More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0298 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0298  transport system permease protein  100 
 
 		 319 aa  609  1e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3799  transport system permease protein  49.83 
 
 		 317 aa  295  7e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0634  iron compound ABC transporter, permease protein  50.32 
 
 		 317 aa  290  2e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0677  iron compound ABC transporter, permease protein  50 
 
 		 317 aa  286  2.9999999999999996e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2368  transport system permease protein  47.52 
 
 		 335 aa  253  4.0000000000000004e-66  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0419043 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0019  transport system permease protein  51.04 
 
 		 344 aa  251  9.000000000000001e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1007  transport system permease protein  46.44 
 
 		 332 aa  247  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2402  transport system permease protein  46.71 
 
 		 333 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0334561  hitchhiker  0.00465255 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34420  ABC-type enterochelin transport system, permease component  43.67 
 
 		 331 aa  241  1e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3785  transport system permease protein  51.06 
 
 		 345 aa  231  1e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0360  transport system permease protein  38.94 
 
 		 323 aa  231  1e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.166825  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1395  transport system permease protein  47.44 
 
 		 346 aa  228  1e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.587032  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5026  transport system permease protein  49.34 
 
 		 326 aa  219  5e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.337084  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2625  transport system permease protein  42.77 
 
 		 316 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0659  transport system permease protein  40.78 
 
 		 369 aa  215  9.999999999999999e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4398  transport system permease protein  43.77 
 
 		 316 aa  211  9e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.210595 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4093  iron chelate ABC transporter, permease protein  41.51 
 
 		 335 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.842143  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4145  iron chelate ABC transporter permease  41.51 
 
 		 335 aa  211  1e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.116139  normal  0.0126806 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4266  hypothetical protein  49.65 
 
 		 314 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0069  transport system permease protein  41.19 
 
 		 335 aa  210  2e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1113  iron chelate ABC transporter, permease protein  38.94 
 
 		 316 aa  209  5e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1909  transport system permease protein  39.93 
 
 		 355 aa  204  1e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.318272  normal  0.0548852 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1930  transport system permease protein  38.17 
 
 		 336 aa  203  3e-51  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.276463  normal  0.0688299 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1765  transport system permease protein  43.89 
 
 		 335 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0506654  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2037  transport system permease protein  45.08 
 
 		 335 aa  194  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3704  transport system permease protein  41.89 
 
 		 350 aa  191  2e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.287102  normal  0.653673 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06133  hypothetical protein  37.37 
 
 		 316 aa  186  6e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2665  transport system permease protein  40.38 
 
 		 344 aa  177  2e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3221  ABC ferric siderophore transporter, inner membrane subunit  45.33 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3960  transport system permease protein  45.67 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0732  transport system permease protein  33.64 
 
 		 322 aa  176  6e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0398177  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1542  enterochelin ABC transporter, permease protein  33.97 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.644944  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0636  transport system permease protein  34.42 
 
 		 333 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0103144  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1009  iron compound ABC transporter, permease protein  36.36 
 
 		 324 aa  173  3.9999999999999995e-42  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0108445  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1352  enterochelin ABC transporter, permease protein  33.97 
 
 		 312 aa  173  3.9999999999999995e-42  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30520  ABC-type enterochelin transport system, permease component  38.22 
 
 		 415 aa  172  5.999999999999999e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000330  iron(III) ABC transporter permease protein  36.46 
 
 		 316 aa  172  9e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000947678  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25330  ABC-type enterochelin transport system, permease component  38.89 
 
 		 366 aa  165  1.0000000000000001e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16580  ABC-type enterochelin transport system, permease component  40.14 
 
 		 362 aa  162  7e-39  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0401  iron compound ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 		 317 aa  158  9e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2914  transport system permease protein  33.57 
 
 		 354 aa  157  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000603005  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1628  transport system permease protein  32.19 
 
 		 316 aa  157  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.453837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04600  ABC-type enterochelin transport system, permease component  38.83 
 
 		 356 aa  154  2e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.28276  normal  0.299561 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02107  hypothetical protein  34.51 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2661  transport system permease protein  32.97 
 
 		 352 aa  154  2e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0999  vibriobactin and enterobactin ABC transporter, permease protein  35.34 
 
 		 316 aa  151  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000308675  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0009  iron compound ABC transporter, permease protein  30.14 
 
 		 354 aa  150  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4951  iron compound ABC transporter permease  30.14 
 
 		 354 aa  149  6e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.489666  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5232  iron compound ABC transporter, permease protein  30.14 
 
