108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3473 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_1713  oxidoreductase-like  87.39 
 
 		 452 aa  827    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.138694  normal  0.337771 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2314  SAF domain-containing protein  81.08 
 
 		 446 aa  762    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.673727  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1545  SAF domain protein  80.63 
 
 		 446 aa  756    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3473  oxidoreductase domain protein  100 
 
 		 453 aa  929    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0794903  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3724  SAF domain protein  60.67 
 
 		 454 aa  534  1e-150  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3249  hypothetical protein  56.98 
 
 		 445 aa  527  1e-148  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.741683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0880  SAF domain-containing protein  56 
 
 		 458 aa  523  1e-147  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1550  SAF domain-containing protein  54.73 
 
 		 446 aa  515  1.0000000000000001e-145  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000710074  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2547  SAF domain-containing protein  57.3 
 
 		 452 aa  514  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4870  SAF domain-containing protein  54.95 
 
 		 453 aa  501  1e-141  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  normal  0.446173 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3096  SAF domain-containing protein  57.62 
 
 		 455 aa  499  1e-140  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.283143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1201  hypothetical protein  54.16 
 
 		 434 aa  482  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.259827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0296  SAF domain protein  54.48 
 
 		 451 aa  479  1e-134  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6900  SAF domain protein  51.77 
 
 		 452 aa  478  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1559  SAF domain-containing protein  56.7 
 
 		 447 aa  476  1e-133  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.712401  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0563  SAF domain-containing protein  51.02 
 
 		 452 aa  463  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0585583  normal  0.350969 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4089  dihydrodipicolinate reductase  54.16 
 
 		 435 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3605  oxidoreductase domain-containing protein  50.22 
 
 		 450 aa  429  1e-119  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2231  homoserine dehydrogenase, NAD-binding  34.9 
 
 		 443 aa  227  3e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.469833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3688  homoserine dehydrogenase, NAD-binding  33.18 
 
 		 439 aa  222  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4118  SAF domain-containing protein  31.38 
 
 		 439 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.015504  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0970  oxidoreductase, putative  31.91 
 
 		 438 aa  217  4e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.21014  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0910  putative oxidoreductase  31.91 
 
 		 438 aa  216  5e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1387  homoserine dehydrogenase NAD-binding  30.82 
 
 		 438 aa  209  9e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3777  SAF domain protein  30.6 
 
 		 430 aa  200  6e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000406038  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1106  putative oxidoreductase, NAD-binding  29.73 
 
 		 441 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.489404  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1504  dihydrodipicolinate reductase  28.57 
 
 		 430 aa  186  5e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000626794  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1654  SAF domain-containing protein  33.41 
 
 		 449 aa  179  9e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.448781 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0025  NAD(P)-dependent oxidoreductase  33.41 
 
 		 449 aa  179  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2179  SAF domain-containing protein  33.7 
 
 		 449 aa  179  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1114  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD-binding  30.87 
 
 		 437 aa  167  2e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.783576  normal  0.181538 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2145  SAF domain protein  31.7 
 
 		 453 aa  164  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.342497  hitchhiker  0.000671283 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5191  SAF domain protein  30.29 
 
 		 437 aa  164  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4541  SAF domain-containing protein  31.97 
 
 		 441 aa  162  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.10759  normal  0.775728 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3127  SAF domain-containing protein  30.04 
 
 		 437 aa  158  2e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0203233  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0572  SAF domain protein  29.53 
 
 		 429 aa  155  1e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00218349  normal  0.0588156 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3191  SAF domain protein  30.13 
 
 		 428 aa  152  1e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00124464  hitchhiker  0.000220219 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3141  homoserine dehydrogenase, NAD-binding  30.7 
 
 		 455 aa  143  6e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3388  SAF domain-containing protein  28 
 
 		 467 aa  137  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1208  homoserine dehydrogenase  28.91 
 
 		 424 aa  130  7.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2037  homoserine dehydrogenase  26.96 
 
 		 418 aa  114  4.0000000000000004e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0066  homoserine dehydrogenase  26.74 
 
 		 418 aa  114  5e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2334  homoserine dehydrogenase, NAD-binding protein  28.5 
 
 		 456 aa  103  7e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.670502  normal  0.115253 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2407  homoserine dehydrogenase NAD-binding  25.36 
 
 		 377 aa  82  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3729  SAF domain protein  26.09 
 
 		 440 aa  80.5  0.00000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1155  oxidoreductase domain protein  26.27 
 
 		 396 aa  66.2  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6225  homoserine dehydrogenase  31.51 
 
 		 442 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1854  homoserine dehydrogenase  31.51 
 
 		 442 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0634592  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1792  homoserine dehydrogenase  31.51 
 
 		 442 aa  55.8  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.075233  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1878  homoserine dehydrogenase  30.82 
 
 		 442 aa  56.2  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0688799  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0904  homoserine dehydrogenase  31.29 
 
