253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2262 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2262  glucose dehydrogenase  100 
 
 
384 aa  783    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3219  glucose sorbosone dehydrogenase  55.91 
 
 
359 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2516  glucose sorbosone dehydrogenase  51.19 
 
 
374 aa  399  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.461301  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05411  glucose dehydrogenase-B  49.6 
 
 
358 aa  370  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001471  pQQ-dependent oxidoreductase gdhB family  48.4 
 
 
358 aa  361  1e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0417  glucose sorbosone dehydrogenase  43.5 
 
 
376 aa  292  5e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000311026  hitchhiker  0.00936904 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2369  hypothetical protein  43.75 
 
 
384 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.265208  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3156  glucose sorbosone dehydrogenase  43.87 
 
 
376 aa  281  1e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1142  glucose sorbosone dehydrogenase  41.6 
 
 
382 aa  277  2e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.320436  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2857  glucose sorbosone dehydrogenase  38.82 
 
 
406 aa  273  3e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12328  hypothetical protein  41.74 
 
 
392 aa  273  4.0000000000000004e-72  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1520  glucose sorbosone dehydrogenase  38.56 
 
 
400 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0233321  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2839  glucose sorbosone dehydrogenase  38.62 
 
 
397 aa  272  7e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2982  hypothetical protein  42.35 
 
 
382 aa  272  9e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.548293  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2984  glucose sorbosone dehydrogenase  38.05 
 
 
400 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1707  glucose sorbosone dehydrogenase  40.61 
 
 
388 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.416986  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4125  glucose sorbosone dehydrogenase  40.91 
 
 
388 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.285901  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1304  hypothetical protein  41.43 
 
 
405 aa  264  2e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.683581  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1271  glucose sorbosone dehydrogenase  37.79 
 
 
368 aa  264  2e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4807  glucose sorbosone dehydrogenase  36.82 
 
 
392 aa  260  2e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.916412  normal  0.104055 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3928  glucose sorbosone dehydrogenase  37.63 
 
 
387 aa  259  8e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0439  glucose sorbosone dehydrogenase  40.58 
 
 
375 aa  257  2e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.369001 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0760  glucose sorbosone dehydrogenase  41.8 
 
 
387 aa  257  3e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0733756  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1294  glucose sorbosone dehydrogenase  38.62 
 
 
391 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.298447  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2895  glucose sorbosone dehydrogenase  39.45 
 
 
466 aa  256  7e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.997213  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4812  glucose sorbosone dehydrogenase  37.6 
 
 
387 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3000  glucose sorbosone dehydrogenase  42.13 
 
 
380 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0518762  normal  0.592053 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1796  glucose sorbosone dehydrogenase  39.66 
 
 
392 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.10437  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2236  glucose sorbosone dehydrogenase  39.59 
 
 
396 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.060795  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0137  glucose sorbosone dehydrogenase  38.89 
 
 
386 aa  254  3e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2193  glucose sorbosone dehydrogenase  38.9 
 
 
375 aa  253  4.0000000000000004e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.104643  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2262  glucose sorbosone dehydrogenase  39.69 
 
 
386 aa  253  5.000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561856  normal  0.0609661 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1100  glucose sorbosone dehydrogenase  40.61 
 
 
383 aa  253  6e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1160  glucose sorbosone dehydrogenase  36.29 
 
 
377 aa  250  3e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2740  glucose sorbosone dehydrogenase  41.9 
 
 
379 aa  249  7e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2167  glucose sorbosone dehydrogenase  41.53 
 
 
360 aa  247  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1788  glucose sorbosone dehydrogenase  40.5 
 
 
391 aa  246  4.9999999999999997e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0330731 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2602  glucose sorbosone dehydrogenase  38.52 
 
 
418 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.436161  normal  0.21704 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2476  glucose sorbosone dehydrogenase  39.52 
 
 
394 aa  240  4e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.534661  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0465  glucose sorbosone dehydrogenase  38.95 
 
 
366 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2315  glucose/sorbosone dehydrogenase  36.77 
 
 
412 aa  239  6.999999999999999e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.702038 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2666  glucose sorbosone dehydrogenase  40.35 
 
 
395 aa  238  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0349598  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2753  glucose/sorbosone dehydrogenase  38.61 
 
 
391 aa  237  2e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0421  glucose sorbosone dehydrogenase  38.14 
 
 
392 aa  237  3e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.464809  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0825  glucose sorbosone dehydrogenase  39.34 
 
 
405 aa  236  6e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3189  glucose sorbosone dehydrogenase  38.27 
 
 
381 aa  236  6e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0411882 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1897  secretion protein HlyD  36.22 
 
 
485 aa  236  7e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00218638  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2737  glucose sorbosone dehydrogenase  39.12 
 
 
415 aa  235  9e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.417309 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16890  hypothetical protein  38.83 
 
 
378 aa  234  1.0000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1030  glucose sorbosone dehydrogenase  38.76 
 
