More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1756 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1756  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  100 
 
 		 250 aa  501  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1775  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  58.51 
 
 		 473 aa  288  8e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0534697  normal  0.7368 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1155  uroporphyrin-III C-methyltransferase  60.25 
 
 		 461 aa  278  6e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1944  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  57.76 
 
 		 254 aa  259  3e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0595  uroporphyrin-III C-methyltransferase  57.33 
 
 		 254 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.56995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0340  uroporphyrin-III C-methyltransferase  56.47 
 
 		 257 aa  250  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.350312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0267  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.01 
 
 		 521 aa  192  3e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2728  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.02 
 
 		 277 aa  186  4e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3418  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.15 
 
 		 485 aa  184  9e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1546  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.16 
 
 		 277 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.746626  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3223  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.41 
 
 		 485 aa  181  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3547  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.99 
 
 		 485 aa  179  4e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  unclonable  0.00205228  normal  0.594146 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2296  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.59 
 
 		 490 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12544  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2492  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.04 
 
 		 272 aa  176  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3269  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.84 
 
 		 317 aa  171  7.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.848441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1269  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.25 
 
 		 258 aa  169  3e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1262  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  45.02 
 
 		 284 aa  169  3e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.454251  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1443  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.87 
 
 		 276 aa  169  4e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.224793  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1823  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.35 
 
 		 478 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.1629  normal  0.347271 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2864  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.38 
 
 		 510 aa  168  6e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29074  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2089  ferrochelatase  41.99 
 
 		 474 aa  168  8e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0691041  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0188  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.78 
 
 		 475 aa  167  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1636  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.61 
 
 		 478 aa  165  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0591457  normal  0.234749 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2313  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.87 
 
 		 502 aa  165  5.9999999999999996e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1297  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.51 
 
 		 282 aa  165  6.9999999999999995e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03694  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.57 
 
 		 479 aa  165  8e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1260  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.51 
 
 		 282 aa  165  8e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0179  siroheme synthase  43.48 
 
 		 477 aa  164  1.0000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0215  siroheme synthase  42.42 
 
 		 462 aa  164  1.0000000000000001e-39  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28170  Uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.3 
 
 		 464 aa  163  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1099  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.81 
 
 		 484 aa  162  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.656193 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0173  siroheme synthase  43.48 
 
 		 478 aa  163  3e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0671  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.99 
 
 		 482 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.523068  normal  0.0127709 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3024  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.1 
 
 		 505 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2383  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  40 
 
 		 462 aa  162  6e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.806488  hitchhiker  0.00704026 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2597  siroheme synthase  40.34 
 
 		 465 aa  162  6e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02124  siroheme synthase  43.59 
 
 		 401 aa  161  9e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3344  siroheme synthase  39.57 
 
 		 464 aa  160  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00903193  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3750  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.67 
 
 		 497 aa  160  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.592413  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3174  uroporphyrin-III C-methyltransferase, C-terminal:siroheme synthase, N-terminal  40 
 
 		 464 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.108275  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3871  siroheme synthase  41.3 
 
 		 459 aa  161  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.560083  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0861  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.61 
 
 		 472 aa  160  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.402872  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3989  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  45.45 
 
 		 480 aa  161  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0569779  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1679  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  40.43 
 
 		 481 aa  160  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2146  siroheme synthase  42.17 
 
 		 485 aa  160  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.529421  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3186  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.28 
 
 		 249 aa  159  3e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30340  siroheme synthase  40 
 
 		 465 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03219  fused siroheme synthase 1,3-dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase and siroheme ferrochelatase/uroporphyrinogen methyltransferase  41.74 
 
 		 457 aa  159  5e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0344  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.74 
 
 		 457 aa  159  5e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3650  siroheme synthase  41.74 
 
 		 457 aa  159  5e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000355794 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4679  siroheme synthase  41.74 
 
 		 457 aa  159  5e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.839222 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0344  siroheme synthase  41.74 
 
 		 457 aa  159  5e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.898093 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1160  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40 
 
 		 473 aa  159  5e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.277445  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3838  siroheme synthase  41.74 
 
 		 457 aa  159  5e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0652  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  39.57 
 
 		 493 aa  159  5e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3564  siroheme synthase  41.74 
 
 		 457 aa  159  5e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2235  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.53 
 
 		 470 aa  159  5e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3744  siroheme synthase  41.74 
 
 		 457 aa  159  5e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03171  hypothetical protein  41.74 
 
 		 457 aa  159  5e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1888  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.39 
 
 		 293 aa  159  6e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1546  uroporphyrin-III C-methyltransferase  38.7 
 
 		 283 aa  158  8e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.402925  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1111  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.17 
 
 		 482 aa  157  1e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5731  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.38 
 
 		 267 aa  157  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3362  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.3 
 
 		 480 aa  157  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1174  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.19 
 
 		 269 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496299  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001708  uroporphyrinogen-III methyltransferase  40.5 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1654  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.19 
 
 		 249 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2356  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  38.96 
 
 		 262 aa  156  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.463328  normal  0.682274 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4048  siroheme synthase  40.43 
 
 		 459 aa  156  3e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3285  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.47 
 
 		 261 aa  156  3e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1941  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.87 
 
 		 478 aa  156  4e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2965  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  45.34 
 
 		 259 aa  155  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0260792  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4015  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.08 
 
 		 480 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.372095 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2124  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.67 
 
 		 279 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.931539  normal  0.0136517 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2225  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  39.58 
 
 		 279 aa  155  5.0000000000000005e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00956317  normal  0.224221 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00765  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.33 
 
 		 296 aa  155  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3519  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.3 
 
 		 480 aa  155  6e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.605082  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3275  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  41.3 
 
 		 254 aa  155  7e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0232  siroheme synthase  40.87 
 
 		 473 aa  155  7e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2904  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.74 
 
 		 271 aa  155  7e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3796  siroheme synthase  42.17 
 
 		 457 aa  155  7e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.01671 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3959  siroheme synthase  40.87 
 
 		 473 aa  155  7e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3719  siroheme synthase  40.87 
 
 		 470 aa  155  7e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.411824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1025  uroporphyrin-III C-methyltransferase  38.7 
 
 		 293 aa  155  7e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2471  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  38.7 
 
 		 479 aa  154  9e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0675252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2138  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.61 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3581  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  38.7 
 
 		 464 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.249196  normal  0.492888 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1746  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.08 
 
 		 279 aa  154  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.124074 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1628  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.35 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.743744  normal  0.0196415 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2018  siroheme synthase  40.87 
 
 		 476 aa  154  1e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1880  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.88 
 
 		 255 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1402  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.38 
 
 		 261 aa  153  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.492452 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2314  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  45.3 
 
 		 290 aa  153  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0400127  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1055  uroporphyrin-III C-methyltransferase  39.74 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.43178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3675  siroheme synthase  40.87 
 
 		 457 aa  152  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3749  siroheme synthase  40.87 
 
 		 457 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.848215 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3846  siroheme synthase  40.87 
 
 		 457 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.130759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0863  uroporphyrin-III C-methyltransferase-like  37.83 
 
 		 468 aa  152  4e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.147258  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3784  siroheme synthase  40.87 
 
 		 457 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0672  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.72 
 
 		 273 aa  152  5e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00608831 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>