35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3055 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3055  hypothetical protein  100 
 
 		 137 aa  281  2.0000000000000002e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0984  PilT protein-like  60.15 
 
 		 140 aa  169  1e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2508  PilT protein domain protein  54.89 
 
 		 138 aa  150  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2888  PIN domain protein  54.89 
 
 		 138 aa  150  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0769801  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0580  PilT domain-containing protein  58.91 
 
 		 137 aa  145  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3611  PilT domain-containing protein  49.64 
 
 		 135 aa  146  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235155  normal  0.0281309 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4188  hypothetical protein  55.91 
 
 		 131 aa  143  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199772  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4271  PilT domain-containing protein  52.71 
 
 		 137 aa  140  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0321554  normal  0.0832297 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4025  hypothetical protein  52.76 
 
 		 131 aa  133  8e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.560586  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3973  PilT protein domain protein  48.46 
 
 		 134 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2071  PilT protein domain protein  41.04 
 
 		 136 aa  96.7  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000612015  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1720  PilT protein-like  33.59 
 
 		 135 aa  95.9  2e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1461  PilT-like protein  37.96 
 
 		 140 aa  83.6  9e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0333217  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4841  hypothetical protein  35.43 
 
 		 142 aa  80.1  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154239 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0377  PilT protein domain protein  37.5 
 
 		 137 aa  78.2  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0279891  normal  0.0333556 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0934  MarR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 303 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0213342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1570  PilT-like protein  34.56 
 
 		 142 aa  71.6  0.000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00584099  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0595  PilT domain-containing protein  32.85 
 
 		 138 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3045  PilT domain-containing protein  33.58 
 
 		 148 aa  65.9  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000198213  normal  0.569575 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2976  PilT domain-containing protein  34.53 
 
 		 149 aa  61.6  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0690747  hitchhiker  0.0000187437 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1631  PilT domain-containing protein  34.29 
 
 		 148 aa  60.5  0.000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.013688 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3220  PilT domain-containing protein  32.12 
 
 		 146 aa  60.5  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1731  PilT domain-containing protein  27.41 
 
 		 146 aa  58.9  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000308343  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1400  PilT protein domain protein  26.67 
 
 		 145 aa  58.2  0.00000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000555482  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3405  PilT-like protein  34.53 
 
 		 149 aa  57  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0278877  normal  0.0155111 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2532  PilT domain-containing protein  28.26 
 
 		 143 aa  52  0.000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.127016  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2961  PilT protein domain protein  32.37 
 
 		 147 aa  50.4  0.000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.393791  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0538  PilT protein-like  33.81 
 
 		 139 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4435  hypothetical protein  32.67 
 
 		 155 aa  48.1  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0434783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0176  hypothetical protein  30.43 
 
 		 144 aa  48.1  0.00004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.185672  normal  0.939357 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1030  hypothetical protein  33.66 
 
 		 149 aa  46.2  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.446924 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2772  PilT protein domain protein  26.32 
 
 		 128 aa  44.3  0.0005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2011  PilT protein-like  28.87 
 
 		 149 aa  42.7  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4037  hypothetical protein  30.08 
 
 		 135 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00696248 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2491  PilT protein domain protein  31.11 
 
 		 147 aa  40  0.01  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>