More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_3000 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_2740  glucose sorbosone dehydrogenase  89.68 
 
 
379 aa  699    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3000  glucose sorbosone dehydrogenase  100 
 
 
380 aa  770    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0518762  normal  0.592053 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2236  glucose sorbosone dehydrogenase  61.73 
 
 
396 aa  479  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.060795  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1520  glucose sorbosone dehydrogenase  45.19 
 
 
400 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0233321  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2984  glucose sorbosone dehydrogenase  47.14 
 
 
400 aa  325  6e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2839  glucose sorbosone dehydrogenase  46.22 
 
 
397 aa  324  2e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2857  glucose sorbosone dehydrogenase  45.72 
 
 
406 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1707  glucose sorbosone dehydrogenase  45.14 
 
 
388 aa  322  8e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.416986  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2740  glucose sorbosone dehydrogenase  49.86 
 
 
399 aa  317  2e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0825  glucose sorbosone dehydrogenase  47.99 
 
 
405 aa  316  4e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1796  glucose sorbosone dehydrogenase  50.29 
 
 
392 aa  316  4e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.10437  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2666  glucose sorbosone dehydrogenase  44.82 
 
 
395 aa  311  1e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0349598  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1142  glucose sorbosone dehydrogenase  44.59 
 
 
382 aa  310  2e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.320436  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2369  hypothetical protein  46.99 
 
 
384 aa  310  2e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.265208  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1271  glucose sorbosone dehydrogenase  44.59 
 
 
368 aa  310  2e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1100  glucose sorbosone dehydrogenase  48.26 
 
 
383 aa  309  5e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2710  glucose sorbosone dehydrogenase  46.44 
 
 
394 aa  309  5.9999999999999995e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3156  glucose sorbosone dehydrogenase  46.09 
 
 
376 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4812  glucose sorbosone dehydrogenase  47.25 
 
 
387 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2982  hypothetical protein  47.95 
 
 
382 aa  304  2.0000000000000002e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.548293  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2167  glucose sorbosone dehydrogenase  46.53 
 
 
360 aa  301  8.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0760  glucose sorbosone dehydrogenase  43.32 
 
 
387 aa  301  1e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0733756  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1523  soluble aldose sugar dehydrogenase  45.61 
 
 
369 aa  301  2e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.384739 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1823  glucose sorbosone dehydrogenase  45.75 
 
 
396 aa  300  2e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3928  glucose sorbosone dehydrogenase  46.8 
 
 
387 aa  299  5e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2193  glucose sorbosone dehydrogenase  43.41 
 
 
375 aa  299  7e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.104643  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4727  glucose sorbosone dehydrogenase  44.15 
 
 
403 aa  298  1e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635813  normal  0.114158 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2014  glucose sorbosone dehydrogenase  45.45 
 
 
396 aa  298  1e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.315811 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4125  glucose sorbosone dehydrogenase  46.38 
 
 
388 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.285901  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0465  glucose sorbosone dehydrogenase  44.2 
 
 
366 aa  296  3e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1294  glucose sorbosone dehydrogenase  46.97 
 
 
391 aa  296  4e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.298447  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4441  glucose sorbosone dehydrogenase  45.61 
 
 
428 aa  296  5e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.672706 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4905  glucose sorbosone dehydrogenase  45.61 
 
 
428 aa  295  6e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562045  normal  0.994161 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4955  glucose sorbosone dehydrogenase  45.3 
 
 
432 aa  293  3e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.166983 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3189  glucose sorbosone dehydrogenase  44.21 
 
 
381 aa  293  4e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0411882 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16890  hypothetical protein  43.16 
 
 
378 aa  292  7e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1788  glucose sorbosone dehydrogenase  43.04 
 
 
391 aa  288  9e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0330731 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2476  glucose sorbosone dehydrogenase  44.57 
 
 
394 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.534661  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4458  glucose sorbosone dehydrogenase  42.15 
 
 
430 aa  286  2.9999999999999996e-76  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1160  glucose sorbosone dehydrogenase  43.63 
 
 
377 aa  286  4e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1030  glucose sorbosone dehydrogenase  44.48 
 
 
410 aa  283  4.0000000000000003e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.881804  normal  0.777838 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0417  glucose sorbosone dehydrogenase  41.33 
 
 
376 aa  282  6.000000000000001e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000311026  hitchhiker  0.00936904 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3539  glucose sorbosone dehydrogenase  44.74 
 
 
381 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1774  putative glucose dehydrogenase B  43.57 
 
 
392 aa  279  7e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.212256  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0421  glucose sorbosone dehydrogenase  43.86 
 
 
392 aa  278  8e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.464809  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50010  putative dehydrogenase  46.29 
 
 
382 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0339518 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2552  glucose sorbosone dehydrogenase  41.62 
 
 
378 aa  277  2e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2315  glucose/sorbosone dehydrogenase  41.67 
 
 
412 aa  277  2e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.702038 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2602  glucose sorbosone dehydrogenase  42.74 
 
