More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1943 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1943  formyltetrahydrofolate deformylase  100 
 
 
286 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.00000066655 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2862  formyltetrahydrofolate deformylase  64.98 
 
 
284 aa  387  1e-107  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.413616  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0941  formyltetrahydrofolate deformylase  64.06 
 
 
283 aa  375  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.417344  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1157  formyltetrahydrofolate deformylase  63.57 
 
 
284 aa  365  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.604603  normal  0.183465 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4704  formyltetrahydrofolate deformylase  58.95 
 
 
289 aa  363  2e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.452468  normal  0.348836 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4164  formyltetrahydrofolate deformylase  58.97 
 
 
287 aa  361  7.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.500211  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5709  formyltetrahydrofolate deformylase  60.35 
 
 
287 aa  360  1e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.506805  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2382  formyltetrahydrofolate deformylase  59.66 
 
 
285 aa  356  1.9999999999999998e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4562  formyltetrahydrofolate deformylase  59.72 
 
 
287 aa  354  6.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1153  formyltetrahydrofolate deformylase  57.95 
 
 
284 aa  354  1e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.677496  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1145  formyltetrahydrofolate deformylase  59.43 
 
 
287 aa  351  8.999999999999999e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.857181  normal  0.75307 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1583  formyltetrahydrofolate deformylase  58.25 
 
 
287 aa  350  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1883  formyltetrahydrofolate deformylase  58.51 
 
 
291 aa  345  4e-94  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0189555 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1577  formyltetrahydrofolate deformylase  56.49 
 
 
287 aa  343  1e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.621505 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2764  formyltetrahydrofolate deformylase  57.14 
 
 
283 aa  330  2e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.999032  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5699  formyltetrahydrofolate deformylase  53.29 
 
 
287 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7341  formyltetrahydrofolate deformylase  51.76 
 
 
284 aa  301  1e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0997377  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0452  formyltetrahydrofolate deformylase  53.96 
 
 
286 aa  296  3e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4112  formyltetrahydrofolate deformylase  50.52 
 
 
289 aa  295  7e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0606  formyltetrahydrofolate deformylase  50.52 
 
 
289 aa  293  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00930988 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3470  formyltetrahydrofolate deformylase  51.4 
 
 
288 aa  293  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0419  formyltetrahydrofolate deformylase  51.25 
 
 
282 aa  293  3e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0700542  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2111  formyltetrahydrofolate deformylase  52.86 
 
 
301 aa  292  4e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229424  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2544  formyltetrahydrofolate deformylase  50.54 
 
 
282 aa  291  7e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.553017  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0336  formyltetrahydrofolate deformylase  50.52 
 
 
287 aa  291  9e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0428  formyltetrahydrofolate deformylase  50.89 
 
 
282 aa  291  1e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2376  formyltetrahydrofolate deformylase  52.45 
 
 
293 aa  290  2e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0552536 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4206  formyltetrahydrofolate deformylase  50.36 
 
 
294 aa  288  5.0000000000000004e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6579  formyltetrahydrofolate deformylase  50 
 
 
294 aa  288  9e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4957  normal  0.0500835 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6004  formyltetrahydrofolate deformylase  51.43 
 
 
293 aa  287  1e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.91162  normal  0.0315018 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0438  formyltetrahydrofolate deformylase  51.96 
 
 
282 aa  287  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1837  formyltetrahydrofolate deformylase  51.23 
 
 
290 aa  287  1e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.457824  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0297  formyltetrahydrofolate deformylase  51.6 
 
 
282 aa  285  5.999999999999999e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.338729  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5642  formyltetrahydrofolate deformylase  49.82 
 
 
294 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.60464  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0609  formyltetrahydrofolate deformylase  50.89 
 
 
282 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2236  formyltetrahydrofolate deformylase  50.18 
 
 
288 aa  283  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.0525619 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0127  formyltetrahydrofolate deformylase  51.96 
 
 
282 aa  283  2.0000000000000002e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.236113  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1752  formyltetrahydrofolate deformylase  50.17 
 
 
288 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2211  formyltetrahydrofolate deformylase  50.17 
 
 
288 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.308703  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1081  formyltetrahydrofolate deformylase  52.16 
 
 
307 aa  282  4.0000000000000003e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3620  formyltetrahydrofolate deformylase  48.42 
 
 
292 aa  282  4.0000000000000003e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2074  formyltetrahydrofolate deformylase  50.17 
 
 
288 aa  282  5.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437396  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2106  formyltetrahydrofolate deformylase  50.88 
 
 
288 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.815168  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1873  formyltetrahydrofolate deformylase  49.83 
 
 
288 aa  281  7.000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00824927  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0556  formyltetrahydrofolate deformylase  51.43 
 
 
297 aa  280  1e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2993  formyltetrahydrofolate deformylase  52.5 
 
 
280 aa  280  1e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1114  formyltetrahydrofolate deformylase  49.47 
 
 
286 aa  280  1e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.851375  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0065  formyltetrahydrofolate deformylase  50.35 
 
 
290 aa  280  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.957043 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4789  formyltetrahydrofolate deformylase  52.28 
 
 
285 aa  280  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.284642  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3457  formyltetrahydrofolate deformylase  50.88 
 
