More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3978 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3978  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  100 
 
 
312 aa  641    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.475922  normal  0.178633 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1733  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  93.27 
 
 
312 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3733  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  96.47 
 
 
312 aa  596  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.469245  hitchhiker  0.00416412 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1316  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  93.91 
 
 
312 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.166004 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6414  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  81.47 
 
 
301 aa  484  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1845  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  77.82 
 
 
297 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0704164 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4813  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  77.46 
 
 
297 aa  461  1e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.124271  normal  0.0880049 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5358  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  76.76 
 
 
297 aa  461  1e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.142804  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5280  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  77.46 
 
 
297 aa  462  1e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.174082  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3537  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  75.17 
 
 
299 aa  459  9.999999999999999e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3721  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  74.06 
 
 
301 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0606642 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0620  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  78.32 
 
 
295 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.0000136812  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05691  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  73.52 
 
 
295 aa  447  1e-125  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06071  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  73.52 
 
 
295 aa  446  1.0000000000000001e-124  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.817258  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0288  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  74.48 
 
 
297 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0543  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  73.17 
 
 
295 aa  446  1.0000000000000001e-124  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1931  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  74.48 
 
 
297 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.47686 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05991  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  73.17 
 
 
295 aa  446  1.0000000000000001e-124  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1007  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  74.13 
 
 
297 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.474133 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0741  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  73.7 
 
 
296 aa  439  9.999999999999999e-123  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1872  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  72.57 
 
 
296 aa  436  1e-121  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07931  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  73.26 
 
 
296 aa  437  1e-121  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05971  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  72.57 
 
 
296 aa  436  1e-121  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.848004  normal  0.641306 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0158  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  71.68 
 
 
319 aa  435  1e-121  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05451  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  72.57 
 
 
296 aa  431  1e-120  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.240538  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1621  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  74.31 
 
 
299 aa  427  1e-119  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.534029  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2039  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  72.79 
 
 
302 aa  424  1e-118  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.683367 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1634  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  71.73 
 
 
301 aa  413  1e-114  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.948044  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1908  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  55.6 
 
 
273 aa  283  2.0000000000000002e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00331132 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2386  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  53.31 
 
 
275 aa  282  4.0000000000000003e-75  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1538  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  55.22 
 
 
273 aa  281  8.000000000000001e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000698797 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0217  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  52.59 
 
 
276 aa  281  8.000000000000001e-75  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3478  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  54.04 
 
 
273 aa  278  8e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0326  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  51.49 
 
 
275 aa  278  1e-73  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0117283  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2027  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  51.84 
 
 
275 aa  277  1e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0592137 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1813  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  52.57 
 
 
276 aa  277  2e-73  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2192  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  52.57 
 
 
275 aa  276  3e-73  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2258  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  51.3 
 
 
275 aa  275  7e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00421326  normal  0.488321 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1532  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  56.65 
 
 
288 aa  266  4e-70  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.185742  normal  0.0569964 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1419  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  55.51 
 
 
286 aa  265  1e-69  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2375  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  55.51 
 
 
304 aa  262  6e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2332  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  55.3 
 
 
307 aa  261  8e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3939  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  55.64 
 
 
286 aa  261  2e-68  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0819  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  55.3 
 
 
289 aa  260  2e-68  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.147693  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0791  protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  55.3 
 
 
289 aa  260  2e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2306  light-independent protochlorophyllide reductase iron-sulfur ATP-binding protein  54.75 
 
 
288 aa  258  7e-68  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1353  nitrogenase iron protein  42.11 
 
 
292 aa  189  4e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000220216  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2008  nitrogenase iron protein  42.21 
 
 
324 aa  184  1.0000000000000001e-45  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.221735  normal  0.365396 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0795  nitrogenase iron protein  40.3 
 
 
291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.835028  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1147  nitrogenase reductase-like protein  37.86 
 
 
292 aa  182  8.000000000000001e-45  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0774  nitrogenase  40.91 
 
 
290 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0165  nitrogenase iron protein subunit NifH  38.67 
 
 
268 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0803  nitrogenase reductase-like protein  38.21 
 
