34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4025 on replicon NC_009957
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009957  Dshi_4025  hypothetical protein  100 
 
 		 131 aa  271  3e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.560586  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4188  hypothetical protein  77.1 
 
 		 131 aa  221  4e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199772  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3611  PilT domain-containing protein  50.38 
 
 		 135 aa  136  8.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235155  normal  0.0281309 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4271  PilT domain-containing protein  54.69 
 
 		 137 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0321554  normal  0.0832297 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0984  PilT protein-like  50.76 
 
 		 140 aa  127  5.0000000000000004e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0580  PilT domain-containing protein  51.97 
 
 		 137 aa  127  5.0000000000000004e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2888  PIN domain protein  49.61 
 
 		 138 aa  121  4e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0769801  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2508  PilT protein domain protein  49.61 
 
 		 138 aa  121  4e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3055  hypothetical protein  52.76 
 
 		 137 aa  117  6e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1720  PilT protein-like  42.19 
 
 		 135 aa  99.4  1e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2071  PilT protein domain protein  38.35 
 
 		 136 aa  84.7  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000612015  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0377  PilT protein domain protein  35.94 
 
 		 137 aa  83.6  8e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0279891  normal  0.0333556 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0595  PilT domain-containing protein  39.23 
 
 		 138 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3973  PilT protein domain protein  37.8 
 
 		 134 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1461  PilT-like protein  36.17 
 
 		 140 aa  77  0.00000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0333217  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4841  hypothetical protein  33.07 
 
 		 142 aa  74.7  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154239 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2961  PilT protein domain protein  37.41 
 
 		 147 aa  73.6  0.0000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.393791  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0934  MarR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 303 aa  72  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0213342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3045  PilT domain-containing protein  32.82 
 
 		 148 aa  71.6  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000198213  normal  0.569575 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2976  PilT domain-containing protein  34.59 
 
 		 149 aa  66.6  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0690747  hitchhiker  0.0000187437 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1731  PilT domain-containing protein  30.15 
 
 		 146 aa  60.1  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000308343  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1570  PilT-like protein  31.65 
 
 		 142 aa  60.1  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00584099  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1400  PilT protein domain protein  27.94 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000555482  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1631  PilT domain-containing protein  31.34 
 
 		 148 aa  54.7  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.013688 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2532  PilT domain-containing protein  28.89 
 
 		 143 aa  54.3  0.0000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.127016  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3405  PilT-like protein  35.77 
 
 		 149 aa  53.1  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0278877  normal  0.0155111 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3220  PilT domain-containing protein  31.85 
 
 		 146 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2011  PilT protein-like  33.33 
 
 		 149 aa  47.8  0.00005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4435  hypothetical protein  29.77 
 
 		 155 aa  47  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0434783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0176  hypothetical protein  29.93 
 
 		 144 aa  47  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.185672  normal  0.939357 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0538  PilT protein-like  33.33 
 
 		 139 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1307  PilT domain-containing protein  29.46 
 
 		 129 aa  40.8  0.006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.556032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0050  PilT domain-containing protein  29.41 
 
 		 144 aa  40.8  0.007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4037  hypothetical protein  29.71 
 
 		 135 aa  40.4  0.008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00696248 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>