More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3189 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3189  glucose sorbosone dehydrogenase  100 
 
 		 381 aa  771    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0411882 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16890  hypothetical protein  77.75 
 
 		 378 aa  568  1e-161  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50010  putative dehydrogenase  78.92 
 
 		 382 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0339518 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4259  soluble aldose sugar dehydrogenase YliI (Asd)  76.92 
 
 		 383 aa  547  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2615  hypothetical protein  72.11 
 
 		 381 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1822  glucose sorbosone dehydrogenase  72.96 
 
 		 383 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.221224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3539  glucose sorbosone dehydrogenase  70.45 
 
 		 381 aa  534  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3426  glucose sorbosone dehydrogenase  72.19 
 
 		 382 aa  532  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2198  glucose sorbosone dehydrogenase  72.19 
 
 		 381 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1608  hypothetical protein  66.15 
 
 		 387 aa  523  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.931098  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3771  hypothetical protein  64.51 
 
 		 387 aa  509  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.185303 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1945  glucose sorbosone dehydrogenase  64.53 
 
 		 388 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.404392  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1678  glucose sorbosone dehydrogenase  60.27 
 
 		 388 aa  461  1e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0214207  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0865  glucose / sorbosone dehydrogenase protein  61.81 
 
 		 371 aa  441  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00804  predicted dehydrogenase  61.52 
 
 		 371 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2805  glucose sorbosone dehydrogenase  61.52 
 
 		 371 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0909  aldose sugar dehydrogenase yliI  61.22 
 
 		 371 aa  438  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00821  hypothetical protein  61.52 
 
 		 371 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2507  glucose / sorbosone dehydrogenase protein  61.22 
 
 		 371 aa  438  9.999999999999999e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.496462  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0991  glucose / sorbosone dehydrogenase protein  61.52 
 
 		 371 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.657976 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2805  glucose sorbosone dehydrogenase  61.52 
 
 		 371 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1328  glucose sorbosone dehydrogenase  60.64 
 
 		 372 aa  437  1e-121  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.698414 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2401  glucose sorbosone dehydrogenase  58.73 
 
 		 374 aa  434  1e-120  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0897  soluble aldose sugar dehydrogenase yliI  61.6 
 
 		 373 aa  431  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0760  glucose sorbosone dehydrogenase  56.19 
 
 		 387 aa  407  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0733756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2552  glucose sorbosone dehydrogenase  53.07 
 
 		 378 aa  373  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4812  glucose sorbosone dehydrogenase  53.91 
 
 		 387 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1294  glucose sorbosone dehydrogenase  51.71 
 
 		 391 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.298447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2984  glucose sorbosone dehydrogenase  51.78 
 
 		 400 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2857  glucose sorbosone dehydrogenase  51.78 
 
 		 406 aa  364  2e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1520  glucose sorbosone dehydrogenase  50.96 
 
 		 400 aa  362  5.0000000000000005e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0233321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1707  glucose sorbosone dehydrogenase  52.39 
 
 		 388 aa  361  1e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.416986  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2839  glucose sorbosone dehydrogenase  50.96 
 
 		 397 aa  360  3e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4125  glucose sorbosone dehydrogenase  51.6 
 
 		 388 aa  359  5e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.285901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3928  glucose sorbosone dehydrogenase  52.23 
 
 		 387 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1796  glucose sorbosone dehydrogenase  56.32 
 
 		 392 aa  356  3.9999999999999996e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.10437  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2982  hypothetical protein  51.21 
 
 		 382 aa  355  5.999999999999999e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.548293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3156  glucose sorbosone dehydrogenase  52.77 
 
 		 376 aa  353  2.9999999999999997e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2740  glucose sorbosone dehydrogenase  54.81 
 
 		 399 aa  346  4e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1142  glucose sorbosone dehydrogenase  48.38 
 
 		 382 aa  343  2e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.320436  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0825  glucose sorbosone dehydrogenase  52.89 
 
 		 405 aa  342  8e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0417  glucose sorbosone dehydrogenase  50.54 
 
 		 376 aa  341  1e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000311026  hitchhiker  0.00936904 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1823  glucose sorbosone dehydrogenase  50.65 
 
 		 396 aa  341  1e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1511  glucose sorbosone dehydrogenase  50.4 
 
 		 374 aa  339  4e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1100  glucose sorbosone dehydrogenase  50 
 
 		 383 aa  338  5.9999999999999996e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2666  glucose sorbosone dehydrogenase  49.34 
 
 		 395 aa  338  8e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0349598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1315  glucose sorbosone dehydrogenase  50.13 
 
 		 374 aa  336  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.986351 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2753  glucose/sorbosone dehydrogenase  52.99 
 
 		 391 aa  335  5e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2167  glucose sorbosone dehydrogenase  51.14 
 
 		 360 aa  335  5e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2014  glucose sorbosone dehydrogenase  52.87 
 
 		 396 aa  335  7e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.315811 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3369  glucose sorbosone dehydrogenase  51.28 
 
 		 370 aa  335  1e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4441  glucose sorbosone dehydrogenase  50.86 
 
 		 428 aa  333  4e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.672706 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4955  glucose sorbosone dehydrogenase  51.44 
 
 		 432 aa  332  7.000000000000001e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.166983 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4905  glucose sorbosone dehydrogenase  50.57 
 
