232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2325 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2325  cobalamin 5'-phosphate synthase  100 
 
 		 258 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3283  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  71.71 
 
 		 258 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2385  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  64.45 
 
 		 256 aa  290  1e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.923196  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1259  cobalamin 5'-phosphate synthase  44.62 
 
 		 266 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.1794 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1450  cobalamin 5'-phosphate synthase  46.67 
 
 		 265 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.21274  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1027  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  36.61 
 
 		 277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3857  cobalamin 5'-phosphate synthase  45.71 
 
 		 280 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2743  cobalamin 5'-phosphate synthase  45.02 
 
 		 252 aa  141  9e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0979893 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0844  cobalamin 5'-phosphate synthase  40.78 
 
 		 264 aa  135  4e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.257901 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0715  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.1 
 
 		 255 aa  130  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0631  cobalamin-5'-phosphate synthase  33.81 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.359173  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2659  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.19 
 
 		 264 aa  128  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3498  cobalamin synthase  36.84 
 
 		 258 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0099  cobalamin-5'-phosphate synthase  39.6 
 
 		 254 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0999  cobalamin synthase  36.55 
 
 		 258 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4485  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  32.96 
 
 		 267 aa  122  7e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0546206 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0520  cobalamin-5'-phosphate synthase  40 
 
 		 267 aa  122  7e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.228325  normal  0.0120715 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2302  cobalamin-5'-phosphate synthase  39.1 
 
 		 276 aa  121  9e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.214077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2209  cobalamin synthase  36.4 
 
 		 249 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0333047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4083  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.77 
 
 		 257 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4390  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.78 
 
 		 249 aa  118  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2204  cobalamin synthase  37.94 
 
 		 256 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.633023  normal  0.151172 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2784  cobalamin synthase  36.02 
 
 		 259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.596854 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0149  cobalamin synthase  34.92 
 
 		 256 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0877  cobalamin synthase  36.88 
 
 		 261 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5686  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  37.27 
 
 		 270 aa  115  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00218836  normal  0.146297 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0740  cobalamin-5'-phosphate synthase  35.56 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.4929 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2610  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  37.41 
 
 		 280 aa  113  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1138  cobalamin 5'-phosphate synthase  35.18 
 
 		 269 aa  112  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5783  cobalamin synthase  35.71 
 
 		 250 aa  112  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1036  cobalamin synthase  36.48 
 
 		 262 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3733  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.07 
 
 		 257 aa  110  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.65083 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2500  cobalamin synthase  38.8 
 
 		 259 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398304  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0641  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  34.86 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0112023 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2703  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.64 
 
 		 249 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0763  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.4 
 
 		 260 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1604  cobalamin synthase  36.11 
 
 		 262 aa  107  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122296  normal  0.217032 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2662  cobalamin synthase  34.47 
 
 		 256 aa  106  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0860  cobalamin synthase  31.18 
 
 		 261 aa  105  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2176  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.29 
 
 		 251 aa  105  5e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.880106 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2368  cobalamin synthase  37.4 
 
 		 259 aa  105  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3658  cobalamin synthase  32.8 
 
 		 295 aa  105  9e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.095174  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5376  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  33.85 
 
 		 261 aa  104  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1118  cobalamin synthase  35.04 
 
 		 262 aa  103  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0678  cobalamin-5'-phosphate synthase  37.01 
 
 		 270 aa  104  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0518916  normal  0.202661 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2155  cobalamin 5'-phosphate synthase  33.2 
 
 		 258 aa  103  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0089  cobalamin 5'-phosphate synthase  29.66 
 
 		 261 aa  103  4e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2960  cobalamin synthase  38.87 
 
 		 262 aa  102  7e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0843  cobalamin synthase  36.48 
 
 		 262 aa  102  8e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3179  cobalamin synthase  36.48 
 
 		 262 aa  102  8e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3277  cobalamin synthase  36.48 
 
 		 262 aa  102  8e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.08655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3306  cobalamin-5'-phosphate synthase  39.15 
 
 		 273 aa  101  9e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000293858  normal  0.059508 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02127  cobalamin synthase  36.04 
 
