234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1063 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1063  thymidylate synthase  100 
 
 		 347 aa  720    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0214  thymidylate synthase  35.16 
 
 		 354 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4706  thymidylate synthase  32.75 
 
 		 326 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0319  thymidylate synthase  31.53 
 
 		 325 aa  117  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000330659 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1454  thymidylate synthase  33.85 
 
 		 335 aa  109  8.000000000000001e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0064  putative thymidylate synthase protein  34.52 
 
 		 329 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.174274  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2001  thymidylate synthase  37.7 
 
 		 367 aa  107  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.745525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1563  putative thymidylate synthase  34.52 
 
 		 329 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1475  putative thymidylate synthase  34.52 
 
 		 329 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.190505  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1545  thymidylate synthase  33.78 
 
 		 342 aa  107  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1303  deoxyuridylate hydroxymethyltransferase, putative  35.53 
 
 		 329 aa  103  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.616091  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0890  thymidylate synthase  32.8 
 
 		 217 aa  71.2  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0710  thymidylate synthase  26.82 
 
 		 215 aa  72  0.00000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1079  thymidylate synthase  23.87 
 
 		 217 aa  68.6  0.0000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1410  hypothetical protein  25.6 
 
 		 264 aa  65.5  0.000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.290298 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04649  thymidylate synthase  27.78 
 
 		 264 aa  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0874843  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2351  thymidylate synthase  25.12 
 
 		 264 aa  63.5  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.914614  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23310  thymidylate synthase  23.15 
 
 		 271 aa  63.2  0.000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.245903  normal  0.0233829 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3354  thymidylate synthase  26.11 
 
 		 264 aa  62.8  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819498 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0622  thymidylate synthase  28.57 
 
 		 286 aa  62.8  0.000000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1242  thymidylate synthase  26.4 
 
 		 274 aa  62.8  0.000000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0595722  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0387  thymidylate synthase  28.74 
 
 		 264 aa  62.4  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.610342  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2864  thymidylate synthase  26.04 
 
 		 275 aa  62.4  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.292477 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0381  thymidylate synthase  26.44 
 
 		 264 aa  62.4  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2036  thymidylate synthase  26.21 
 
 		 264 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.506953 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1751  thymidylate synthase  26.6 
 
 		 264 aa  62  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0575891  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1315  thymidylate synthase  26.79 
 
 		 279 aa  61.2  0.00000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.667766  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1792  thymidylate synthase  26.52 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2730  thymidylate synthase  27.49 
 
 		 267 aa  61.2  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0137265 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2568  thymidylate synthase  27.68 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.239334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09380  thymidylate synthase  26.95 
 
 		 264 aa  61.2  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.21237  normal  0.43537 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4007  thymidylate synthase  26.37 
 
 		 264 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.997554  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1527  thymidylate synthase  27.11 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4439  Thymidylate synthase  25.28 
 
 		 268 aa  60.5  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.613573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3385  thymidylate synthase  27.01 
 
 		 283 aa  60.1  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.23043 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1854  thymidylate synthase  25.63 
 
 		 264 aa  60.5  0.00000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.247947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3514  thymidylate synthase  26.67 
 
 		 264 aa  60.1  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.34042  normal  0.150585 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0662  thymidylate synthase  26.74 
 
 		 264 aa  60.1  0.00000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2834  thymidylate synthase  26.04 
 
 		 272 aa  60.5  0.00000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1449  thymidylate synthase  27.22 
 
 		 264 aa  60.1  0.00000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0867  thymidylate synthase  25.86 
 
 		 264 aa  60.1  0.00000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.126958 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1731  thymidylate synthase  25.23 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1504  thymidylate synthase  27.22 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2047  thymidylate synthase  26.95 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.412678  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0442  thymidylate synthase  25.23 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0915  thymidylate synthase  24.48 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1631  thymidylate synthase  27.01 
 
 		 279 aa  59.3  0.00000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00214384  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29370  thymidylate synthase  24.54 
 
