More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4015 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6982  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  71.46 
 
 		 476 aa  656    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4015  uroporphyrin-III C-methyltransferase  100 
 
 		 480 aa  942    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.372095 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4696  uroporphyrin-III C-methyltransferase  70.43 
 
 		 478 aa  628  1e-179  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1379  uroporphyrin-III C-methyltransferase  67.42 
 
 		 478 aa  621  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1399  uroporphyrin-III C-methyltransferase  71.09 
 
 		 478 aa  609  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.277846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3562  uroporphyrin-III C-methyltransferase  68.72 
 
 		 478 aa  606  9.999999999999999e-173  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2762  uroporphyrin-III C-methyltransferase  66.81 
 
 		 476 aa  583  1.0000000000000001e-165  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3362  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.32 
 
 		 480 aa  330  4e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0861  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.16 
 
 		 472 aa  325  9e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.402872  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3519  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.07 
 
 		 480 aa  325  1e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.605082  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1698  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  39.91 
 
 		 458 aa  323  4e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0715064 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0215  siroheme synthase  40.53 
 
 		 462 aa  317  2e-85  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3305  siroheme synthase  41.81 
 
 		 472 aa  314  1.9999999999999998e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3437  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.81 
 
 		 472 aa  314  1.9999999999999998e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0970  siroheme synthase  41.59 
 
 		 472 aa  313  5.999999999999999e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3344  siroheme synthase  40.97 
 
 		 464 aa  312  1e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00903193  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1834  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.26 
 
 		 463 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000289405 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3999  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.26 
 
 		 463 aa  310  4e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.426226  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1107  uroporphyrin-III C-methyltransferase  38.92 
 
 		 487 aa  310  4e-83  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3174  uroporphyrin-III C-methyltransferase, C-terminal:siroheme synthase, N-terminal  40.53 
 
 		 464 aa  309  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.108275  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30340  siroheme synthase  40.88 
 
 		 465 aa  309  8e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2597  siroheme synthase  40.66 
 
 		 465 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0830  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.57 
 
 		 473 aa  308  2.0000000000000002e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2383  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  41.41 
 
 		 462 aa  307  3e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.806488  hitchhiker  0.00704026 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3604  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.59 
 
 		 463 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.556509 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3403  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.59 
 
 		 464 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3581  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  40.49 
 
 		 464 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.249196  normal  0.492888 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0652  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  40.18 
 
 		 493 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2089  ferrochelatase  41.74 
 
 		 474 aa  303  5.000000000000001e-81  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0691041  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1111  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.47 
 
 		 482 aa  303  6.000000000000001e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28170  Uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.35 
 
 		 464 aa  301  1e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0863  uroporphyrin-III C-methyltransferase-like  40.21 
 
 		 468 aa  300  3e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.147258  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0817  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.5 
 
 		 476 aa  299  6e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.994278 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2173  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  39.07 
 
 		 489 aa  298  1e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1679  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  40 
 
 		 481 aa  296  4e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0298  fused siroheme synthase 1,3-dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase and siroheme ferrochelatase and uroporphyrinogen methyltransferase  38.05 
 
 		 472 aa  296  6e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1636  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.52 
 
 		 478 aa  295  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0591457  normal  0.234749 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1823  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.3 
 
 		 478 aa  294  2e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.1629  normal  0.347271 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03694  uroporphyrin-III C-methyltransferase  36.92 
 
 		 479 aa  294  2e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1099  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.89 
 
 		 484 aa  295  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.656193 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1397  uroporphyrin-III C-methyltransferase  38.41 
 
 		 528 aa  292  8e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0671  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.35 
 
 		 482 aa  292  1e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.523068  normal  0.0127709 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2235  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.01 
 
 		 470 aa  292  1e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2313  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.7 
 
 		 502 aa  291  1e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4048  siroheme synthase  38.11 
 
 		 459 aa  291  2e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0232  siroheme synthase  37.89 
 
 		 473 aa  290  4e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3959  siroheme synthase  37.89 
 
 		 473 aa  290  4e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4598  siroheme synthase  38.19 
 
 		 467 aa  290  5.0000000000000004e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3871  siroheme synthase  38.11 
 
 		 459 aa  289  9e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.560083  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3744  siroheme synthase  39.43 
 
