More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1145 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1145  formyltetrahydrofolate deformylase  100 
 
 		 287 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.857181  normal  0.75307 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4704  formyltetrahydrofolate deformylase  66.08 
 
 		 289 aa  426  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.452468  normal  0.348836 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4164  formyltetrahydrofolate deformylase  63.76 
 
 		 287 aa  381  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.500211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2764  formyltetrahydrofolate deformylase  65.59 
 
 		 283 aa  383  1e-105  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.999032  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2382  formyltetrahydrofolate deformylase  64.11 
 
 		 285 aa  378  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1883  formyltetrahydrofolate deformylase  62.54 
 
 		 291 aa  378  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0189555 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5709  formyltetrahydrofolate deformylase  62.37 
 
 		 287 aa  377  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.506805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1583  formyltetrahydrofolate deformylase  60.98 
 
 		 287 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4562  formyltetrahydrofolate deformylase  60.28 
 
 		 287 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1577  formyltetrahydrofolate deformylase  61.32 
 
 		 287 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.621505 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5699  formyltetrahydrofolate deformylase  61.32 
 
 		 287 aa  362  4e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1157  formyltetrahydrofolate deformylase  61.79 
 
 		 284 aa  359  2e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.604603  normal  0.183465 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1943  formyltetrahydrofolate deformylase  59.43 
 
 		 286 aa  351  8.999999999999999e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000066655 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1153  formyltetrahydrofolate deformylase  55.05 
 
 		 284 aa  343  2.9999999999999997e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.677496  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0941  formyltetrahydrofolate deformylase  59.57 
 
 		 283 aa  342  4e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.417344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2862  formyltetrahydrofolate deformylase  56.74 
 
 		 284 aa  337  1.9999999999999998e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.413616  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4112  formyltetrahydrofolate deformylase  55.09 
 
 		 289 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2074  formyltetrahydrofolate deformylase  54.33 
 
 		 288 aa  319  3e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2376  formyltetrahydrofolate deformylase  54.23 
 
 		 293 aa  319  3e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0552536 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2236  formyltetrahydrofolate deformylase  55.02 
 
 		 288 aa  319  3e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.0525619 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0336  formyltetrahydrofolate deformylase  54.77 
 
 		 287 aa  318  3.9999999999999996e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2830  formyltetrahydrofolate deformylase  54.12 
 
 		 294 aa  318  9e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.694192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2211  formyltetrahydrofolate deformylase  54.67 
 
 		 288 aa  317  1e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.308703  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1752  formyltetrahydrofolate deformylase  54.33 
 
 		 288 aa  317  1e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0606  formyltetrahydrofolate deformylase  54.74 
 
 		 289 aa  317  1e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930988 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0297  formyltetrahydrofolate deformylase  56.74 
 
 		 282 aa  315  7e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.338729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0419  formyltetrahydrofolate deformylase  54.9 
 
 		 282 aa  314  9e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0700542  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6004  formyltetrahydrofolate deformylase  53.05 
 
 		 293 aa  314  9.999999999999999e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.91162  normal  0.0315018 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0428  formyltetrahydrofolate deformylase  54.55 
 
 		 282 aa  313  1.9999999999999998e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2544  formyltetrahydrofolate deformylase  54.23 
 
 		 282 aa  312  2.9999999999999996e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.553017  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4789  formyltetrahydrofolate deformylase  55.71 
 
 		 285 aa  313  2.9999999999999996e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.284642  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3310  formyltetrahydrofolate deformylase  52.67 
 
 		 294 aa  312  4.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1873  formyltetrahydrofolate deformylase  53.98 
 
 		 288 aa  311  7.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00824927  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0411  formyltetrahydrofolate deformylase  52.88 
 
 		 295 aa  311  7.999999999999999e-84  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.789305  normal  0.762078 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7341  formyltetrahydrofolate deformylase  54.23 
 
 		 284 aa  311  9e-84  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0997377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6011  formyltetrahydrofolate deformylase  52.84 
 
 		 294 aa  310  1e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1110  formyltetrahydrofolate deformylase  52.61 
 
 		 303 aa  310  2.9999999999999997e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.344472  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0127  formyltetrahydrofolate deformylase  54.93 
 
 		 282 aa  309  4e-83  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.236113  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5642  formyltetrahydrofolate deformylase  51.6 
 
 		 294 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.60464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0648  formyltetrahydrofolate deformylase  55 
 
 		 282 aa  306  3e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.101006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2111  formyltetrahydrofolate deformylase  54.9 
 
 		 301 aa  306  3e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229424  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4496  formyltetrahydrofolate deformylase  50.71 
 
 		 294 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2993  formyltetrahydrofolate deformylase  53.87 
 
 		 280 aa  305  6e-82  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1081  formyltetrahydrofolate deformylase  54.64 
 
 		 307 aa  303  2.0000000000000002e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3290  formyltetrahydrofolate deformylase  53.93 
 
 		 282 aa  303  2.0000000000000002e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.38752 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0609  formyltetrahydrofolate deformylase  53.57 
 
 		 282 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3621  formyltetrahydrofolate deformylase  51.24 
 
 		 284 aa  302  4.0000000000000003e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.155921  normal  0.0233728 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3853  formyltetrahydrofolate deformylase  52.58 
 
 		 287 aa  301  6.000000000000001e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.565594  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28050  formyltetrahydrofolate deformylase  53.57 
 