 		 224 aa  101  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0978  cobalamin synthase  37.7 
 
 		 262 aa  99.8  4e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1012  cobalamin synthase  37.7 
 
 		 262 aa  99.8  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1000  cobalamin synthase  37.7 
 
 		 262 aa  99.8  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3379  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.84 
 
 		 259 aa  99  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1841  cobalamin synthase  37.07 
 
 		 250 aa  99  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142134  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2452  cobalamin synthase  37.07 
 
 		 250 aa  99  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.639448  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1635  cobalamin synthase  37.1 
 
 		 252 aa  99  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.186551  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0689  cobalamin synthase  37.1 
 
 		 252 aa  99  7e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1192  cobalamin synthase  37.1 
 
 		 252 aa  99  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.438623  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0577  cobalamin-5'-phosphate synthase  38.57 
 
 		 250 aa  99  7e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00000147618  unclonable  0.0000000241437 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2323  cobalamin synthase  37.1 
 
 		 252 aa  99  7e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.358925  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2963  cobalamin synthase  37.1 
 
 		 252 aa  99  7e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1032  cobalamin synthase  37.1 
 
 		 252 aa  99  7e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0768877  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1038  cobalamin synthase  37.1 
 
 		 252 aa  99  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3363  cobalamin synthase  37.7 
 
 		 262 aa  98.6  8e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0306  cobalamin synthase  29.44 
 
 		 250 aa  97.8  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0928  cobalamin-5'-phosphate synthase  35.42 
 
 		 270 aa  98.2  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.707395  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1490  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  32.51 
 
 		 248 aa  97.4  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00341878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2457  cobalamin synthase  36.4 
 
 		 258 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0838  cobalamin synthase  37.04 
 
 		 252 aa  97.4  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.405313  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3090  cobalamin 5'-phosphate synthase  33.18 
 
 		 253 aa  97.8  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000765428  hitchhiker  0.00160126 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003692  cobalamin synthase  34.39 
 
 		 224 aa  96.7  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2082  cobalamin synthase  38.55 
 
 		 260 aa  94  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.439271  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1000  cobalamin-5'-phosphate synthase  32.92 
 
 		 248 aa  94  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0659  cobalamin synthase  34.22 
 
 		 258 aa  93.2  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0485  cobalamin 5'-phosphate synthase  32.8 
 
 		 248 aa  92.8  4e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2361  cobalamin synthase  35.25 
 
 		 260 aa  93.2  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2396  cobalamin synthase  44.8 
 
 		 258 aa  92  8e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980528  normal  0.106018 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0842  cobalamin synthase  34.43 
 
 		 257 aa  91.3  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1230  cobalamin 5'-phosphate synthase  32.28 
 
 		 240 aa  91.3  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2609  cobalamin 5'-phosphate synthase  33.07 
 
 		 248 aa  90.9  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.801369 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3761  cobalamin synthase  34.44 
 
 		 259 aa  89.7  5e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4584  cobalamin 5'-phosphate synthase  34 
 
 		 268 aa  89  6e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.574207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2016  cobalamin synthase  37.72 
 
 		 259 aa  89  6e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.424584  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0966  cobalamin synthase  32.8 
 
 		 247 aa  89  7e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000884194  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2274  cobalamin synthase  32.8 
 
 		 247 aa  89  7e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00105955  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1132  cobalamin synthase  32.8 
 
 		 247 aa  89  7e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00743672  hitchhiker  0.000086759 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2115  cobalamin synthase  32.8 
 
 		 247 aa  89  7e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350471  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01901  cobalamin synthase  32.8 
 
 		 247 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0133526  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1664  cobalamin 5'-phosphate synthase  32.8 
 
 		 247 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0171207  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01890  hypothetical protein  32.8 
 
 		 247 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0142909  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0871  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.58 
 
 		 275 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.185627 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2837  cobalamin synthase  32.8 
 
 		 247 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0121943  normal  0.903925 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0910  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.19 
 
 		 275 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.361262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1295  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.14 
 
 		 254 aa  87.8  2e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1024  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  33.96 
 
 		 278 aa  87.8  2e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0281  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.86 
 
 		 253 aa  86.7  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326517  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>