More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3794 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1670  FAD dependent oxidoreductase  82.24 
 
 		 411 aa  675    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3794  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 411 aa  827    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.257462 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0991  FAD dependent oxidoreductase  52.22 
 
 		 432 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.866144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0863  FAD dependent oxidoreductase  51.25 
 
 		 430 aa  391  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417509 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3537  oxidoreductase  41.13 
 
 		 427 aa  250  4e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.314766  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2348  FAD dependent oxidoreductase  37.43 
 
 		 401 aa  241  1e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0210  FAD dependent oxidoreductase  36.1 
 
 		 401 aa  232  1e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.853953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4610  FAD dependent oxidoreductase  38.76 
 
 		 409 aa  228  1e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6458  FAD dependent oxidoreductase  32.9 
 
 		 402 aa  222  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4211  FAD dependent oxidoreductase  32.89 
 
 		 401 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3761  FAD dependent oxidoreductase  35.23 
 
 		 402 aa  199  7e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1233  FAD dependent oxidoreductase  29.43 
 
 		 397 aa  195  1e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3974  hypothetical protein  29.8 
 
 		 397 aa  192  6e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3195  oxidoreductase  28.64 
 
 		 405 aa  192  1e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3172  oxidoreductase  28.9 
 
 		 405 aa  191  2e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1232  hypothetical protein  28.86 
 
 		 397 aa  190  5e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1332  hypothetical protein  28.86 
 
 		 397 aa  190  5e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.518272  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1209  oxidoreductase  28.87 
 
 		 397 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3187  oxidoreductase, putative  28.64 
 
 		 405 aa  189  1e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.70562  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1211  oxidoreductase  28.54 
 
 		 397 aa  189  1e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1407  hypothetical protein  28.61 
 
 		 397 aa  188  1e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1431  hypothetical protein  28.79 
 
 		 397 aa  187  2e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05617  FAD dependent oxidoreductase, putative  32.92 
 
 		 417 aa  187  2e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0367368  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1370  hypothetical protein  29.47 
 
 		 398 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0253561  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1472  hypothetical protein  28.28 
 
 		 397 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4319  FAD dependent oxidoreductase  31.77 
 
 		 399 aa  181  1e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.363832  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1311  FAD dependent oxidoreductase  32.2 
 
 		 420 aa  156  5.0000000000000005e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70100  putative oxidoreductase  28.4 
 
 		 439 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3177  FAD dependent oxidoreductase  26.48 
 
 		 428 aa  105  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000102861  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6084  putative oxidoreductase  27.9 
 
 		 439 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0098  hypothetical protein  26.97 
 
 		 437 aa  102  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1124  FAD dependent oxidoreductase  26.84 
 
 		 453 aa  98.6  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.564615  normal  0.27217 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5894  FAD dependent oxidoreductase  28.86 
 
 		 506 aa  97.1  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2064  FAD dependent oxidoreductase  25.88 
 
 		 426 aa  95.9  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0942  FAD dependent oxidoreductase  26.46 
 
 		 435 aa  94.7  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3857  FAD dependent oxidoreductase  25.56 
 
 		 462 aa  94  4e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0242  FAD dependent oxidoreductase  24.94 
 
 		 437 aa  94  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5529  FAD dependent oxidoreductase  24.57 
 
 		 436 aa  94  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.460053 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0969  FAD dependent oxidoreductase  26.72 
 
 		 434 aa  93.6  6e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5122  FAD dependent oxidoreductase  27.32 
 
 		 460 aa  93.6  6e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2830  FAD dependent oxidoreductase  23.81 
 
 		 433 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1537  gamma-glutamylputrescine oxidoreductase  27.2 
 
 		 426 aa  93.2  8e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.263675  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48010  D-amino acid oxidoreductase family protein  26.13 
 
 		 438 aa  92.8  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01278  gamma-Glu-putrescine oxidase, FAD/NAD(P)-binding  26.3 
 
 		 426 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.648235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2345  FAD dependent oxidoreductase  26.3 
 
 		 426 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000869786  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0333  oxidoreductase, with Rieske iron-sulfur protein 2Fe-2S subunit  24.3 
 
 		 508 aa  91.7  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0232  FAD dependent oxidoreductase  26.02 
 
 		 437 aa  92  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01289  hypothetical protein  26.3 
 
 		 426 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.667562  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0399  putative Rieske 2Fe-2S iron-sulfur protein  24.3 
 
 		 508 aa  92  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1416  gamma-glutamylputrescine oxidoreductase  26.3 
 
 		 426 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4676  oxidoreductase, FAD-dependent  23.51 
 
 		 427 aa  90.9  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6270  FAD dependent oxidoreductase  27.18 
 