 
418 aa  277  2e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.436161  normal  0.21704 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00578  Glucose dehydrogenase, putative  41.35 
 
 
389 aa  277  3e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2829  glucose sorbosone dehydrogenase  42.45 
 
 
397 aa  276  3e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2198  glucose sorbosone dehydrogenase  46.09 
 
 
381 aa  275  7e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3426  glucose sorbosone dehydrogenase  44.76 
 
 
382 aa  275  7e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4259  soluble aldose sugar dehydrogenase YliI (Asd)  46.4 
 
 
383 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1822  glucose sorbosone dehydrogenase  44.7 
 
 
383 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.221224  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4807  glucose sorbosone dehydrogenase  38.71 
 
 
392 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.916412  normal  0.104055 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1608  hypothetical protein  41.42 
 
 
387 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.931098  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0137  glucose sorbosone dehydrogenase  40.1 
 
 
386 aa  273  5.000000000000001e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2109  glucose sorbosone dehydrogenase  45.03 
 
 
378 aa  271  1e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2262  glucose sorbosone dehydrogenase  41.27 
 
 
386 aa  271  1e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561856  normal  0.0609661 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3771  hypothetical protein  41.69 
 
 
387 aa  271  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.185303 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1678  glucose sorbosone dehydrogenase  41.41 
 
 
388 aa  271  2e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0214207  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0897  soluble aldose sugar dehydrogenase yliI  41.82 
 
 
373 aa  269  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2521  glucose sorbosone dehydrogenase  39.71 
 
 
395 aa  268  1e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.21854  normal  0.577738 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5339  glucose sorbosone dehydrogenase  41.94 
 
 
413 aa  268  2e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.384177  normal  0.194322 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1945  glucose sorbosone dehydrogenase  41.78 
 
 
388 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.404392  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3844  glucose sorbosone dehydrogenase  41.81 
 
 
407 aa  267  2.9999999999999995e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6303  glucose sorbosone dehydrogenase  40.21 
 
 
377 aa  264  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0439  glucose sorbosone dehydrogenase  40.6 
 
 
375 aa  264  2e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.369001 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1511  glucose sorbosone dehydrogenase  41.03 
 
 
374 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1791  hypothetical protein  41.55 
 
 
411 aa  262  6e-69  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00386684 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2615  hypothetical protein  42.9 
 
 
381 aa  261  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3369  glucose sorbosone dehydrogenase  40.11 
 
 
370 aa  261  1e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1774  glucose sorbosone dehydrogenase  44.67 
 
 
402 aa  261  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.490744  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1315  glucose sorbosone dehydrogenase  40.76 
 
 
374 aa  260  3e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.986351 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3593  glucose sorbosone dehydrogenase  38.84 
 
 
395 aa  259  4e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3307  glucose sorbosone dehydrogenase  39.77 
 
 
408 aa  259  5.0000000000000005e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2895  glucose sorbosone dehydrogenase  39.11 
 
 
466 aa  257  2e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.997213  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2753  glucose/sorbosone dehydrogenase  42 
 
 
391 aa  255  8e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2262  glucose dehydrogenase  42.13 
 
 
384 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12328  hypothetical protein  37.5 
 
 
392 aa  254  1.0000000000000001e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2401  glucose sorbosone dehydrogenase  40.69 
 
 
374 aa  253  3e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1328  glucose sorbosone dehydrogenase  41.03 
 
 
372 aa  252  6e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.698414 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2737  glucose sorbosone dehydrogenase  40.86 
 
 
415 aa  252  8.000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.417309 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1224  glucose sorbosone dehydrogenase  40.59 
 
 
465 aa  252  8.000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.414589 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1619  glucose sorbosone dehydrogenase  44.61 
 
 
404 aa  250  2e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.293091  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1913  glucose sorbosone dehydrogenase  39.01 
 
 
369 aa  251  2e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2526  glucose sorbosone dehydrogenase  42.61 
 
 
405 aa  250  3e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000347403  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0865  glucose / sorbosone dehydrogenase protein  40 
 
 
371 aa  247  2e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00804  predicted dehydrogenase  40.11 
 
 
371 aa  247  3e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00821  hypothetical protein  40.11 
 
 
371 aa  247  3e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05411  glucose dehydrogenase-B  39.13 
 
 
358 aa  246  3e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2805  glucose sorbosone dehydrogenase  40 
 
 
371 aa  246  4e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2805  glucose sorbosone dehydrogenase  40 
 
 
371 aa  246  4e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2516  glucose sorbosone dehydrogenase  39.13 
 
 
374 aa  246  4e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.461301  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0991  glucose / sorbosone dehydrogenase protein  40.11 
 
 
371 aa  246  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.657976 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2507  glucose / sorbosone dehydrogenase protein  39.73 
 
 
371 aa  245  9.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.496462  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0909  aldose sugar dehydrogenase yliI  39.73 
 
 
371 aa  245  9.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1304  hypothetical protein  39.06 
 
 
405 aa  243  3e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.683581  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3219  glucose sorbosone dehydrogenase  41.52 
 
 
359 aa  243  5e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>