More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0190 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0190  transcription regulator protein  100 
 
 		 266 aa  550  1e-155  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4561  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  81.58 
 
 		 263 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.291712 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4428  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  81.58 
 
 		 263 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1147  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  58.9 
 
 		 261 aa  280  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1217  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  58.9 
 
 		 261 aa  280  2e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  55.84 
 
 		 260 aa  273  3e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5811  Crp/FNR family transcriptional regulator  52.77 
 
 		 266 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.118405 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0164  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.17 
 
 		 260 aa  268  7e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1016  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.17 
 
 		 260 aa  268  7e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2604  Crp/Fnr family transcriptional regulator  51.17 
 
 		 260 aa  268  7e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2747  Crp/Fnr family transcriptional regulator  51.17 
 
 		 260 aa  268  7e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225266  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0190  Crp/FNR family transcriptional regulator  55.41 
 
 		 242 aa  267  2e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1334  Crp/FNR family transcriptional regulator  55.41 
 
 		 242 aa  267  2e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4265  Crp/FNR family transcriptional regulator  52.16 
 
 		 259 aa  265  5e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.367581  normal  0.892156 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4280  Crp/FNR family transcriptional regulator  50.19 
 
 		 257 aa  264  8.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0900166 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1665  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.95 
 
 		 259 aa  264  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00239618  normal  0.130389 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3812  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.81 
 
 		 257 aa  263  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.279241  normal  0.577974 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6195  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.43 
 
 		 257 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5904  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.22 
 
 		 257 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.379633  normal  0.222249 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1244  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.81 
 
 		 261 aa  260  2e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1636  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.66 
 
 		 259 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4355  Crp/FNR family transcriptional regulator  50.39 
 
 		 259 aa  258  6e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0811079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4012  Crp/FNR family transcriptional regulator  50.39 
 
 		 259 aa  258  6e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0129  Crp/FNR family transcriptional regulator  52.21 
 
 		 259 aa  257  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.300797  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1554  Crp/FNR family transcriptional regulator  52.21 
 
 		 259 aa  257  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796955  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5999  Crp/FNR family transcriptional regulator  50.58 
 
 		 259 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.582695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4238  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.05 
 
 		 257 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0460631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3764  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 259 aa  251  6e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0549839 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2772  Crp/FNR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 245 aa  249  4e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00275745 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1138  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 260 aa  248  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4521  Crp/Fnr family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 257 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0161618  normal  0.0108643 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1047  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  51.75 
 
 		 247 aa  245  4e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1163  CRP/FNR family transcriptional regulator  51.12 
 
 		 251 aa  245  6e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  49.33 
 
 		 403 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1091  CRP/FNR family transcriptional regulator  48.93 
 
 		 247 aa  241  7e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.140321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1007  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  48.93 
 
 		 242 aa  241  9e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1530  Crp/FNR family transcriptional regulator  50.22 
 
 		 239 aa  240  2e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2782  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.34 
 
 		 262 aa  239  2.9999999999999997e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0680307  normal  0.414614 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0606  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.67 
 
 		 267 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.149995 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2471  transcription factor Fnr  50 
 
 		 269 aa  237  1e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.366844  normal  0.0435693 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4433  Crp/FNR family transcriptional regulator  50 
 
 		 224 aa  235  7e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1288  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  49.12 
 
 		 246 aa  230  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4272  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  49.54 
 
 		 218 aa  229  4e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.71016  normal  0.563993 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1937  Crp/FNR family transcriptional regulator  53.73 
 
 		 223 aa  228  9e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155753  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3775  CRP/FNR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 265 aa  226  4e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5008  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 249 aa  225  6e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4486  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 248 aa  224  8e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3149  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.88 
 
 		 249 aa  224  9e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3138  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.88 
 
 		 248 aa  224  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5297  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 248 aa  223  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5737  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 248 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5122  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 248 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0035  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 251 aa  221  7e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0031  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 251 aa  221  8e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0037  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 251 aa  221  8e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.284481  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1540  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 630 aa  221  8e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18142  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0037  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 251 aa  221  8e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1207  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.22 
 
 		 264 aa  221  8e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.494469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0051  cAMP-binding proteins - catabolite gene activator and regulatory subunit of cAMP-dependent protein kinases  46.98 
 
 		 251 aa  221  8e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1464  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 251 aa  221  8e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.855917  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1184  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 251 aa  221  8e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3345  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 247 aa  216  5e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.797997  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1666  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.26 
 
 		 250 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0506299  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2510  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  45.85 
 
 		 274 aa  206  5e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.6173 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4294  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 272 aa  202  4e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1170  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.13 
 
 		 274 aa  202  6e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2417  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  39.33 
 
 		 249 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0646393  decreased coverage  0.000000159166 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2219  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  38.49 
 
 		 249 aa  194  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2018  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  38.08 
 
 		 252 aa  193  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.831368  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2233  CRP/FNR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 253 aa  193  3e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0375344  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0792  CRP/FNR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 262 aa  190  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.328451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2471  CRP/FNR family transcriptional regulator  40 
 
 		 273 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185946  normal  0.661743 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3034  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 269 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.369454  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 265 aa  188  8e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1045  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  37.6 
 
 		 250 aa  188  9e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.18077  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0212  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.79 
 
 		 254 aa  187  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0460  CRP/FNR family transcriptional regulator  41.59 
 
 		 256 aa  187  1e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2034  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  40.09 
 
 		 232 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2105  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  39.74 
 
 		 248 aa  186  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0944449  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1993  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  37.24 
 
 		 249 aa  187  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.238952  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2398  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  39.74 
 
 		 248 aa  186  3e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1799  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  36.82 
 
 		 250 aa  186  3e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.417815  normal  0.180258 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0319  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 262 aa  186  4e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2037  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 232 aa  185  5e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.441781 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2293  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  38.89 
 
 		 250 aa  185  6e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2311  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.46 
 
 		 250 aa  184  9e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.144598  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1546  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  38.46 
 
 		 250 aa  184  9e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1788  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  38.46 
 
 		 250 aa  184  9e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.765276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2291  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  38.46 
 
 		 250 aa  184  9e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1450  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  38.46 
 
 		 250 aa  184  9e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1575  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  38.46 
 
 		 250 aa  184  9e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1204  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.38 
 
 		 242 aa  184  9e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2356  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  36.4 
 
 		 254 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1111  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.38 
 
 		 242 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.700786  normal  0.531022 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1944  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  38.89 
 
 		 250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.755264  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2081  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  38.89 
 
 		 250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0488524  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1833  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  38.89 
 
 		 250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1283  putative fumarate and nitrate reduction regulatory transcription regulator protein  38.94 
 
 		 242 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0516193  normal  0.32826 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1491  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  38.46 
 
 		 250 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0202312  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1673  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  38.46 
 
 		 250 aa  183  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.349784  normal  0.0983377 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>