41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3973 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3973  PilT protein domain protein  100 
 
 
134 aa  276  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3611  PilT domain-containing protein  40.31 
 
 
135 aa  98.6  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235155  normal  0.0281309 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2508  PilT protein domain protein  41.22 
 
 
138 aa  94.7  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2888  PIN domain protein  41.22 
 
 
138 aa  94.7  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0769801  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3055  hypothetical protein  48.46 
 
 
137 aa  92.4  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0580  PilT domain-containing protein  41.35 
 
 
137 aa  88.6  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4271  PilT domain-containing protein  42.31 
 
 
137 aa  87  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0321554  normal  0.0832297 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0984  PilT protein-like  39.53 
 
 
140 aa  82.4  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4188  hypothetical protein  39.37 
 
 
131 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199772  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4025  hypothetical protein  37.8 
 
 
131 aa  77.4  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.560586  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1731  PilT domain-containing protein  33.33 
 
 
146 aa  77  0.00000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000308343  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1461  PilT-like protein  35.92 
 
 
140 aa  75.1  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0333217  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2532  PilT domain-containing protein  31.85 
 
 
143 aa  74.7  0.0000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.127016  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1400  PilT protein domain protein  32.65 
 
 
145 aa  68.9  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000555482  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1570  PilT-like protein  31.85 
 
 
142 aa  68.6  0.00000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00584099  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3220  PilT domain-containing protein  36.43 
 
 
146 aa  67.4  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2961  PilT protein domain protein  34.46 
 
 
147 aa  64.3  0.0000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.393791  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2930  PIN domain protein  36.3 
 
 
150 aa  63.5  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2071  PilT protein domain protein  35.97 
 
 
136 aa  63.2  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000612015  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1720  PilT protein-like  33.08 
 
 
135 aa  61.6  0.000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0377  PilT protein domain protein  32.31 
 
 
137 aa  60.5  0.000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0279891  normal  0.0333556 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1631  PilT domain-containing protein  33.81 
 
 
148 aa  59.7  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.013688 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0176  hypothetical protein  29.29 
 
 
144 aa  55.8  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.185672  normal  0.939357 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3405  PilT-like protein  29.32 
 
 
149 aa  55.1  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0278877  normal  0.0155111 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0538  PilT protein-like  30.5 
 
 
139 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0050  PilT domain-containing protein  32.12 
 
 
144 aa  54.7  0.0000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1845  hypothetical protein  32.37 
 
 
149 aa  54.3  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4435  hypothetical protein  33.58 
 
 
155 aa  53.1  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0434783  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4841  hypothetical protein  28.77 
 
 
142 aa  53.5  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.154239 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0934  MarR family transcriptional regulator  30.83 
 
 
303 aa  50.4  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0213342  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2976  PilT domain-containing protein  30.5 
 
 
149 aa  50.1  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0690747  hitchhiker  0.0000187437 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0595  PilT domain-containing protein  31.11 
 
 
138 aa  48.9  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2491  PilT protein domain protein  33.56 
 
 
147 aa  49.7  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2011  PilT protein-like  29.93 
 
 
149 aa  47  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3045  PilT domain-containing protein  31.58 
 
 
148 aa  46.6  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000198213  normal  0.569575 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1369  PIN domain protein  31.85 
 
 
259 aa  45.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1030  hypothetical protein  30.88 
 
 
149 aa  45.4  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.446924 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1854  PilT domain-containing protein  30.99 
 
 
145 aa  43.5  0.0009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1166  PilT protein-like protein  34.35 
 
 
135 aa  43.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.139087 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0761  hypothetical protein  29.63 
 
 
233 aa  40.8  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0290423 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0728  hypothetical protein  29.63 
 
 
233 aa  40.8  0.006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.597207  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>