 		 457 aa  289  9e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3838  siroheme synthase  39.43 
 
 		 457 aa  288  1e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3675  siroheme synthase  39.1 
 
 		 459 aa  288  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4679  siroheme synthase  39.43 
 
 		 457 aa  288  1e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.839222 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03219  fused siroheme synthase 1,3-dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase and siroheme ferrochelatase/uroporphyrinogen methyltransferase  39.43 
 
 		 457 aa  287  2e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0344  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.43 
 
 		 457 aa  287  2e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03171  hypothetical protein  39.43 
 
 		 457 aa  287  2e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0344  siroheme synthase  39.43 
 
 		 457 aa  287  2e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.898093 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3650  siroheme synthase  39.43 
 
 		 457 aa  287  2e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000355794 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3564  siroheme synthase  39.43 
 
 		 457 aa  287  2e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3784  siroheme synthase  39.65 
 
 		 457 aa  287  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3749  siroheme synthase  39.65 
 
 		 457 aa  287  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.848215 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3675  siroheme synthase  39.43 
 
 		 457 aa  287  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1065  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  37.34 
 
 		 554 aa  286  5e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3846  siroheme synthase  39.65 
 
 		 457 aa  286  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.130759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3719  siroheme synthase  37.89 
 
 		 470 aa  286  5.999999999999999e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.411824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0417  uroporphyrin-III C-methyltransferase  36.66 
 
 		 462 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2471  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  39.17 
 
 		 479 aa  284  3.0000000000000004e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0675252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3796  siroheme synthase  37.75 
 
 		 457 aa  279  7e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.01671 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0188  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.96 
 
 		 475 aa  279  8e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0347  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.69 
 
 		 464 aa  276  7e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.354994 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2146  siroheme synthase  39.79 
 
 		 485 aa  267  2.9999999999999995e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.529421  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3989  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  42.45 
 
 		 480 aa  267  4e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0569779  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0179  siroheme synthase  40.54 
 
 		 477 aa  266  5.999999999999999e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1775  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  41.3 
 
 		 473 aa  266  8e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0534697  normal  0.7368 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1160  uroporphyrin-III C-methyltransferase  34.04 
 
 		 473 aa  265  2e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.277445  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0173  siroheme synthase  40.32 
 
 		 478 aa  262  8.999999999999999e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2296  uroporphyrin-III C-methyltransferase  38.81 
 
 		 490 aa  260  4e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1933  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.61 
 
 		 495 aa  259  6e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3024  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.26 
 
 		 505 aa  257  4e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0267  uroporphyrin-III C-methyltransferase  37.17 
 
 		 521 aa  252  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2375  uroporphyrin-III C-methyltransferase  37.1 
 
 		 507 aa  250  3e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.656731 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1343  uroporphyrin-III C-methyltransferase  35.06 
 
 		 484 aa  248  2e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2018  siroheme synthase  37.42 
 
 		 476 aa  243  7e-63  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3418  uroporphyrin-III C-methyltransferase  37.47 
 
 		 485 aa  241  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1941  uroporphyrin-III C-methyltransferase  37.2 
 
 		 478 aa  239  6.999999999999999e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1933  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  44.89 
 
 		 499 aa  238  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.287576  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2864  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.39 
 
 		 510 aa  237  3e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29074  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5891  siroheme synthase  35.06 
 
 		 493 aa  236  5.0000000000000005e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1077  uroporphyrin-III C-methyltransferase  37.06 
 
 		 490 aa  233  5e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0490237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1155  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.11 
 
 		 461 aa  231  3e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3223  uroporphyrin-III C-methyltransferase  37.84 
 
 		 485 aa  231  3e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3547  uroporphyrin-III C-methyltransferase  37.42 
 
 		 485 aa  228  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  unclonable  0.00205228  normal  0.594146 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1671  siroheme synthase  38.39 
 
 		 464 aa  228  3e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.105367  normal  0.362016 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3728  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.16 
 
 		 276 aa  219  1e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3073  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  48.55 
 
 		 276 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.419877  normal  0.821671 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0899  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  48.55 
 
 		 276 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3750  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.69 
 
 		 497 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.592413  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3044  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.7 
 
 		 277 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0862  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  48.13 
 
 		 276 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0632575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3409  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.49 
 
 		 278 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>