More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2220 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2220  uroporphyrin-III C-methyltransferase  100 
 
 
245 aa  479  1e-134  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2921  uroporphyrin-III C-methyltransferase  74.58 
 
 
240 aa  337  9.999999999999999e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0378644 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1526  uroporphyrin-III C-methyltransferase  72.92 
 
 
240 aa  318  3.9999999999999996e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.656965 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2820  uroporphyrin-III C-methyltransferase  75.21 
 
 
241 aa  298  4e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1476  uroporphyrin-III C-methyltransferase  75.21 
 
 
241 aa  298  4e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.446834  normal  0.594391 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2556  uroporphyrin-III C-methyltransferase  65.69 
 
 
244 aa  278  6e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.50285 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3186  uroporphyrin-III C-methyltransferase  52.14 
 
 
249 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1880  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50 
 
 
255 aa  215  5e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2296  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.86 
 
 
490 aa  211  1e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12544  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0267  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.1 
 
 
521 aa  207  1e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3418  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.43 
 
 
485 aa  205  6e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2312  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.79 
 
 
251 aa  204  9e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.472468  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2864  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.84 
 
 
510 aa  203  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29074  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1077  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.78 
 
 
490 aa  196  3e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0490237  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5891  siroheme synthase  46.12 
 
 
493 aa  195  7e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3547  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.43 
 
 
485 aa  194  8.000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  unclonable  0.00205228  normal  0.594146 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3223  uroporphyrin-III C-methyltransferase  50.43 
 
 
485 aa  194  9e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2372  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.5 
 
 
249 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2375  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.61 
 
 
507 aa  192  4e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.656731 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3024  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.36 
 
 
505 aa  192  6e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3750  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.55 
 
 
497 aa  179  4e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.592413  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1775  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  43.97 
 
 
473 aa  174  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0534697  normal  0.7368 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1107  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.55 
 
 
487 aa  171  6.999999999999999e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4015  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.67 
 
 
480 aa  171  9e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.372095 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0298  fused siroheme synthase 1,3-dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase and siroheme ferrochelatase and uroporphyrinogen methyltransferase  48.77 
 
 
472 aa  170  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1823  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.83 
 
 
478 aa  168  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.1629  normal  0.347271 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1636  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.4 
 
 
478 aa  168  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0591457  normal  0.234749 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1379  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.29 
 
 
478 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15345  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2922  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.98 
 
 
260 aa  166  2e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.215743  normal  0.0409844 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3111  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.24 
 
 
250 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4696  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.97 
 
 
478 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1099  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.4 
 
 
484 aa  165  5.9999999999999996e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.656193 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05583  siroheme synthase  42.24 
 
 
301 aa  165  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0795  siroheme synthase (Includes: Uroporphyrin-III C-methyltransferase, Precorrin-2 dehydrogenase,Sirohydrochlorin ferrochelatase)  40 
 
 
275 aa  165  5.9999999999999996e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.751719  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4679  siroheme synthase  41.48 
 
 
457 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.839222 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1546  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.6 
 
 
277 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.746626  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03219  fused siroheme synthase 1,3-dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase and siroheme ferrochelatase/uroporphyrinogen methyltransferase  41.48 
 
 
457 aa  164  8e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0344  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.48 
 
 
457 aa  164  8e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3650  siroheme synthase  41.48 
 
 
457 aa  164  8e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000355794 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3744  siroheme synthase  41.48 
 
 
457 aa  165  8e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0344  siroheme synthase  41.48 
 
 
457 aa  164  8e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.898093 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03171  hypothetical protein  41.48 
 
 
457 aa  164  8e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3564  siroheme synthase  41.48 
 
 
457 aa  164  8e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3838  siroheme synthase  41.48 
 
 
457 aa  164  8e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6982  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  43.72 
 
 
476 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2337  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.5 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1155  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.58 
 
 
461 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0958  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.98 
 
 
273 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.297399  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0899  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  45.63 
 
 
276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2286  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.5 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3044  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.58 
 
 
277 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1698  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  39.06 
 
 
458 aa  163  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0715064 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3073  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  45.63 
 
 
276 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.419877  normal  0.821671 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2728  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.6 
 
 
277 aa  162  3e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3188  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.08 
 
 
272 aa  163  3e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0787  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.95 
 
 
273 aa  163  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.464331  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1111  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.04 
 
 
482 aa  162  4.0000000000000004e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1399  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.29 
 
 
478 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.277846  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0672  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.22 
 
 
273 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608831 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3749  siroheme synthase  42.61 
 
 
457 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.848215 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0188  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.44 
 
 
475 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3846  siroheme synthase  42.61 
 
 
457 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.130759  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3784  siroheme synthase  42.61 
 
 
457 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0862  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  45.15 
 
 
276 aa  162  6e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0632575  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3675  siroheme synthase  42.61 
 
 
459 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0927  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.85 
 
 
281 aa  161  7e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3409  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.85 
 
 
278 aa  161  7e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0961  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.85 
 
 
281 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.509191  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2089  ferrochelatase  40.95 
 
 
474 aa  161  9e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0691041  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3728  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.63 
 
 
276 aa  161  9e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0953  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.85 
 
 
278 aa  161  9e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.553083  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0863  uroporphyrin-III C-methyltransferase-like  39.06 
 
 
468 aa  160  1e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.147258  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2610  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.63 
 
 
265 aa  160  1e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0897375 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2313  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.5 
 
 
502 aa  160  1e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2235  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.13 
 
 
470 aa  160  1e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0179  siroheme synthase  44.02 
 
 
477 aa  160  2e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1834  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.03 
 
 
463 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000289405 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3675  siroheme synthase  42.17 
 
 
457 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001603  uroporphyrinogen-III methyltransferase  41.88 
 
 
301 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3999  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.6 
 
 
463 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.426226  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0322  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  42.31 
 
 
277 aa  159  4e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3581  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  41.7 
 
 
464 aa  159  6e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.249196  normal  0.492888 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1888  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.77 
 
 
293 aa  158  6e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3179  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  39.22 
 
 
264 aa  158  7e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.911093 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2433  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.59 
 
 
265 aa  158  1e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.554082  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3797  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.85 
 
 
269 aa  157  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253578  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3174  uroporphyrin-III C-methyltransferase, C-terminal:siroheme synthase, N-terminal  41.2 
 
 
464 aa  157  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.108275  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000072  uroporphyrinogen-III methyltransferase  44.16 
 
 
252 aa  157  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3285  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.51 
 
 
261 aa  157  1e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1682  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.66 
 
 
264 aa  157  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.577733 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03694  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.34 
 
 
479 aa  157  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3751  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.3 
 
 
282 aa  157  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0662  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.42 
 
 
271 aa  157  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1065  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  41.81 
 
 
554 aa  157  2e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0173  siroheme synthase  43.59 
 
 
478 aa  157  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3559  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.2 
 
 
261 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.895893  normal  0.323938 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3604  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.17 
 
 
463 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.556509 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2471  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  38.36 
 
 
479 aa  156  3e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0675252  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3403  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.74 
 
 
464 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30340  siroheme synthase  41.28 
 
 
465 aa  156  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>