48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4089 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_1201  hypothetical protein  81.76 
 
 		 434 aa  717    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.259827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4089  dihydrodipicolinate reductase  100 
 
 		 435 aa  873    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1559  SAF domain-containing protein  75.51 
 
 		 447 aa  629  1e-179  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.712401  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2547  SAF domain-containing protein  65.62 
 
 		 452 aa  559  1e-158  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3724  SAF domain protein  66.52 
 
 		 454 aa  555  1e-157  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3249  hypothetical protein  63.96 
 
 		 445 aa  555  1e-157  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.741683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0880  SAF domain-containing protein  63.51 
 
 		 458 aa  551  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4870  SAF domain-containing protein  63 
 
 		 453 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  normal  0.446173 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1550  SAF domain-containing protein  60.81 
 
 		 446 aa  538  9.999999999999999e-153  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000710074  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0296  SAF domain protein  63.06 
 
 		 451 aa  532  1e-150  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3096  SAF domain-containing protein  63.96 
 
 		 455 aa  518  1e-146  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.283143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0563  SAF domain-containing protein  58.47 
 
 		 452 aa  491  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0585583  normal  0.350969 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6900  SAF domain protein  56.98 
 
 		 452 aa  490  1e-137  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1713  oxidoreductase-like  53.93 
 
 		 452 aa  471  1.0000000000000001e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.138694  normal  0.337771 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2314  SAF domain-containing protein  52.93 
 
 		 446 aa  461  1e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.673727  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1545  SAF domain protein  53.15 
 
 		 446 aa  462  1e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3473  oxidoreductase domain protein  54.28 
 
 		 453 aa  454  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0794903  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3605  oxidoreductase domain-containing protein  50.91 
 
 		 450 aa  427  1e-118  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3777  SAF domain protein  34 
 
 		 430 aa  227  4e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000406038  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0910  putative oxidoreductase  34.82 
 
 		 438 aa  220  3.9999999999999997e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0970  oxidoreductase, putative  34.81 
 
 		 438 aa  220  3.9999999999999997e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.21014  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2231  homoserine dehydrogenase, NAD-binding  36.24 
 
 		 443 aa  216  9e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.469833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3688  homoserine dehydrogenase, NAD-binding  35.97 
 
 		 439 aa  215  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1387  homoserine dehydrogenase NAD-binding  33.64 
 
 		 438 aa  209  7e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1504  dihydrodipicolinate reductase  31.7 
 
 		 430 aa  209  8e-53  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000626794  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4118  SAF domain-containing protein  34.44 
 
 		 439 aa  205  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.015504  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1106  putative oxidoreductase, NAD-binding  31.09 
 
 		 441 aa  192  9e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.489404  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3141  homoserine dehydrogenase, NAD-binding  32.27 
 
 		 455 aa  172  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3388  SAF domain-containing protein  31.36 
 
 		 467 aa  159  9e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2179  SAF domain-containing protein  33.19 
 
 		 449 aa  156  8e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1654  SAF domain-containing protein  32.24 
 
 		 449 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.448781 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0025  NAD(P)-dependent oxidoreductase  32.24 
 
 		 449 aa  155  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5191  SAF domain protein  32.33 
 
 		 437 aa  153  5e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1208  homoserine dehydrogenase  34.22 
 
 		 424 aa  149  8e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2145  SAF domain protein  32.01 
 
 		 453 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.342497  hitchhiker  0.000671283 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2334  homoserine dehydrogenase, NAD-binding protein  34.97 
 
 		 456 aa  145  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.670502  normal  0.115253 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3127  SAF domain-containing protein  30.72 
 
 		 437 aa  143  6e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0203233  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0572  SAF domain protein  32.24 
 
 		 429 aa  143  6e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00218349  normal  0.0588156 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1114  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD-binding  30.77 
 
 		 437 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.783576  normal  0.181538 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0066  homoserine dehydrogenase  28.57 
 
 		 418 aa  121  3e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2037  homoserine dehydrogenase  28.57 
 
 		 418 aa  120  3.9999999999999996e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3191  SAF domain protein  29.49 
 
 		 428 aa  119  9.999999999999999e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00124464  hitchhiker  0.000220219 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4541  SAF domain-containing protein  30.42 
 
 		 441 aa  116  7.999999999999999e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10759  normal  0.775728 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3729  SAF domain protein  32.14 
 
 		 440 aa  112  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1155  oxidoreductase domain protein  26.91 
 
 		 396 aa  88.6  2e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2407  homoserine dehydrogenase NAD-binding  25.72 
 
 		 377 aa  65.9  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1281  Homoserine dehydrogenase  30.15 
 
 		 437 aa  45.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5219  homoserine dehydrogenase  31.1 
 
 		 449 aa  44.3  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.697669  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>