38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0538 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0538  PilT protein-like  100 
 
 		 139 aa  285  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1731  PilT domain-containing protein  34.59 
 
 		 146 aa  97.1  8e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000308343  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1400  PilT protein domain protein  34.59 
 
 		 145 aa  93.6  9e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000555482  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3220  PilT domain-containing protein  39.01 
 
 		 146 aa  81.6  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2532  PilT domain-containing protein  34.06 
 
 		 143 aa  77  0.00000000000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.127016  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0176  hypothetical protein  35.29 
 
 		 144 aa  77.4  0.00000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.185672  normal  0.939357 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2071  PilT protein domain protein  33.33 
 
 		 136 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000612015  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2011  PilT protein-like  34.75 
 
 		 149 aa  72.8  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1461  PilT-like protein  35.42 
 
 		 140 aa  70.9  0.000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0333217  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2961  PilT protein domain protein  37.32 
 
 		 147 aa  70.9  0.000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.393791  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0984  PilT protein-like  34.75 
 
 		 140 aa  67.8  0.00000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2508  PilT protein domain protein  32.85 
 
 		 138 aa  66.6  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2888  PIN domain protein  32.85 
 
 		 138 aa  66.6  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0769801  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3973  PilT protein domain protein  31.21 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1570  PilT-like protein  28.17 
 
 		 142 aa  60.8  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00584099  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1720  PilT protein-like  27.34 
 
 		 135 aa  60.1  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3045  PilT domain-containing protein  28.47 
 
 		 148 aa  57.4  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000198213  normal  0.569575 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0595  PilT domain-containing protein  25.74 
 
 		 138 aa  55.5  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3055  hypothetical protein  34.78 
 
 		 137 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0761  hypothetical protein  32.33 
 
 		 233 aa  54.3  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0290423 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0728  hypothetical protein  32.33 
 
 		 233 aa  54.3  0.0000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.597207  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2491  PilT protein domain protein  28.26 
 
 		 147 aa  53.9  0.0000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1030  hypothetical protein  27.54 
 
 		 149 aa  52.8  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446924 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1166  PilT protein-like protein  32.17 
 
 		 135 aa  51.6  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.139087 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4025  hypothetical protein  33.33 
 
 		 131 aa  52  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.560586  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0050  PilT domain-containing protein  24.46 
 
 		 144 aa  50.8  0.000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2976  PilT domain-containing protein  28.36 
 
 		 149 aa  49.7  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0690747  hitchhiker  0.0000187437 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0580  PilT domain-containing protein  31.39 
 
 		 137 aa  49.7  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4188  hypothetical protein  32.86 
 
 		 131 aa  49.7  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199772  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3611  PilT domain-containing protein  28.68 
 
 		 135 aa  48.9  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235155  normal  0.0281309 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1854  PilT domain-containing protein  26.95 
 
 		 145 aa  48.9  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3405  PilT-like protein  32.59 
 
 		 149 aa  47.4  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0278877  normal  0.0155111 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1631  PilT domain-containing protein  25.52 
 
 		 148 aa  45.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.013688 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0377  PilT protein domain protein  28.57 
 
 		 137 aa  45.1  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0279891  normal  0.0333556 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4841  hypothetical protein  25 
 
 		 142 aa  44.3  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154239 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2930  PIN domain protein  30.37 
 
 		 150 aa  43.9  0.0007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4271  PilT domain-containing protein  28.26 
 
 		 137 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0321554  normal  0.0832297 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1845  hypothetical protein  27.07 
 
 		 149 aa  40.8  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>