 		 437 aa  55.1  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1048  homoserine dehydrogenase  31.29 
 
 		 437 aa  55.1  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1993  homoserine dehydrogenase  29.31 
 
 		 436 aa  53.9  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1551  homoserine dehydrogenase  26.96 
 
 		 439 aa  53.1  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0931  homoserine dehydrogenase  31.65 
 
 		 443 aa  52.8  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.516098 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2381  homoserine dehydrogenase  29.45 
 
 		 443 aa  51.6  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0434053  normal  0.518903 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1966  homoserine dehydrogenase  28.77 
 
 		 436 aa  51.2  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000284917  normal  0.216212 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1806  homoserine dehydrogenase  30.14 
 
 		 443 aa  50.4  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.149536  hitchhiker  0.00453238 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1238  homoserine dehydrogenase  32.23 
 
 		 444 aa  49.7  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324342 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3206  homoserine dehydrogenase  30.28 
 
 		 453 aa  49.3  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0445  Homoserine dehydrogenase  28 
 
 		 436 aa  49.3  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.68912  normal  0.720886 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2578  homoserine dehydrogenase  29.93 
 
 		 435 aa  49.3  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2559  homoserine dehydrogenase  30.28 
 
 		 453 aa  49.7  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2090  homoserine dehydrogenase  32.06 
 
 		 445 aa  48.9  0.0002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2231  homoserine dehydrogenase  28.08 
 
 		 448 aa  48.5  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0168206  hitchhiker  0.0000403995 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0438  homoserine dehydrogenase  28.57 
 
 		 436 aa  49.3  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0137  oxidoreductase domain protein  33.04 
 
 		 377 aa  48.5  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3010  homoserine dehydrogenase  27.64 
 
 		 440 aa  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.448241  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2393  inositol 2-dehydrogenase  34.03 
 
 		 338 aa  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3335  oxidoreductase domain protein  33.33 
 
 		 377 aa  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2386  homoserine dehydrogenase  36.99 
 
 		 436 aa  47.8  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1480  homoserine dehydrogenase  26.86 
 
 		 434 aa  47.4  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.270684  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2970  Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase  31.62 
 
 		 377 aa  47.4  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1419  homoserine dehydrogenase  30.14 
 
 		 442 aa  47.8  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.470223  normal  0.0359318 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3042  oxidoreductase domain-containing protein  31.62 
 
 		 377 aa  47.4  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1831  homoserine dehydrogenase  29.25 
 
 		 440 aa  47.4  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1281  Homoserine dehydrogenase  27.59 
 
 		 437 aa  47.4  0.0006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2274  homoserine dehydrogenase  35.71 
 
 		 433 aa  47  0.0006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1871  hypothetical protein  31.62 
 
 		 377 aa  47.4  0.0006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00529235 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0827  homoserine dehydrogenase  31.58 
 
 		 432 aa  47  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3765  homoserine dehydrogenase  28.57 
 
 		 433 aa  47  0.0008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000524334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0783  homoserine dehydrogenase  31.16 
 
 		 429 aa  46.2  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00270854  unclonable  0.0000000575852 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1583  dehydrogenase  30.77 
 
 		 378 aa  46.2  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000299864  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0799  homoserine dehydrogenase  31.58 
 
 		 432 aa  46.6  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0286  homoserine dehydrogenase  32.58 
 
 		 433 aa  46.2  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4262  homoserine dehydrogenase  29.93 
 
 		 469 aa  46.2  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.483793  normal  0.212459 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1027  homoserine dehydrogenase  25.3 
 
 		 434 aa  45.4  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.632336 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5155  homoserine dehydrogenase  28.77 
 
 		 442 aa  45.8  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.350686  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16070  homoserine dehydrogenase  27.11 
 
 		 434 aa  45.8  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2025  homoserine dehydrogenase  27.89 
 
 		 438 aa  45.8  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1764  homoserine dehydrogenase  28.77 
 
 		 442 aa  45.8  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.336124 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2035  Homoserine dehydrogenase  33.33 
 
 		 452 aa  45.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1397  glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I  30.69 
 
 		 338 aa  45.8  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1383  homoserine dehydrogenase  27.27 
 
 		 434 aa  45.1  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00178253  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01570  predicted dehydrogenase  34.26 
 
 		 357 aa  44.7  0.003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3103  oxidoreductase domain-containing protein  33.33 
 
 		 367 aa  44.7  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0783831 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2190  homoserine dehydrogenase  26.45 
 
 		 447 aa  44.3  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0858531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1442  oxidoreductase domain-containing protein  31.53 
 
 		 376 aa  44.3  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3765  oxidoreductase domain protein  28.18 
 
 		 518 aa  43.9  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.36959  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0976  oxidoreductase domain protein  28.83 
 
 		 379 aa  43.9  0.006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.239021  normal  0.0340208 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>