3-deoxyglucarate aldolase  30.28 
 
 
261 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.632433  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>