 
410 aa  234  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.881804  normal  0.777838 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2198  glucose sorbosone dehydrogenase  39.23 
 
 
381 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1774  putative glucose dehydrogenase B  40 
 
 
392 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.212256  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00578  Glucose dehydrogenase, putative  35.91 
 
 
389 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2740  glucose sorbosone dehydrogenase  38.29 
 
 
399 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1608  hypothetical protein  37.19 
 
 
387 aa  233  6e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.931098  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4905  glucose sorbosone dehydrogenase  38.42 
 
 
428 aa  232  8.000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562045  normal  0.994161 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4315  glucose sorbosone dehydrogenase  37.64 
 
 
406 aa  232  1e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.748634 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4441  glucose sorbosone dehydrogenase  38.42 
 
 
428 aa  231  1e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.672706 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3539  glucose sorbosone dehydrogenase  37.66 
 
 
381 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4259  soluble aldose sugar dehydrogenase YliI (Asd)  38.44 
 
 
383 aa  232  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50010  putative dehydrogenase  39.44 
 
 
382 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0339518 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4955  glucose sorbosone dehydrogenase  38.07 
 
 
432 aa  230  3e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.166983 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1822  glucose sorbosone dehydrogenase  39.88 
 
 
383 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.221224  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0989  glucose sorbosone dehydrogenase  36.41 
 
 
382 aa  230  4e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1523  soluble aldose sugar dehydrogenase  37.34 
 
 
369 aa  229  8e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.384739 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2710  glucose sorbosone dehydrogenase  40.4 
 
 
394 aa  227  2e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6303  glucose sorbosone dehydrogenase  38.02 
 
 
377 aa  227  3e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4458  glucose sorbosone dehydrogenase  36.01 
 
 
430 aa  227  3e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3307  glucose sorbosone dehydrogenase  36.01 
 
 
408 aa  227  3e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1678  glucose sorbosone dehydrogenase  36.39 
 
 
388 aa  226  4e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0214207  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3771  hypothetical protein  36.58 
 
 
387 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.185303 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5339  glucose sorbosone dehydrogenase  37.54 
 
 
413 aa  224  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.384177  normal  0.194322 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2615  hypothetical protein  37.25 
 
 
381 aa  224  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3426  glucose sorbosone dehydrogenase  38.27 
 
 
382 aa  223  6e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2521  glucose sorbosone dehydrogenase  35.61 
 
 
395 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.21854  normal  0.577738 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2014  glucose sorbosone dehydrogenase  38.29 
 
 
396 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.315811 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1913  glucose sorbosone dehydrogenase  36.62 
 
 
369 aa  220  3e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1945  glucose sorbosone dehydrogenase  36.29 
 
 
388 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.404392  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3593  glucose sorbosone dehydrogenase  35.61 
 
 
395 aa  219  5e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1823  glucose sorbosone dehydrogenase  37.74 
 
 
396 aa  219  5e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3392  glucose sorbosone dehydrogenase  37.26 
 
 
476 aa  214  9.999999999999999e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.428431  normal  0.278741 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2552  glucose sorbosone dehydrogenase  34.73 
 
 
378 aa  214  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2401  glucose sorbosone dehydrogenase  38.01 
 
 
374 aa  215  9.999999999999999e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2829  glucose sorbosone dehydrogenase  35.61 
 
 
397 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3369  glucose sorbosone dehydrogenase  35.61 
 
 
370 aa  212  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1791  hypothetical protein  35.28 
 
 
411 aa  211  2e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00386684 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3844  glucose sorbosone dehydrogenase  34.07 
 
 
407 aa  211  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1328  glucose sorbosone dehydrogenase  34.35 
 
 
372 aa  209  4e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.698414 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1186  glucose sorbosone dehydrogenase  35.82 
 
 
382 aa  209  4e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1511  glucose sorbosone dehydrogenase  35.91 
 
 
374 aa  210  4e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2805  glucose sorbosone dehydrogenase  33.86 
 
 
371 aa  209  5e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2805  glucose sorbosone dehydrogenase  33.86 
 
 
371 aa  209  5e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0865  glucose / sorbosone dehydrogenase protein  33.86 
 
 
371 aa  209  5e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0991  glucose / sorbosone dehydrogenase protein  33.86 
 
 
371 aa  209  5e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.657976 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00804  predicted dehydrogenase  34.44 
 
 
371 aa  209  7e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00821  hypothetical protein  34.44 
 
 
371 aa  209  7e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4727  glucose sorbosone dehydrogenase  37.32 
 
 
403 aa  209  9e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.635813  normal  0.114158 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2507  glucose / sorbosone dehydrogenase protein  33.86 
 
 
371 aa  208  1e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.496462  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1774  glucose sorbosone dehydrogenase  38.61 
 
 
402 aa  208  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.490744  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0909  aldose sugar dehydrogenase yliI  33.6 
 
 
371 aa  208  1e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>