 		 267 aa  59.3  0.00000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0947  thymidylate synthase  25.52 
 
 		 264 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.014257 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2781  thymidylate synthase  22.97 
 
 		 264 aa  58.9  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3266  thymidylate synthase  25.54 
 
 		 264 aa  58.9  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.394281  normal  0.266288 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0818  thymidylate synthase  25 
 
 		 264 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1422  thymidylate synthase  24.88 
 
 		 264 aa  58.9  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.54015 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0889  thymidylate synthase  25 
 
 		 280 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.699626 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2822  thymidylate synthase  25.68 
 
 		 264 aa  59.3  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0100579  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1789  thymidylate synthase  24.86 
 
 		 290 aa  58.2  0.0000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.748216  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4970  thymidylate synthase  25.52 
 
 		 274 aa  58.2  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2266  thymidylate synthase  29.31 
 
 		 318 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0871479  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2082  thymidylate synthase  29.31 
 
 		 318 aa  58.5  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.314247  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2020  thymidylate synthase  29.31 
 
 		 318 aa  58.5  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2020  thymidylate synthase  29.31 
 
 		 318 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0097  thymidylate synthase  28 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1355  thymidylate synthase  25.41 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0892428  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6100  thymidylate synthase  24.88 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.50271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2236  thymidylate synthase  29.31 
 
 		 318 aa  58.5  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.376946  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1639  thymidylate synthase  26.5 
 
 		 318 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00770076  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2176  thymidylate synthase  26.4 
 
 		 270 aa  58.2  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.160989  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1664  thymidylate synthase  24.86 
 
 		 289 aa  58.2  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2802  thymidylate synthase  25.57 
 
 		 264 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.395384  normal  0.702269 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2432  thymidylate synthase  28.16 
 
 		 279 aa  58.2  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2219  thymidylate synthase  29.31 
 
 		 318 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.615313  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2061  thymidylate synthase  29.31 
 
 		 318 aa  58.5  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0691147  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2263  thymidylate synthase  29.31 
 
 		 318 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45604e-29 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2348  thymidylate synthase  29.31 
 
 		 318 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000465459  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0769  thymidylate synthase  29.93 
 
 		 320 aa  58.5  0.0000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2543  thymidylate synthase  25.84 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.33393  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1399  thymidylate synthase  25.41 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2927  thymidylate synthase  23 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1294  thymidylate synthase  30.94 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.368464  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4525  thymidylate synthase  26.35 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.659361 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2779  thymidylate synthase  25.88 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.629836  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0782  thymidylate synthase  25.77 
 
 		 319 aa  57.8  0.0000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.412058  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3018  thymidylate synthase  27.49 
 
 		 267 aa  57.8  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0786237  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3105  thymidylate synthase  29.31 
 
 		 318 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.447667  hitchhiker  0.0000000000170345 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2812  thymidylate synthase  27.17 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000021691  hitchhiker  0.0000331365 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1030  thymidylate synthase  21.15 
 
 		 266 aa  57.8  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1516  thymidylate synthase  27.65 
 
 		 318 aa  57  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1487  thymidylate synthase  27.65 
 
 		 318 aa  57  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.225159  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0726  thymidylate synthase  25.33 
 
 		 512 aa  57.4  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2772  thymidylate synthase  24.86 
 
 		 276 aa  57  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.023604 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0624  thymidylate synthase  30.22 
 
 		 210 aa  57  0.0000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2832  thymidylate synthase  27.88 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2730  thymidylate synthase  24.87 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1289  thymidylate synthase  25.65 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.994913  normal  0.497246 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0901  thymidylate synthase  24.86 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1003  thymidylate synthase  26.9 
 
 		 318 aa  56.2  0.0000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.67766  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1582  thymidylate synthase  26.9 
 
 		 318 aa  56.2  0.0000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2011  thymidylate synthase  25.27 
 
 		 300 aa  56.2  0.0000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0350  thymidylate synthase  26.01 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.82099  normal  0.227002 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2021  thymidylate synthase  24.59 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>