238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2016 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_2016  cobalamin synthase  100 
 
 
259 aa  504  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.424584  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1604  cobalamin synthase  48.06 
 
 
262 aa  211  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122296  normal  0.217032 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2082  cobalamin synthase  47.2 
 
 
260 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.439271  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2361  cobalamin synthase  43.85 
 
 
260 aa  195  5.000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2319  cobalamin synthase  46.92 
 
 
260 aa  192  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0866  cobalamin synthase  42.69 
 
 
260 aa  170  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0858  cobalamin synthase  42.31 
 
 
260 aa  167  1e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0910  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.91 
 
 
275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.361262  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0871  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.91 
 
 
275 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.185627 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1172  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.74 
 
 
250 aa  125  6e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.292457  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3774  cobalamin 5'-phosphate synthase  42.08 
 
 
290 aa  122  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0846  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.35 
 
 
275 aa  118  7.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.862603 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2697  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.07 
 
 
275 aa  118  9e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.268909  normal  0.477844 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5783  cobalamin synthase  35.8 
 
 
250 aa  113  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0577  cobalamin-5'-phosphate synthase  38.39 
 
 
250 aa  112  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00000147618  unclonable  0.0000000241437 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1973  cobalamin 5'-phosphate synthase  42.32 
 
 
277 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.541001  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4381  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  42.21 
 
 
290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.156898  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2610  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  35.92 
 
 
280 aa  108  6e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2239  cobalamin synthase  36.33 
 
 
247 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.222569 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2139  cobalamin synthase  36.33 
 
 
240 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2352  cobalamin synthase  36.33 
 
 
247 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0217027  normal  0.0119104 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2186  cobalamin synthase  36.33 
 
 
247 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2193  cobalamin synthase  35.51 
 
 
247 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2659  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.2 
 
 
264 aa  105  8e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0787  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  43.5 
 
 
258 aa  105  9e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00056745  normal  0.0562894 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2837  cobalamin synthase  36.14 
 
 
247 aa  105  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0121943  normal  0.903925 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4485  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  32.81 
 
 
267 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0546206 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2302  cobalamin-5'-phosphate synthase  37.69 
 
 
276 aa  103  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.214077  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3306  cobalamin-5'-phosphate synthase  36.74 
 
 
273 aa  102  5e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000293858  normal  0.059508 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01901  cobalamin synthase  35.34 
 
 
247 aa  102  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0133526  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01890  hypothetical protein  35.34 
 
 
247 aa  102  6e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0142909  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2115  cobalamin synthase  35.74 
 
 
247 aa  102  7e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350471  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1132  cobalamin synthase  35.74 
 
 
247 aa  102  7e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00743672  hitchhiker  0.000086759 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2274  cobalamin synthase  35.74 
 
 
247 aa  102  7e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00105955  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0966  cobalamin synthase  35.74 
 
 
247 aa  102  7e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000884194  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1664  cobalamin 5'-phosphate synthase  35.34 
 
 
247 aa  102  8e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0171207  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1841  cobalamin synthase  34.5 
 
 
250 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142134  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2452  cobalamin synthase  34.5 
 
 
250 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.639448  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2500  cobalamin synthase  35.92 
 
 
259 aa  99  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398304  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2609  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.19 
 
 
248 aa  98.6  8e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.801369 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0740  cobalamin-5'-phosphate synthase  31.72 
 
 
282 aa  97.8  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.4929 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3498  cobalamin synthase  32.65 
 
 
258 aa  97.1  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0678  cobalamin-5'-phosphate synthase  38.04 
 
 
270 aa  97.1  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0518916  normal  0.202661 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0844  cobalamin 5'-phosphate synthase  33.2 
 
 
264 aa  97.8  2e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.257901 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1566  cobalamin 5'-phosphate synthase  40 
 
 
255 aa  96.7  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212563  normal  0.0205938 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0763  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.66 
 
 
260 aa  96.7  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2457  cobalamin synthase  33.72 
 
 
258 aa  96.3  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5376  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  34.94 
 
 
261 aa  95.9  6e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1636  cobalamin synthase  33.47 
 
 
247 aa  95.5  7e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.012457 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0631  cobalamin-5'-phosphate synthase  32.69 
 
