More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2312 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2312  uroporphyrin-III C-methyltransferase  100 
 
 		 251 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.472468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2372  uroporphyrin-III C-methyltransferase  86.89 
 
 		 249 aa  364  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3186  uroporphyrin-III C-methyltransferase  78.81 
 
 		 249 aa  355  3.9999999999999996e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1880  uroporphyrin-III C-methyltransferase  69.72 
 
 		 255 aa  330  1e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2921  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.5 
 
 		 240 aa  225  4e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378644 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0267  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.58 
 
 		 521 aa  224  1e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2296  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.95 
 
 		 490 aa  217  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3024  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.68 
 
 		 505 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2375  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.56 
 
 		 507 aa  212  3.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.656731 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3418  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.66 
 
 		 485 aa  210  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2864  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.66 
 
 		 510 aa  209  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29074  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2220  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.79 
 
 		 245 aa  206  2e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1526  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.93 
 
 		 240 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.656965 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2556  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.07 
 
 		 244 aa  202  4e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.50285 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3547  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.09 
 
 		 485 aa  201  6e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  unclonable  0.00205228  normal  0.594146 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3223  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.68 
 
 		 485 aa  202  6e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5891  siroheme synthase  44.21 
 
 		 493 aa  195  5.000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2820  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.5 
 
 		 241 aa  188  7e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1476  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.5 
 
 		 241 aa  188  7e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.446834  normal  0.594391 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1077  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.84 
 
 		 490 aa  186  5e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0490237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3750  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.38 
 
 		 497 aa  182  3e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.592413  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2728  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.53 
 
 		 277 aa  179  4.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1775  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  43.62 
 
 		 473 aa  177  1e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0534697  normal  0.7368 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1546  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.67 
 
 		 277 aa  177  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.746626  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4598  siroheme synthase  41.56 
 
 		 467 aa  175  5e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28170  Uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.31 
 
 		 464 aa  175  6e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3797  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.75 
 
 		 269 aa  175  6e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2892  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.21 
 
 		 269 aa  175  7e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03694  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.68 
 
 		 479 aa  174  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2146  siroheme synthase  46.03 
 
 		 485 aa  174  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.529421  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3770  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.73 
 
 		 300 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0179  siroheme synthase  44.49 
 
 		 477 aa  173  2.9999999999999996e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0652  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  38.68 
 
 		 493 aa  171  1e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3362  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.25 
 
 		 480 aa  171  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1679  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  45.97 
 
 		 481 aa  171  1e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30340  siroheme synthase  41.45 
 
 		 465 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0173  siroheme synthase  44.08 
 
 		 478 aa  170  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4015  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.7 
 
 		 480 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.372095 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0215  siroheme synthase  41.15 
 
 		 462 aa  169  3e-41  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0927  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.74 
 
 		 281 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1443  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.66 
 
 		 276 aa  169  4e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.224793  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0961  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.74 
 
 		 281 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.509191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3409  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.32 
 
 		 278 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3581  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  41.88 
 
 		 464 aa  168  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.249196  normal  0.492888 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2597  siroheme synthase  41.03 
 
 		 465 aa  168  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0188  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.21 
 
 		 475 aa  169  6e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0787  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.18 
 
 		 273 aa  168  7e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.464331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3188  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.55 
 
 		 272 aa  168  7e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3403  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.03 
 
 		 464 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3719  siroheme synthase  39.41 
 
 		 470 aa  168  9e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.411824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0232  siroheme synthase  39.41 
 
 		 473 aa  168  9e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3959  siroheme synthase  39.41 
 
 		 473 aa  168  9e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3728  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.49 
 
 		 276 aa  167  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1636  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.1 
 
 		 478 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0591457  normal  0.234749 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3174  uroporphyrin-III C-methyltransferase, C-terminal:siroheme synthase, N-terminal  41.2 
 
 		 464 aa  167  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.108275  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0953  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.91 
 
 		 278 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.553083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3604  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.03 
 
 		 463 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.556509 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2383  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  42.55 
 
 		 462 aa  167  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.806488  hitchhiker  0.00704026 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3044  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.09 
 
 		 277 aa  167  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3999  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.45 
 
 		 463 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.426226  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3519  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.8 
 
 		 480 aa  167  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.605082  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1155  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.8 
 
 		 461 aa  167  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1823  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.68 
 
 		 478 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.1629  normal  0.347271 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1290  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.63 
 
 		 258 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1834  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.52 
 
 		 463 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000289405 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06660  putative uroporphyrin-III c-methyltransferase  41.35 
 
 		 279 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.253082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0672  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.89 
 
 		 273 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00608831 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0899  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  40.98 
 
 		 276 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3697  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.35 
 
 		 254 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.748365 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0417  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.82 
 
 		 462 aa  166  4e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2965  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  44.73 
 
 		 259 aa  165  5.9999999999999996e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0260792  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0407  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.29 
 
 		 259 aa  165  5.9999999999999996e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03219  fused siroheme synthase 1,3-dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase and siroheme ferrochelatase/uroporphyrinogen methyltransferase  39.22 
 
 		 457 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0344  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.22 
 
 		 457 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03171  hypothetical protein  39.22 
 
 		 457 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3744  siroheme synthase  39.22 
 
 		 457 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4679  siroheme synthase  39.22 
 
 		 457 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.839222 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3650  siroheme synthase  39.22 
 
 		 457 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000355794 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3838  siroheme synthase  39.22 
 
 		 457 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1099  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.56 
 
 		 484 aa  165  6.9999999999999995e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.656193 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0344  siroheme synthase  39.22 
 
 		 457 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.898093 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3564  siroheme synthase  39.22 
 
 		 457 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3796  siroheme synthase  41.12 
 
 		 457 aa  164  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.01671 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0863  uroporphyrin-III C-methyltransferase-like  38.98 
 
 		 468 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.147258  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0662  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.64 
 
 		 271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3073  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  40.57 
 
 		 276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.419877  normal  0.821671 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1126  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.45 
 
 		 263 aa  163  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3344  siroheme synthase  39.91 
 
 		 464 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00903193  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1756  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  42.74 
 
 		 250 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0862  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  40.57 
 
 		 276 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0632575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2236  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.13 
 
 		 503 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2433  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.44 
 
 		 265 aa  162  4.0000000000000004e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.554082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3989  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  45.19 
 
 		 480 aa  162  4.0000000000000004e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0569779  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3846  siroheme synthase  40.09 
 
 		 457 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.130759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3675  siroheme synthase  42.06 
 
 		 459 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3749  siroheme synthase  40.09 
 
 		 457 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.848215 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0958  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.73 
 
 		 273 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.297399  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0861  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.84 
 
 		 472 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.402872  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3784  siroheme synthase  40.09 
 
 		 457 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2173  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  40.74 
 
 		 489 aa  162  6e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>