 		 428 aa  332  9e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562045  normal  0.994161 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1788  glucose sorbosone dehydrogenase  51.08 
 
 		 391 aa  330  2e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0330731 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1913  glucose sorbosone dehydrogenase  49.19 
 
 		 369 aa  330  3e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2829  glucose sorbosone dehydrogenase  51.01 
 
 		 397 aa  326  3e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2193  glucose sorbosone dehydrogenase  46.15 
 
 		 375 aa  325  1e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.104643  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1030  glucose sorbosone dehydrogenase  50.57 
 
 		 410 aa  318  7.999999999999999e-86  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.881804  normal  0.777838 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6303  glucose sorbosone dehydrogenase  47.34 
 
 		 377 aa  317  2e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2710  glucose sorbosone dehydrogenase  49.08 
 
 		 394 aa  311  1e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4315  glucose sorbosone dehydrogenase  50.85 
 
 		 406 aa  311  1e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.748634 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2476  glucose sorbosone dehydrogenase  47.56 
 
 		 394 aa  310  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.534661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2315  glucose/sorbosone dehydrogenase  46.61 
 
 		 412 aa  310  2.9999999999999997e-83  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.702038 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0439  glucose sorbosone dehydrogenase  47.01 
 
 		 375 aa  309  4e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.369001 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2369  hypothetical protein  47.66 
 
 		 384 aa  306  3e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.265208  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2109  glucose sorbosone dehydrogenase  49.61 
 
 		 378 aa  305  9.000000000000001e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.539395  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2602  glucose sorbosone dehydrogenase  47.8 
 
 		 418 aa  300  2e-80  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.436161  normal  0.21704 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4807  glucose sorbosone dehydrogenase  41.58 
 
 		 392 aa  300  4e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.916412  normal  0.104055 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3593  glucose sorbosone dehydrogenase  42.97 
 
 		 395 aa  298  8e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1774  glucose sorbosone dehydrogenase  50.43 
 
 		 402 aa  298  1e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.490744  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1271  glucose sorbosone dehydrogenase  44.5 
 
 		 368 aa  297  2e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0421  glucose sorbosone dehydrogenase  47.34 
 
 		 392 aa  298  2e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.464809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4727  glucose sorbosone dehydrogenase  48.84 
 
 		 403 aa  295  9e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635813  normal  0.114158 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2521  glucose sorbosone dehydrogenase  42.71 
 
 		 395 aa  294  2e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.21854  normal  0.577738 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3000  glucose sorbosone dehydrogenase  44.21 
 
 		 380 aa  293  4e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0518762  normal  0.592053 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1774  putative glucose dehydrogenase B  46.45 
 
 		 392 aa  292  9e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.212256  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5339  glucose sorbosone dehydrogenase  44.51 
 
 		 413 aa  291  1e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.384177  normal  0.194322 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2895  glucose sorbosone dehydrogenase  44.07 
 
 		 466 aa  290  3e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.997213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2740  glucose sorbosone dehydrogenase  44.86 
 
 		 379 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2236  glucose sorbosone dehydrogenase  44.06 
 
 		 396 aa  289  5.0000000000000004e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.060795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4458  glucose sorbosone dehydrogenase  43.9 
 
 		 430 aa  289  6e-77  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2737  glucose sorbosone dehydrogenase  44.02 
 
 		 415 aa  286  2.9999999999999996e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.417309 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0465  glucose sorbosone dehydrogenase  45.19 
 
 		 366 aa  286  4e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1160  glucose sorbosone dehydrogenase  43.77 
 
 		 377 aa  286  5.999999999999999e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3844  glucose sorbosone dehydrogenase  43.53 
 
 		 407 aa  283  3.0000000000000004e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3307  glucose sorbosone dehydrogenase  42.03 
 
 		 408 aa  283  3.0000000000000004e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0989  glucose sorbosone dehydrogenase  42.7 
 
 		 382 aa  278  1e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1304  hypothetical protein  42.81 
 
 		 405 aa  277  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.683581  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12328  hypothetical protein  41.04 
 
 		 392 aa  276  4e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00578  Glucose dehydrogenase, putative  41.45 
 
 		 389 aa  275  1.0000000000000001e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0137  glucose sorbosone dehydrogenase  41.71 
 
 		 386 aa  275  1.0000000000000001e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2262  glucose sorbosone dehydrogenase  42.4 
 
 		 386 aa  272  9e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561856  normal  0.0609661 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1619  glucose sorbosone dehydrogenase  44.25 
 
 		 404 aa  271  1e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.293091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2526  glucose sorbosone dehydrogenase  44.64 
 
 		 405 aa  269  5.9999999999999995e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000347403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1163  glucose sorbosone dehydrogenase  43.84 
 
 		 379 aa  265  7e-70  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00834081 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1327  glucose sorbosone dehydrogenase  44.44 
 
 		 377 aa  265  8.999999999999999e-70  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000655101 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1523  soluble aldose sugar dehydrogenase  43.35 
 
 		 369 aa  265  8.999999999999999e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.384739 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2342  glucose sorbosone dehydrogenase  44.1 
 
 		 402 aa  263  4.999999999999999e-69  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.00995217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1224  glucose sorbosone dehydrogenase  42.65 
 
 		 465 aa  262  8.999999999999999e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.414589 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>