32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4188 on replicon NC_007490
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007490  RSP_4188  hypothetical protein  100 
 
 
131 aa  270  6e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199772  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4025  hypothetical protein  77.1 
 
 
131 aa  221  4e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.560586  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3611  PilT domain-containing protein  53.44 
 
 
135 aa  140  6e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.235155  normal  0.0281309 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4271  PilT domain-containing protein  53.12 
 
 
137 aa  137  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0321554  normal  0.0832297 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0984  PilT protein-like  52.27 
 
 
140 aa  130  6e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3055  hypothetical protein  55.91 
 
 
137 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0580  PilT domain-containing protein  52.76 
 
 
137 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2888  PIN domain protein  45.67 
 
 
138 aa  111  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0769801  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2508  PilT protein domain protein  45.67 
 
 
138 aa  111  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1720  PilT protein-like  41.41 
 
 
135 aa  97.4  6e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1461  PilT-like protein  42.55 
 
 
140 aa  91.3  4e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0333217  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2071  PilT protein domain protein  37.12 
 
 
136 aa  82.8  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000612015  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0377  PilT protein domain protein  37.4 
 
 
137 aa  79.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0279891  normal  0.0333556 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3973  PilT protein domain protein  39.37 
 
 
134 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4841  hypothetical protein  36.22 
 
 
142 aa  77  0.00000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.154239 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0595  PilT domain-containing protein  36.92 
 
 
138 aa  75.5  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3045  PilT domain-containing protein  37.04 
 
 
148 aa  73.9  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000198213  normal  0.569575 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2961  PilT protein domain protein  37.86 
 
 
147 aa  71.2  0.000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.393791  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1731  PilT domain-containing protein  33.33 
 
 
146 aa  67.8  0.00000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000308343  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1400  PilT protein domain protein  32.61 
 
 
145 aa  67.4  0.00000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000555482  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0934  MarR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
303 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0213342  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2976  PilT domain-containing protein  35.51 
 
 
149 aa  65.1  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0690747  hitchhiker  0.0000187437 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1570  PilT-like protein  32.12 
 
 
142 aa  64.3  0.0000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00584099  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1631  PilT domain-containing protein  35.07 
 
 
148 aa  63.2  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.013688 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3405  PilT-like protein  37.31 
 
 
149 aa  60.8  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0278877  normal  0.0155111 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4435  hypothetical protein  35.88 
 
 
155 aa  59.3  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0434783  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2532  PilT domain-containing protein  29.1 
 
 
143 aa  58.9  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.127016  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0176  hypothetical protein  30.28 
 
 
144 aa  53.5  0.0000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.185672  normal  0.939357 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3220  PilT domain-containing protein  31.11 
 
 
146 aa  50.4  0.000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0538  PilT protein-like  33.66 
 
 
139 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2011  PilT protein-like  32.64 
 
 
149 aa  42.7  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4037  hypothetical protein  29.77 
 
 
135 aa  41.6  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00696248 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>