 
284 aa  280  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4812  formyltetrahydrofolate deformylase  49.13 
 
 
290 aa  279  3e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896795  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0706  formyltetrahydrofolate deformylase  50.18 
 
 
282 aa  279  4e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0534  formyltetrahydrofolate deformylase  47.96 
 
 
294 aa  279  4e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232127  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0411  formyltetrahydrofolate deformylase  47.6 
 
 
295 aa  279  5e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.789305  normal  0.762078 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0154  formyltetrahydrofolate deformylase  48.94 
 
 
283 aa  278  5e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00603763  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3853  formyltetrahydrofolate deformylase  48.6 
 
 
287 aa  278  6e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.565594  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3699  formyltetrahydrofolate deformylase  49.47 
 
 
303 aa  278  6e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2792  formyltetrahydrofolate deformylase  48.3 
 
 
294 aa  278  6e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.329734 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3590  formyltetrahydrofolate deformylase  50.53 
 
 
298 aa  278  7e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0648  formyltetrahydrofolate deformylase  49.64 
 
 
282 aa  278  8e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.101006  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2830  formyltetrahydrofolate deformylase  50.18 
 
 
294 aa  278  8e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.694192  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0944  formyltetrahydrofolate deformylase  49.29 
 
 
294 aa  277  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2167  formyltetrahydrofolate deformylase  48.3 
 
 
294 aa  277  1e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3621  formyltetrahydrofolate deformylase  46.64 
 
 
284 aa  278  1e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.155921  normal  0.0233728 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2781  formyltetrahydrofolate deformylase  48.3 
 
 
294 aa  277  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.184484  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2603  formyltetrahydrofolate deformylase  49.29 
 
 
294 aa  276  2e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426643  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3310  formyltetrahydrofolate deformylase  49.1 
 
 
294 aa  276  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2094  formyltetrahydrofolate deformylase  48.41 
 
 
298 aa  276  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0689957  normal  0.0344586 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3292  formyltetrahydrofolate deformylase  48.79 
 
 
292 aa  276  3e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.68244  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6111  formyltetrahydrofolate deformylase  48.3 
 
 
294 aa  276  3e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.481987  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2613  formyltetrahydrofolate deformylase  49.47 
 
 
294 aa  276  3e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.705504  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4904  formyltetrahydrofolate deformylase  49.47 
 
 
294 aa  276  3e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4496  formyltetrahydrofolate deformylase  48.24 
 
 
294 aa  276  4e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6011  formyltetrahydrofolate deformylase  49.46 
 
 
294 aa  275  4e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1458  formyltetrahydrofolate deformylase  49.65 
 
 
294 aa  276  4e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2454  formyltetrahydrofolate deformylase  49.3 
 
 
288 aa  275  5e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160682  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0213  formyltetrahydrofolate deformylase  50 
 
 
283 aa  275  9e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.543031 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28050  formyltetrahydrofolate deformylase  50 
 
 
302 aa  274  1.0000000000000001e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0961827  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3290  formyltetrahydrofolate deformylase  48.56 
 
 
282 aa  274  1.0000000000000001e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.38752 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1628  formyltetrahydrofolate deformylase  48.04 
 
 
298 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0459247  normal  0.542854 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2971  formyltetrahydrofolate deformylase  47.87 
 
 
294 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.266607 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1522  formyltetrahydrofolate deformylase  50.52 
 
 
287 aa  274  1.0000000000000001e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0482  formyltetrahydrofolate deformylase  49.48 
 
 
291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2226  formyltetrahydrofolate deformylase  50 
 
 
288 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0326176  normal  0.659595 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0839  formyltetrahydrofolate deformylase  49.48 
 
 
291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2119  formyltetrahydrofolate deformylase  49.48 
 
 
291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.843106  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0751  formyltetrahydrofolate deformylase  49.48 
 
 
291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.194216  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0690  formyltetrahydrofolate deformylase  48.4 
 
 
286 aa  273  2.0000000000000002e-72  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0699  formyltetrahydrofolate deformylase  49.48 
 
 
291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.154521  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1968  formyltetrahydrofolate deformylase  49.48 
 
 
291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0467721  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0995  formyltetrahydrofolate deformylase  49.48 
 
 
291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.380176  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2699  formyltetrahydrofolate deformylase  47.28 
 
 
294 aa  273  3e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.622702  normal  0.252245 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2841  formyltetrahydrofolate deformylase  47.28 
 
 
294 aa  273  3e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1110  formyltetrahydrofolate deformylase  49.65 
 
 
303 aa  273  4.0000000000000004e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.344472  normal  0.241232 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2356  formyltetrahydrofolate deformylase  49.82 
 
 
285 aa  272  4.0000000000000004e-72  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3983  formyltetrahydrofolate deformylase  50.71 
 
 
285 aa  272  4.0000000000000004e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.523347 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0748  formyltetrahydrofolate deformylase  49.29 
 
 
291 aa  272  5.000000000000001e-72  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.811069  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1591  formyltetrahydrofolate deformylase  47.52 
 
 
284 aa  272  6e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1188  formyltetrahydrofolate deformylase  48.04 
 
 
286 aa  271  7e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000131662 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0174  formyltetrahydrofolate deformylase  48.42 
 
 
287 aa  271  8.000000000000001e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>