 
302 aa  95.1  9e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.359173  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0306  cobalamin synthase  29.76 
 
 
250 aa  94.7  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0149  cobalamin synthase  34.87 
 
 
256 aa  94.7  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4260  cobalamin 5'-phosphate synthase  41.02 
 
 
265 aa  94.7  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.907003  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0668  cobalamin-5'-phosphate synthase  40.32 
 
 
261 aa  93.6  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.364702  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5686  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  35.14 
 
 
270 aa  94  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00218836  normal  0.146297 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2209  cobalamin synthase  32.08 
 
 
249 aa  92  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0333047  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2368  cobalamin synthase  35.74 
 
 
259 aa  92  8e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2662  cobalamin synthase  30.89 
 
 
256 aa  91.3  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3379  cobalamin 5'-phosphate synthase  32.92 
 
 
259 aa  91.3  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0999  cobalamin synthase  31.98 
 
 
258 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1027  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  33.97 
 
 
277 aa  91.7  1e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0641  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  38.5 
 
 
278 aa  91.7  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0112023 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4083  cobalamin 5'-phosphate synthase  32.5 
 
 
257 aa  90.9  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2325  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.79 
 
 
258 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274821  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2784  cobalamin synthase  31.33 
 
 
259 aa  90.5  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.596854 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0860  cobalamin synthase  32.92 
 
 
261 aa  90.9  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1055  cobalamin 5'-phosphate synthase  43.93 
 
 
249 aa  90.9  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0099  cobalamin-5'-phosphate synthase  33.87 
 
 
254 aa  90.1  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1340  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.67 
 
 
263 aa  90.1  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97096 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2155  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.98 
 
 
258 aa  89  7e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430635  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3090  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.02 
 
 
253 aa  87.4  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000765428  hitchhiker  0.00160126 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1036  cobalamin synthase  30.71 
 
 
262 aa  87.4  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0659  cobalamin synthase  33.47 
 
 
258 aa  87.4  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3761  cobalamin synthase  35.8 
 
 
259 aa  87  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0842  cobalamin synthase  32.23 
 
 
257 aa  87  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3283  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  34.96 
 
 
258 aa  86.3  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284158  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2743  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.36 
 
 
252 aa  85.5  7e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0979893 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2204  cobalamin synthase  29.62 
 
 
256 aa  85.5  7e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.633023  normal  0.151172 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0715  cobalamin 5'-phosphate synthase  31.15 
 
 
255 aa  85.5  7e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1138  cobalamin 5'-phosphate synthase  32.52 
 
 
269 aa  85.5  8e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0089  cobalamin 5'-phosphate synthase  29.2 
 
 
261 aa  85.5  9e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2427  cobalamin-5'-phosphate synthase  42.86 
 
 
249 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.01359  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2396  cobalamin synthase  31.95 
 
 
258 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980528  normal  0.106018 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1467  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.44 
 
 
246 aa  84  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0657  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  37.01 
 
 
270 aa  83.2  0.000000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00645782  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003692  cobalamin synthase  32.73 
 
 
224 aa  82.8  0.000000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02127  cobalamin synthase  32.62 
 
 
224 aa  82.4  0.000000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2650  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.91 
 
 
323 aa  82.4  0.000000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0354819  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1894  cobalamin 5'-phosphate synthase  33.85 
 
 
262 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.577089  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3403  cobalamin synthase  29.76 
 
 
256 aa  81.6  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2567  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  41.27 
 
 
264 aa  80.9  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.388089  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0928  cobalamin-5'-phosphate synthase  34.02 
 
 
270 aa  80.1  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.707395  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1090  cobalamin 5'-phosphate synthase  39.83 
 
 
249 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.181671  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2385  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  36.58 
 
 
256 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.923196  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0843  cobalamin synthase  30.71 
 
 
262 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3179  cobalamin synthase  30.71 
 
 
262 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3277  cobalamin synthase  30.71 
 
 
262 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.08655  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0689  cobalamin synthase  32.64 
 
 
252 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1192  cobalamin synthase  32.64 
 
 
252 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.438623  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1038  cobalamin synthase  32.64 
 
 
252 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>