36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_2888 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_2508  PilT protein domain protein  100 
 
 		 138 aa  284  2e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2888  PIN domain protein  100 
 
 		 138 aa  284  2e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0769801  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3611  PilT domain-containing protein  50.78 
 
 		 135 aa  134  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235155  normal  0.0281309 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3055  hypothetical protein  54.89 
 
 		 137 aa  133  6.0000000000000005e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0984  PilT protein-like  48.48 
 
 		 140 aa  133  9e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4271  PilT domain-containing protein  46.62 
 
 		 137 aa  122  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0321554  normal  0.0832297 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4025  hypothetical protein  49.61 
 
 		 131 aa  121  4e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.560586  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0580  PilT domain-containing protein  45.45 
 
 		 137 aa  119  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4188  hypothetical protein  45.67 
 
 		 131 aa  111  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199772  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1720  PilT protein-like  35.61 
 
 		 135 aa  97.4  6e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3973  PilT protein domain protein  41.22 
 
 		 134 aa  94.7  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2071  PilT protein domain protein  39.55 
 
 		 136 aa  92.4  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000612015  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4841  hypothetical protein  31.62 
 
 		 142 aa  78.6  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154239 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0595  PilT domain-containing protein  32.35 
 
 		 138 aa  78.2  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1461  PilT-like protein  31.91 
 
 		 140 aa  77.4  0.00000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0333217  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0377  PilT protein domain protein  35.25 
 
 		 137 aa  75.1  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0279891  normal  0.0333556 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1400  PilT protein domain protein  28.57 
 
 		 145 aa  73.6  0.0000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000555482  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1570  PilT-like protein  32.61 
 
 		 142 aa  72  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00584099  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2532  PilT domain-containing protein  32.61 
 
 		 143 aa  72  0.000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.127016  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3045  PilT domain-containing protein  31.54 
 
 		 148 aa  68.6  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000198213  normal  0.569575 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1731  PilT domain-containing protein  27.54 
 
 		 146 aa  68.6  0.00000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000308343  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0934  MarR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 303 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0213342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2976  PilT domain-containing protein  31.82 
 
 		 149 aa  67  0.00000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0690747  hitchhiker  0.0000187437 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1631  PilT domain-containing protein  30.99 
 
 		 148 aa  62.4  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.013688 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3220  PilT domain-containing protein  34.04 
 
 		 146 aa  59.3  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2961  PilT protein domain protein  32.14 
 
 		 147 aa  55.5  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.393791  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0538  PilT protein-like  31.39 
 
 		 139 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2011  PilT protein-like  28.97 
 
 		 149 aa  52  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0176  hypothetical protein  30 
 
 		 144 aa  51.6  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.185672  normal  0.939357 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0050  PilT domain-containing protein  28.26 
 
 		 144 aa  50.1  0.000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4037  hypothetical protein  26.72 
 
 		 135 aa  47  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00696248 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3405  PilT-like protein  28.24 
 
 		 149 aa  46.6  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0278877  normal  0.0155111 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4435  hypothetical protein  26.72 
 
 		 155 aa  45.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0434783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1854  PilT domain-containing protein  24.31 
 
 		 145 aa  43.5  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2491  PilT protein domain protein  28.89 
 
 		 147 aa  42  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1030  hypothetical protein  28.78 
 
 		 149 aa  41.2  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446924 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>