92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4228 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4228  SlyX  100 
 
 		 71 aa  141  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.823141 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4080  SlyX  83.1 
 
 		 71 aa  121  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.867927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4907  SlyX family protein  74.65 
 
 		 71 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.576724  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1077  SlyX  67.65 
 
 		 70 aa  101  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.120233  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1351  SlyX  68.18 
 
 		 75 aa  98.6  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0809607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2195  hypothetical protein  63.24 
 
 		 75 aa  95.9  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2999  hypothetical protein  64.71 
 
 		 70 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.208006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3225  SlyX family protein  47.22 
 
 		 72 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5298  SlyX family protein  43.75 
 
 		 69 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.629144  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2193  SlyX family protein  42.42 
 
 		 73 aa  56.6  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3105  SlyX family protein  44.44 
 
 		 69 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.343313  normal  0.020248 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3258  SlyX family protein  44.44 
 
 		 72 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.549919 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3034  SlyX family protein  44.44 
 
 		 72 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.159925 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4022  hypothetical protein  42.65 
 
 		 72 aa  53.5  0.0000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3842  hypothetical protein  41.18 
 
 		 72 aa  52.8  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03984  SlyX  38.24 
 
 		 82 aa  52  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0425699  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1200  hypothetical protein  41.18 
 
 		 71 aa  50.4  0.000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5532  SlyX family protein  52.08 
 
 		 68 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.438123  normal  0.0277582 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2763  hypothetical protein  41.79 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000693224  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3927  hypothetical protein  40.3 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0208778  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3684  hypothetical protein  40.3 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.260505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0269  hypothetical protein  40.3 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51850  hypothetical protein  38.81 
 
 		 69 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120935  hitchhiker  0.00317076 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4548  hypothetical protein  37.31 
 
 		 69 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1314  hypothetical protein  35.94 
 
 		 68 aa  48.5  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00260587  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5924  hypothetical protein  42.65 
 
 		 67 aa  48.5  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202674  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0383  SlyX family protein  42.03 
 
 		 72 aa  48.5  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.729915  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1190  SlyX family protein  31.82 
 
 		 69 aa  48.1  0.00004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3117  SlyX family protein  35.94 
 
 		 69 aa  48.1  0.00004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.251834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1564  SlyX family protein  40.28 
 
 		 74 aa  48.1  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0838  SlyX family protein  43.28 
 
 		 70 aa  47.8  0.00006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000331079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1006  hypothetical protein  34.72 
 
 		 85 aa  47.4  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.542379  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1260  SlyX family protein  30.77 
 
 		 70 aa  47.4  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00064  hypothetical protein  39.13 
 
 		 75 aa  47.4  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002290  protein SlyX  39.13 
 
 		 75 aa  47.4  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000547395  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0062  SlyX family protein  33.8 
 
 		 73 aa  46.6  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.918474 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4024  hypothetical protein  37.5 
 
 		 69 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.79125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0502  SlyX protein, putative  37.5 
 
 		 64 aa  47  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.743002  normal  0.373998 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18660  hypothetical protein  41.67 
 
 		 71 aa  46.2  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1068  hypothetical protein  34.38 
 
 		 68 aa  46.6  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.164446  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03199  hypothetical protein  41.43 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000178698  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3722  hypothetical protein  41.43 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000667442  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0365  hypothetical protein  41.43 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0292296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3629  hypothetical protein  41.43 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000249796  hitchhiker  0.000764322 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4657  hypothetical protein  41.43 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000460894  normal  0.0210084 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3544  hypothetical protein  41.43 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000241633  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0713  SlyX family protein  33.87 
 
 		 70 aa  45.4  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1638  hypothetical protein  36.99 
 
 		 73 aa  46.2  0.0002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03150  hypothetical protein  41.43 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000206998  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0365  SlyX family protein  41.43 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000201825  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0288  SlyX protein, putative  35.06 
 
 		 77 aa  45.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.976971 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0110  SlyX  31.51 
 
 		 70 aa  45.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0127465  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4354  hypothetical protein  36.11 
 
 		 69 aa  45.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00524601 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3765  hypothetical protein  37.14 
 
 		 72 aa  45.1  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000104944  hitchhiker  0.00334297 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0894  SlyX family protein  40.85 
 
 		 80 aa  44.7  0.0005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.374074 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1134  SlyX family protein  36.07 
 
 		 63 aa  44.3  0.0006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.830125  normal  0.0936794 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3817  hypothetical protein  40 
 
 		 72 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000379865  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1402  hypothetical protein  37.68 
 
 		 68 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.591267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2909  SlyX family protein  38.81 
 
 		 67 aa  43.9  0.0007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2502  SlyX family protein  34.33 
 
 		 67 aa  43.9  0.0009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3163  hypothetical protein  33.33 
 
 		 72 aa  43.5  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.562937  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3985  hypothetical protein  36.23 
 
 		 68 aa  43.5  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.149872  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2678  SlyX  36.76 
 
 		 67 aa  43.5  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.4298  normal  0.0474076 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1218  SlyX  35.71 
 
 		 81 aa  43.5  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0554  SlyX  38.16 
 
 		 78 aa  43.5  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0814  SlyX family protein  34.29 
 
 		 73 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.198377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3822  hypothetical protein  38.57 
 
 		 72 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0171365  normal  0.979732 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3651  hypothetical protein  38.57 
 
 		 72 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196147  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3650  hypothetical protein  38.57 
 
 		 72 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000204325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3759  hypothetical protein  38.57 
 
 		 72 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0169067  normal  0.244895 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3724  hypothetical protein  38.57 
 
 		 72 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00636343  normal  0.193548 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2830  SlyX family protein  34.72 
 
 		 85 aa  43.5  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.159899  normal  0.196867 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3552  hypothetical protein  36.36 
 
 		 66 aa  42.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.920661  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0307  SlyX family protein  38.81 
 
 		 72 aa  42.4  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.454596  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2911  SlyX  36.23 
 
 		 70 aa  42.7  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000680162  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1717  SlyX family protein  34.33 
 
 		 67 aa  42.7  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000834662 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2515  SlyX family protein  34.92 
 
 		 71 aa  42.7  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2122  SlyX family protein  38.89 
 
 		 75 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0901  SlyX family protein  40.58 
 
 		 70 aa  42.4  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000221316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4210  hypothetical protein  37.31 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.906618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3235  SlyX protein  36.36 
 
 		 66 aa  42.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3168  SlyX family protein  34.92 
 
 		 71 aa  42.7  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.23894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0938  SlyX family protein  39.13 
 
 		 70 aa  41.6  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000835677  normal  0.089544 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2956  hypothetical protein  37.7 
 
 		 69 aa  41.6  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.479909  normal  0.0513755 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4007  hypothetical protein  37.31 
 
 		 68 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0916  SlyX family protein  40.3 
 
 		 70 aa  41.2  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000886286  normal  0.0392452 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0303  hypothetical protein  32.39 
 
 		 74 aa  40.8  0.006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4054  SlyX family protein  35.82 
 
 		 74 aa  40.8  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.397873  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0826  SlyX family protein  36.76 
 
 		 70 aa  40.4  0.008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0859393  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4416  hypothetical protein  37.68 
 
 		 68 aa  40.4  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00499452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3240  SlyX family protein  35.62 
 
 		 70 aa  40.4  0.008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000102276  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1949  hypothetical protein  35.71 
 
 		 83 aa  40  0.01  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>