62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1020 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1020  hypothetical protein  100 
 
 		 435 aa  871    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6041  hypothetical protein  51.89 
 
 		 430 aa  381  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.753451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3748  hypothetical protein  51.05 
 
 		 432 aa  381  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3348  formate C-acetyltransferase glycine radical  53.04 
 
 		 429 aa  380  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.724632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1901  hypothetical protein  31.94 
 
 		 442 aa  252  1e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000424088 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4587  hypothetical protein  35.2 
 
 		 465 aa  230  4e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0145917 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3822  hypothetical protein  32.39 
 
 		 434 aa  220  5e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0468  hypothetical protein  32.3 
 
 		 442 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0953  hypothetical protein  31.69 
 
 		 459 aa  212  1e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.206093  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4135  hypothetical protein  30 
 
 		 451 aa  211  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.938574  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1341  hypothetical protein  29.19 
 
 		 448 aa  208  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000193144 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5129  hypothetical protein  32.91 
 
 		 487 aa  206  6e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.452166  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2732  hypothetical protein  33.11 
 
 		 454 aa  203  5e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0392  hypothetical protein  35.82 
 
 		 452 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3522  hypothetical protein  34.62 
 
 		 452 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00487246  normal  0.144649 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2678  hypothetical protein  31.19 
 
 		 448 aa  190  5e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.397076  normal  0.0401101 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0986  hypothetical protein  36.46 
 
 		 468 aa  187  4e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45143  predicted protein  29.84 
 
 		 457 aa  185  1.0000000000000001e-45  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.537975  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4215  hypothetical protein  30.68 
 
 		 443 aa  184  3e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.717116 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3825  Protein of unknown function DUF2254, membrane  32.35 
 
 		 452 aa  183  5.0000000000000004e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.4512  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3804  hypothetical protein  36.18 
 
 		 466 aa  181  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0535  hypothetical protein  32.38 
 
 		 540 aa  172  1e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.034175 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0547  hypothetical protein  32.09 
 
 		 559 aa  170  4e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11316  hypothetical protein  31.65 
 
 		 521 aa  169  8e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.792444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2389  hypothetical protein  29.51 
 
 		 444 aa  167  4e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2677  hypothetical protein  33.59 
 
 		 441 aa  166  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.385081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2648  hypothetical protein  33.59 
 
 		 451 aa  166  6.9999999999999995e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2693  hypothetical protein  33.59 
 
 		 451 aa  166  6.9999999999999995e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0705216  normal  0.0750468 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1733  hypothetical protein  33.5 
 
 		 451 aa  154  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1980  hypothetical protein  32.62 
 
 		 447 aa  147  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.258182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1904  N-6 Adenine-specific DNA methylase  28.02 
 
 		 445 aa  138  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.919082 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2028  N-6 adenine-specific DNA methylase  28.47 
 
 		 431 aa  132  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.144009 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1106  hypothetical protein  23.57 
 
 		 432 aa  123  7e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1106  hypothetical protein  23.57 
 
 		 432 aa  122  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06095  hypothetical protein  23.06 
 
 		 429 aa  121  3e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3134  hypothetical protein  26.99 
 
 		 420 aa  103  4e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.142583  decreased coverage  0.0000406172 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2932  hypothetical protein  28 
 
 		 421 aa  102  9e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0142508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0508  hypothetical protein  30.59 
 
 		 437 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0148293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1379  membrane protein-like protein  28.5 
 
 		 442 aa  101  2e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0469638  normal  0.415968 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002432  predicted membrane protein  25.06 
 
 		 422 aa  99.4  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.268557  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3329  hypothetical protein  26.21 
 
 		 429 aa  97.8  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3284  hypothetical protein  27.63 
 
 		 431 aa  96.3  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0320918  normal  0.738751 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2342  hypothetical protein  28.26 
 
 		 411 aa  95.9  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0185425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1931  membrane protein  24.68 
 
 		 429 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1905  membrane protein  24.01 
 
 		 429 aa  92.8  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1264  hypothetical protein  26.62 
 
 		 429 aa  91.3  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.937612  normal  0.593096 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1938  membrane protein  23.78 
 
 		 421 aa  91.3  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.890047 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2388  hypothetical protein  23.78 
 
 		 429 aa  90.9  4e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1348  hypothetical protein  28.21 
 
 		 429 aa  90.5  5e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1214  hypothetical protein  26.65 
 
 		 443 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.213973  normal  0.677617 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1425  hypothetical protein  26.42 
 
 		 429 aa  89  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0016  hypothetical protein  28.13 
 
 		 429 aa  86.7  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2990  cellulose binding, type IV  25.68 
 
 		 414 aa  85.5  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.99957  hitchhiker  0.00000012817 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2428  membrane protein-like  25.06 
 
 		 438 aa  84.3  0.000000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.577913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2274  hypothetical protein  26.67 
 
 		 394 aa  82.8  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.433332  normal  0.375315 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02018  predicted membrane protein  26.1 
 
 		 435 aa  82  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.439665  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4849  hypothetical protein  24.17 
 
 		 425 aa  80.5  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0898  hypothetical protein  29.5 
 
 		 432 aa  78.2  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2825  membrane protein-like protein  25.57 
 
 		 426 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261788 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1190  membrane protein  25.52 
 
 		 419 aa  65.1  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2628  membrane protein-like protein  41.77 
 
 		 125 aa  61.6  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000115122  hitchhiker  0.00240187 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1877  hypothetical protein  24.62 
 
 		 424 aa  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.706063  normal  0.740241 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>