 		 354 aa  149  6e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5328  iron compound ABC transporter permease protein  30.14 
 
 		 354 aa  149  6e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4793  iron compound ABC transporter, permease  30.14 
 
 		 354 aa  149  7e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000230814  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5195  iron compound ABC transporter, permease protein  30.14 
 
 		 354 aa  149  7e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4813  iron compound ABC transporter, permease  30.14 
 
 		 354 aa  149  7e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.436223  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2593  ferric siderophore ABC transporter, permease protein  35.55 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.510431  normal  0.118224 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5245  iron compound ABC transporter, permease protein  31.42 
 
 		 354 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5224  iron compound ABC transporter, permease protein  30.18 
 
 		 354 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4916  transport system permease protein  31.42 
 
 		 354 aa  140  3e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1027  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  34.47 
 
 		 322 aa  139  7.999999999999999e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00946746  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0775  transport system permease protein  35.51 
 
 		 318 aa  137  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.800341  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0758  transport system permease protein  35.51 
 
 		 318 aa  137  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3342  transport system permease protein  29.45 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00135825  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3469  transport system permease protein  29.45 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0102454 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3668  transport system permease protein  29.11 
 
 		 301 aa  125  7e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  30.3 
 
 		 381 aa  69.3  0.00000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0779  iron compound ABC transporter, permease protein  27.24 
 
 		 334 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.100059  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1000  vibriobactin and enterobactin ABC transporter, permease protein  25.57 
 
 		 312 aa  67  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000321439  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1283  transport system permease protein  27.33 
 
 		 358 aa  66.6  0.0000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.679975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0442  hemin permease  24.77 
 
 		 348 aa  63.9  0.000000003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0796  ferrichrome transport system, permease protein  25.34 
 
 		 337 aa  63.9  0.000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.228796  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1104  iron-hydroxamate transporter permease subunit  28.75 
 
 		 694 aa  63.5  0.000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0809  putative ferrichrome ABC transporter, permease protein FhuG  25.34 
 
 		 337 aa  63.9  0.000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0901321  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0494  transport system permease protein  24.91 
 
 		 336 aa  63.5  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.877978  normal  0.520418 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  28 
 
 		 315 aa  62.8  0.000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1284  transport system permease protein  29.28 
 
 		 319 aa  62.8  0.000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.348049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06008  hypothetical protein  28.87 
 
 		 338 aa  62.4  0.000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1932  transport system permease protein  28.77 
 
 		 356 aa  62.4  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  31.06 
 
 		 358 aa  60.5  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3494  iron(III) dicitrate transport system permease  26.33 
 
 		 335 aa  60.5  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06297  iron-hydroxamate transporter permease subunit  27.47 
 
 		 664 aa  60.1  0.00000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2812  iron-hydroxamate transporter permease subunit  28.66 
 
 		 672 aa  60.1  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  25.44 
 
 		 315 aa  59.3  0.00000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  23.76 
 
 		 360 aa  59.3  0.00000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1047  transport system permease protein  26.8 
 
 		 329 aa  59.3  0.00000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3748  iron compound ABC transporter, permease protein  26.02 
 
 		 335 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000332198 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3786  iron compound ABC transporter, permease protein  26.02 
 
 		 335 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.223523  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3770  iron compound ABC transporter, permease protein  26.33 
 
 		 335 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3482  iron(III) dicitrate transport system, permease  26.02 
 
 		 335 aa  58.9  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.155404  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000331  iron(III) ABC transporter permease protein  23.69 
 
 		 289 aa  58.2  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000524649  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5231  transport system permease protein  30.29 
 
 		 346 aa  58.2  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1695  transport system permease protein  26.94 
 
 		 354 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.347986  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5707  transport system permease protein  29.03 
 
 		 344 aa  57.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  25.35 
 
 		 334 aa  57.8  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2828  iron-hydroxamate transporter permease subunit  25.68 
 
 		 644 aa  57.4  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.633423  normal  0.836488 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  25.35 
 
 		 334 aa  57.8  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  25.35 
 
 		 334 aa  57.8  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2408  transport system permease protein  25.68 
 
 		 335 aa  57  0.0000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00436362  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1463  iron compound ABC transporter, permease protein  25.57 
 
 		 335 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000336086 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06134  ABC-type enterochelin transport system permease  25.44 
 
 		 311 aa  57  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5560  iron compound ABC transporter, permease protein  26.4 
 
 		 338 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3505  transport system permease protein  25.25 
 
 		 335 aa  56.2  0.0000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>