More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4398 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4398  transport system permease protein  100 
 
 		 316 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.210595 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2625  transport system permease protein  86.08 
 
 		 316 aa  494  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0634  iron compound ABC transporter, permease protein  46.69 
 
 		 317 aa  254  1.0000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3799  transport system permease protein  46.64 
 
 		 317 aa  253  3e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0677  iron compound ABC transporter, permease protein  46.37 
 
 		 317 aa  251  2e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1909  transport system permease protein  48.47 
 
 		 355 aa  246  4e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.318272  normal  0.0548852 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2368  transport system permease protein  46.58 
 
 		 335 aa  244  9.999999999999999e-64  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0419043 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34420  ABC-type enterochelin transport system, permease component  48.56 
 
 		 331 aa  228  1e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4145  iron chelate ABC transporter permease  44.55 
 
 		 335 aa  221  9.999999999999999e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.116139  normal  0.0126806 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1007  transport system permease protein  44.83 
 
 		 332 aa  220  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4093  iron chelate ABC transporter, permease protein  44.22 
 
 		 335 aa  220  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.842143  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3785  transport system permease protein  46.55 
 
 		 345 aa  220  1.9999999999999999e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0069  transport system permease protein  44.22 
 
 		 335 aa  220  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0019  transport system permease protein  48.97 
 
 		 344 aa  220  3e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0360  transport system permease protein  37.34 
 
 		 323 aa  218  1e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.166825  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0659  transport system permease protein  41.12 
 
 		 369 aa  215  7e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4266  hypothetical protein  51.54 
 
 		 314 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2037  transport system permease protein  48.64 
 
 		 335 aa  211  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06133  hypothetical protein  41.22 
 
 		 316 aa  209  6e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0298  transport system permease protein  43.58 
 
 		 319 aa  207  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1765  transport system permease protein  47.18 
 
 		 335 aa  207  3e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0506654  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3221  ABC ferric siderophore transporter, inner membrane subunit  50.16 
 
 		 314 aa  201  9e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5026  transport system permease protein  46.89 
 
 		 326 aa  201  9.999999999999999e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.337084  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3960  transport system permease protein  50.48 
 
 		 314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000330  iron(III) ABC transporter permease protein  38.92 
 
 		 316 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000947678  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1113  iron chelate ABC transporter, permease protein  37.26 
 
 		 316 aa  192  6e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1542  enterochelin ABC transporter, permease protein  37.46 
 
 		 312 aa  191  1e-47  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.644944  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1352  enterochelin ABC transporter, permease protein  37.46 
 
 		 312 aa  189  4e-47  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0999  vibriobactin and enterobactin ABC transporter, permease protein  37.46 
 
 		 316 aa  188  9e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000308675  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2402  transport system permease protein  42.58 
 
 		 333 aa  186  4e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0334561  hitchhiker  0.00465255 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1009  iron compound ABC transporter, permease protein  37.68 
 
 		 324 aa  185  1.0000000000000001e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0108445  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1930  transport system permease protein  37.13 
 
 		 336 aa  183  4.0000000000000006e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.276463  normal  0.0688299 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1395  transport system permease protein  42.11 
 
 		 346 aa  182  9.000000000000001e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.587032  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30520  ABC-type enterochelin transport system, permease component  37.69 
 
 		 415 aa  170  4e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04600  ABC-type enterochelin transport system, permease component  40.79 
 
 		 356 aa  167  1e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.28276  normal  0.299561 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2665  transport system permease protein  39.58 
 
 		 344 aa  165  6.9999999999999995e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0732  transport system permease protein  34.08 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0398177  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0401  iron compound ABC transporter, permease protein  33.55 
 
 		 317 aa  162  9e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3704  transport system permease protein  38.57 
 
 		 350 aa  157  2e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.287102  normal  0.653673 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0636  transport system permease protein  32.73 
 
 		 333 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0103144  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1628  transport system permease protein  29.76 
 
 		 316 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.453837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1027  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  34.02 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00946746  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16580  ABC-type enterochelin transport system, permease component  39.03 
 
 		 362 aa  147  2.0000000000000003e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2661  transport system permease protein  33.21 
 
 		 352 aa  144  2e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25330  ABC-type enterochelin transport system, permease component  36.99 
 
 		 366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5245  iron compound ABC transporter, permease protein  29.56 
 
 		 354 aa  136  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4813  iron compound ABC transporter, permease  30.29 
 