 		 436 aa  90.9  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1198  FAD dependent oxidoreductase  24.36 
 
 		 433 aa  90.5  4e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1511  gamma-glutamylputrescine oxidoreductase  26.04 
 
 		 426 aa  90.5  5e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2324  FAD dependent oxidoreductase  26.04 
 
 		 426 aa  90.5  5e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1943  gamma-glutamylputrescine oxidoreductase  26.3 
 
 		 426 aa  90.5  5e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1184  FAD dependent oxidoreductase  27.11 
 
 		 514 aa  90.1  6e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0977  FAD dependent oxidoreductase  24.62 
 
 		 428 aa  90.1  6e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1821  gamma-glutamylputrescine oxidoreductase  26.04 
 
 		 426 aa  90.1  7e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4905  oxidoreductase  24.55 
 
 		 508 aa  90.1  7e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0465  Rieske 2Fe-2S iron-sulfur protein, putative  24.04 
 
 		 508 aa  89  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0350  Rieske 2Fe-2S iron-sulfur protein  24.55 
 
 		 508 aa  89.4  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0336  oxidoreductase, with Rieske iron-sulfur protein 2Fe-2S subunit  24.3 
 
 		 508 aa  89  1e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0365  Rieske 2Fe-2S iron-sulfur protein  24.55 
 
 		 508 aa  89.4  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0413  oxidoreductase  24.3 
 
 		 508 aa  89  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3508  FAD dependent oxidoreductase  25.89 
 
 		 508 aa  88.6  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1274  hypothetical protein  24.74 
 
 		 428 aa  87.8  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4342  FAD dependent oxidoreductase  29.78 
 
 		 436 aa  87.4  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4024  FAD dependent oxidoreductase  29.78 
 
 		 436 aa  87.4  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488918  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1135  FAD dependent oxidoreductase  23.79 
 
 		 428 aa  87  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5325  FAD dependent oxidoreductase  24.81 
 
 		 430 aa  87  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0381154 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0345  FAD dependent oxidoreductase  23.79 
 
 		 508 aa  86.7  7e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3093  FAD dependent oxidoreductase  24.49 
 
 		 428 aa  86.3  8e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0147187  normal  0.775348 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3527  FAD dependent oxidoreductase  25.7 
 
 		 508 aa  86.3  9e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2914  FAD dependent oxidoreductase  24.49 
 
 		 428 aa  86.3  9e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00154313  normal  0.633175 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0197  FAD dependent oxidoreductase  25.13 
 
 		 430 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00048613 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2687  hypothetical protein  27.18 
 
 		 394 aa  85.9  0.000000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0000272458  normal  0.186657 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0950  FAD dependent oxidoreductase  23.61 
 
 		 440 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0461  putative Rieske 2Fe-2S iron-sulfur protein  23.79 
 
 		 508 aa  86.3  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04889  FAD dependent oxidoreductase  26.42 
 
 		 466 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_6011  FAD dependent oxidoreductase  29.31 
 
 		 436 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.414798  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0903  FAD dependent oxidoreductase  25.19 
 
 		 454 aa  85.9  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1057  FAD dependent oxidoreductase  25.98 
 
 		 435 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5016  FAD dependent oxidoreductase  26.14 
 
 		 424 aa  85.1  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.208645  normal  0.555113 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1203  FAD dependent oxidoreductase  23.27 
 
 		 428 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1127  FAD dependent oxidoreductase  24.93 
 
 		 435 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0775  putative FAD dependent oxidoreductase  27.78 
 
 		 425 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.476626 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1098  FAD dependent oxidoreductase  23.27 
 
 		 428 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.289023  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2899  FAD dependent oxidoreductase  25.39 
 
 		 431 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2996  FAD dependent oxidoreductase  24.49 
 
 		 428 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0244962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0341  FAD dependent oxidoreductase  23.62 
 
 		 508 aa  84.7  0.000000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3188  FAD dependent oxidoreductase  23.63 
 
 		 428 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0304337  hitchhiker  0.00908383 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3062  FAD dependent oxidoreductase  27.18 
 
 		 482 aa  84.3  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.30158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3005  FAD dependent oxidoreductase  22.89 
 
 		 428 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.432332  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0537  FAD dependent oxidoreductase  25.52 
 
 		 419 aa  84  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1065  FAD dependent oxidoreductase  23.12 
 
 		 428 aa  84  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2638  putative oxidoreductase  23.46 
 
 		 428 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000755871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0629  oxidoreductase  28.11 
 
 		 468 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356025  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1112  FAD dependent oxidoreductase  23.02 
 
 		 428 aa  84  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000918343  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1170  FAD dependent oxidoreductase  23.02 
 
 		 428 aa  84  0.000000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000237219  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>