 
292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.186385  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0095  Nitrogenase  41.34 
 
 
299 aa  179  4.999999999999999e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0228262 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1152  nitrogenase reductase-like protein  36.79 
 
 
292 aa  178  8e-44  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2083  nitrogenase  41.11 
 
 
270 aa  178  1e-43  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2886  Nitrogenase  43.32 
 
 
290 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.781168  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0404  NifH/frxC-family protein  40.6 
 
 
731 aa  178  1e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.394931 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1528  nitrogenase reductase-like protein  37.86 
 
 
313 aa  177  2e-43  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0793  nitrogenase  40.22 
 
 
280 aa  176  4e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00476725  normal  0.0446468 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2907  nitrogenase iron protein  39.47 
 
 
289 aa  176  7e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0237  Nitrogenase  39.85 
 
 
272 aa  174  9.999999999999999e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.848648  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1178  nitrogenase  36.3 
 
 
264 aa  174  9.999999999999999e-43  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2597  nitrogenase iron protein  39.1 
 
 
289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.036256  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0347  nitrogenase iron protein subunit NifH  38.1 
 
 
265 aa  172  5e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1224  nitrogenase reductase-like protein  38.87 
 
 
278 aa  167  2e-40  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1202  nitrogenase iron protein subunit NifH  36.57 
 
 
296 aa  166  4e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.451718  hitchhiker  0.00669218 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0506  nitrogenase reductase-like protein  34.64 
 
 
290 aa  166  5e-40  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1023  nitrogenase iron protein  37.64 
 
 
275 aa  166  6.9999999999999995e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01380  Nitrogenase iron protein  40.79 
 
 
290 aa  165  9e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0491  nitrogenase iron protein  40.79 
 
 
293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1049  nitrogenase iron protein  37.87 
 
 
275 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0969  nitrogenase reductase  37.3 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3030  nitrogenase iron protein  38.75 
 
 
288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1073  nitrogenase reductase  37.3 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1573  nitrogenase iron protein subunit NifH  37.17 
 
 
284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1937  nitrogenase  41.63 
 
 
272 aa  164  3e-39  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.894359  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1538  Nitrogenase  41.96 
 
 
259 aa  163  3e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.925068  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2821  nitrogenase iron protein  38.49 
 
 
289 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2145  nitrogenase iron protein  38.98 
 
 
289 aa  162  7e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.936237 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2074  nitrogenase iron protein  38.98 
 
 
289 aa  162  7e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4247  nitrogenase iron protein subunit NifH  37.39 
 
 
296 aa  162  9e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.252394  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2098  nitrogenase iron protein  38.24 
 
 
292 aa  161  1e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4488  nitrogenase iron protein subunit NifH  38.53 
 
 
287 aa  162  1e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6881  nitrogenase iron protein  35.66 
 
 
289 aa  161  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.82086  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0088  nitrogenase reductase  34.18 
 
 
303 aa  161  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.55556  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4463  nitrogenase reductase  38.1 
 
 
300 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0274  nitrogenase iron protein  38.29 
 
 
291 aa  161  1e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.23577  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1218  nitrogenase iron protein  38.34 
 
 
288 aa  160  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3467  nitrogenase iron protein  38.19 
 
 
288 aa  161  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3534  nitrogenase reductase  37.2 
 
 
299 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.332377  normal  0.0514365 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0143  nitrogenase reductase  34.31 
 
 
293 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1415  nitrogenase iron protein subunit NifH  39.27 
 
 
296 aa  160  3e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.210537 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0541  nitrogenase reductase  36 
 
 
291 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.72124  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0662  nitrogenase iron protein subunit NifH  38.58 
 
 
289 aa  160  3e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.24324  normal  0.221237 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2192  nitrogenase reductase  36 
 
 
291 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.866269  normal  0.548044 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1616  NifH/frxC-family protein  34.93 
 
 
276 aa  160  3e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4478  nitrogenase reductase  36.73 
 
 
297 aa  159  4e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1246  nitrogenase reductase  35.25 
 
 
312 aa  159  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.944984  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1570  nitrogenase reductase  35.82 
 
 
298 aa  159  5e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>