 		 302 aa  301  6.000000000000001e-81  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0961827  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6579  formyltetrahydrofolate deformylase  49.82 
 
 		 294 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4957  normal  0.0500835 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3470  formyltetrahydrofolate deformylase  51.6 
 
 		 288 aa  299  3e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0706  formyltetrahydrofolate deformylase  54.23 
 
 		 282 aa  298  5e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6111  formyltetrahydrofolate deformylase  52.07 
 
 		 294 aa  298  6e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.481987  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0438  formyltetrahydrofolate deformylase  53.57 
 
 		 282 aa  298  7e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3546  formyltetrahydrofolate deformylase  53.12 
 
 		 295 aa  298  7e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.299703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3590  formyltetrahydrofolate deformylase  51.43 
 
 		 298 aa  298  7e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1303  formyltetrahydrofolate deformylase  53.29 
 
 		 295 aa  298  8e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.154885 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3699  formyltetrahydrofolate deformylase  52.5 
 
 		 303 aa  298  8e-80  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1628  formyltetrahydrofolate deformylase  51.8 
 
 		 298 aa  297  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0459247  normal  0.542854 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2971  formyltetrahydrofolate deformylase  52.65 
 
 		 294 aa  298  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.266607 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4206  formyltetrahydrofolate deformylase  50.54 
 
 		 294 aa  297  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2792  formyltetrahydrofolate deformylase  50.34 
 
 		 294 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.329734 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2167  formyltetrahydrofolate deformylase  50.34 
 
 		 294 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2781  formyltetrahydrofolate deformylase  50.34 
 
 		 294 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.184484  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1837  formyltetrahydrofolate deformylase  51.58 
 
 		 290 aa  296  4e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.457824  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2543  formyltetrahydrofolate deformylase  52.69 
 
 		 300 aa  295  5e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0154  formyltetrahydrofolate deformylase  51.43 
 
 		 283 aa  295  5e-79  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00603763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1458  formyltetrahydrofolate deformylase  50.53 
 
 		 294 aa  295  8e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2356  formyltetrahydrofolate deformylase  54.9 
 
 		 285 aa  294  9e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2482  formyltetrahydrofolate deformylase  50.7 
 
 		 292 aa  294  1e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4036  formyltetrahydrofolate deformylase  50.7 
 
 		 292 aa  294  1e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0534  formyltetrahydrofolate deformylase  50.34 
 
 		 294 aa  294  1e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2603  formyltetrahydrofolate deformylase  52.33 
 
 		 294 aa  293  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2699  formyltetrahydrofolate deformylase  50.34 
 
 		 294 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.622702  normal  0.252245 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2841  formyltetrahydrofolate deformylase  50.34 
 
 		 294 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1591  formyltetrahydrofolate deformylase  51.22 
 
 		 284 aa  293  2e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0556  formyltetrahydrofolate deformylase  51.23 
 
 		 297 aa  293  3e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1114  formyltetrahydrofolate deformylase  50.89 
 
 		 286 aa  292  3e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.851375  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2454  formyltetrahydrofolate deformylase  51.41 
 
 		 288 aa  292  4e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160682  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2226  formyltetrahydrofolate deformylase  51.57 
 
 		 288 aa  292  4e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0326176  normal  0.659595 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0944  formyltetrahydrofolate deformylase  52.33 
 
 		 294 aa  292  4e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2106  formyltetrahydrofolate deformylase  51.92 
 
 		 288 aa  291  7e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.815168  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3457  formyltetrahydrofolate deformylase  51.92 
 
 		 284 aa  291  7e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1631  formyltetrahydrofolate deformylase  50.54 
 
 		 300 aa  291  7e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043119  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0452  formyltetrahydrofolate deformylase  51.8 
 
 		 286 aa  291  7e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2873  formyltetrahydrofolate deformylase  52.33 
 
 		 282 aa  291  1e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.571166  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0189  formyltetrahydrofolate deformylase  50.36 
 
 		 284 aa  291  1e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00979575 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0496  formyltetrahydrofolate deformylase  51.21 
 
 		 293 aa  291  1e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.275042  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2613  formyltetrahydrofolate deformylase  51.8 
 
 		 294 aa  291  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.705504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4904  formyltetrahydrofolate deformylase  51.8 
 
 		 294 aa  291  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00495  formyltetrahydrofolate deformylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G11620)  49.49 
 
 		 289 aa  290  2e-77  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.39908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0591  formyltetrahydrofolate deformylase  51.9 
 
 		 293 aa  290  2e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.232311  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0748  formyltetrahydrofolate deformylase  50.88 
 
 		 291 aa  290  2e-77  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.811069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0607  formyltetrahydrofolate deformylase  51.9 
 
 		 293 aa  290  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0777  formyltetrahydrofolate deformylase  51.9 
 
 		 293 aa  290  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1522  formyltetrahydrofolate deformylase  51.57 
 
 		 287 aa  290  2e-77  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2756  formyltetrahydrofolate deformylase  50.88 
 
 		 288 aa  289  4e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0690  formyltetrahydrofolate deformylase  51.24 
 
 		 286 aa  289  5.0000000000000004e-77  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3983  formyltetrahydrofolate deformylase  51.24 
 
 		 285 aa  288  5.0000000000000004e-77  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.523347 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0852  formyltetrahydrofolate deformylase  50.53 
 
 		 294 aa  288  9e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631909  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>