 		 354 aa  136  5e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.436223  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5232  iron compound ABC transporter, permease protein  30.29 
 
 		 354 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5195  iron compound ABC transporter, permease protein  30.37 
 
 		 354 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5224  iron compound ABC transporter, permease protein  30.32 
 
 		 354 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4951  iron compound ABC transporter permease  30.29 
 
 		 354 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.489666  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4793  iron compound ABC transporter, permease  30.29 
 
 		 354 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000230814  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5328  iron compound ABC transporter permease protein  30.29 
 
 		 354 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0009  iron compound ABC transporter, permease protein  29.93 
 
 		 354 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02107  hypothetical protein  31.72 
 
 		 317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2914  transport system permease protein  32.03 
 
 		 354 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000603005  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0775  transport system permease protein  32.08 
 
 		 318 aa  130  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.800341  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0758  transport system permease protein  32.08 
 
 		 318 aa  130  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3668  transport system permease protein  34.02 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3342  transport system permease protein  33.1 
 
 		 316 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00135825  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3469  transport system permease protein  32.65 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0102454 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2593  ferric siderophore ABC transporter, permease protein  33.12 
 
 		 313 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.510431  normal  0.118224 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4916  transport system permease protein  30.12 
 
 		 354 aa  119  9e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06008  hypothetical protein  30.47 
 
 		 338 aa  84  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1004  transport system permease protein  26.36 
 
 		 364 aa  72.4  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00447808  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2828  iron-hydroxamate transporter permease subunit  29.41 
 
 		 644 aa  72  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.633423  normal  0.836488 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  29.33 
 
 		 358 aa  71.2  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  24.83 
 
 		 359 aa  68.9  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5446  iron compound ABC transporter, permease protein  26.87 
 
 		 338 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5560  iron compound ABC transporter, permease protein  26.76 
 
 		 338 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5231  iron compound ABC transporter permease  26.76 
 
 		 338 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5062  iron compound ABC transporter, permease  26.76 
 
 		 338 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5079  iron compound ABC transporter, permease  26.76 
 
 		 338 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5630  iron compound ABC transporter permease protein  26.76 
 
 		 338 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5474  iron compound ABC transporter, permease protein  26.76 
 
 		 338 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5511  iron compound ABC transporter, permease protein  26.76 
 
 		 338 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5505  iron compound ABC transporter, permease protein  26.76 
 
 		 338 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0758  transport system permease protein  27.21 
 
 		 344 aa  66.6  0.0000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0240676  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3903  transport system permease protein  27.82 
 
 		 338 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1629  transport system permease protein  28.37 
 
 		 313 aa  63.5  0.000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.287852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  26.8 
 
 		 354 aa  63.5  0.000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3031  transport system permease protein  29.51 
 
 		 337 aa  63.9  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5175  transport system permease protein  26.41 
 
 		 338 aa  63.5  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000331  iron(III) ABC transporter permease protein  27.3 
 
 		 289 aa  62.8  0.000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000524649  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1298  transport system permease protein  24.8 
 
 		 362 aa  62.8  0.000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0415  transport system permease protein  30.07 
 
 		 357 aa  62.4  0.000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.920967 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  26.69 
 
 		 354 aa  62  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1497  transport system permease protein  28.33 
 
 		 348 aa  62  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0836152  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1283  transport system permease protein  26.95 
 
 		 358 aa  62  0.00000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.679975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0602  ABC transporter permease  26.83 
 
 		 333 aa  62  0.00000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1565  transport system permease protein  27.59 
 
 		 355 aa  61.6  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435862  normal  0.696259 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3337  transport system permease protein  27.78 
 
 		 340 aa  61.2  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0447  transport system permease protein  25.87 
 
 		 340 aa  61.2  0.00000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.279756  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6476  iron-hydroxamate transporter permease subunit  25.9 
 
 		 656 aa  61.6  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.349462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0734  transport system permease protein  27.6 
 
 		 344 aa  61.2  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000599785  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0809  putative ferrichrome ABC transporter, permease protein FhuG  23.65 
 
 		 337 aa  60.5  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0901321  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0796  ferrichrome transport system, permease protein  23.65 
 
 		 337 aa  60.8  0.00000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.228796  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  27.66 
 
 		 355 aa  60.5  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0372  transport system permease protein  31.19 
 
 		 346 aa  60.1  0.00000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.314263  normal  0.28598 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3529  transport system permease protein  25.76 
 
 		 348 aa  60.1  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.914078  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>