61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0508 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0508  hypothetical protein  100 
 
 		 437 aa  870    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0148293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3284  hypothetical protein  46.68 
 
 		 431 aa  347  2e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0320918  normal  0.738751 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1264  hypothetical protein  45.61 
 
 		 429 aa  341  2e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.937612  normal  0.593096 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1425  hypothetical protein  46.21 
 
 		 429 aa  339  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4849  hypothetical protein  42.44 
 
 		 425 aa  330  3e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002432  predicted membrane protein  43.37 
 
 		 422 aa  325  8.000000000000001e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.268557  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1214  hypothetical protein  45.67 
 
 		 443 aa  325  1e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.213973  normal  0.677617 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3329  hypothetical protein  45 
 
 		 429 aa  322  7e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1348  hypothetical protein  41.81 
 
 		 429 aa  296  3e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0016  hypothetical protein  41.57 
 
 		 429 aa  293  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1905  membrane protein  38.69 
 
 		 429 aa  286  7e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1931  membrane protein  38.69 
 
 		 429 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2388  hypothetical protein  38.69 
 
 		 429 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1938  membrane protein  38.44 
 
 		 421 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.890047 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02018  predicted membrane protein  35.31 
 
 		 435 aa  267  2e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.439665  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2825  membrane protein-like protein  39.81 
 
 		 426 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261788 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2342  hypothetical protein  42.39 
 
 		 411 aa  246  4e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0185425  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1190  membrane protein  39.48 
 
 		 419 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2990  cellulose binding, type IV  36.09 
 
 		 414 aa  228  1e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.99957  hitchhiker  0.00000012817 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2274  hypothetical protein  37.77 
 
 		 394 aa  218  1e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.433332  normal  0.375315 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1877  hypothetical protein  35.43 
 
 		 424 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.706063  normal  0.740241 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1020  hypothetical protein  30.59 
 
 		 435 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1901  hypothetical protein  26.28 
 
 		 442 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000424088 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6041  hypothetical protein  28.76 
 
 		 430 aa  104  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.753451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2389  hypothetical protein  29.68 
 
 		 444 aa  103  5e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1904  N-6 Adenine-specific DNA methylase  26.47 
 
 		 445 aa  103  6e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.919082 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3748  hypothetical protein  28.49 
 
 		 432 aa  96.7  7e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3522  hypothetical protein  29.69 
 
 		 452 aa  92.4  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00487246  normal  0.144649 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4135  hypothetical protein  29.34 
 
 		 451 aa  91.3  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.938574  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4587  hypothetical protein  26.75 
 
 		 465 aa  90.9  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0145917 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0468  hypothetical protein  29.45 
 
 		 442 aa  90.9  4e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3348  formate C-acetyltransferase glycine radical  30.94 
 
 		 429 aa  90.1  7e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.724632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3825  Protein of unknown function DUF2254, membrane  28.88 
 
 		 452 aa  88.6  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.4512  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5129  hypothetical protein  26.94 
 
 		 487 aa  88.2  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.452166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1341  hypothetical protein  23.14 
 
 		 448 aa  87.8  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000193144 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45143  predicted protein  27.24 
 
 		 457 aa  86.7  7e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.537975  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0953  hypothetical protein  28.05 
 
 		 459 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.206093  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0392  hypothetical protein  29.43 
 
 		 452 aa  85.5  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3822  hypothetical protein  26.8 
 
 		 434 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0535  hypothetical protein  24.73 
 
 		 540 aa  80.9  0.00000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.034175 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2678  hypothetical protein  25.07 
 
 		 448 aa  80.1  0.00000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.397076  normal  0.0401101 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0986  hypothetical protein  25.3 
 
 		 468 aa  78.6  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2732  hypothetical protein  27.11 
 
 		 454 aa  79  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2693  hypothetical protein  27.09 
 
 		 451 aa  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0705216  normal  0.0750468 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2677  hypothetical protein  26.94 
 
 		 441 aa  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.385081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2648  hypothetical protein  27.09 
 
 		 451 aa  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2428  membrane protein-like  27.98 
 
 		 438 aa  75.1  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.577913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4215  hypothetical protein  26.58 
 
 		 443 aa  73.6  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.717116 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0547  hypothetical protein  23.5 
 
 		 559 aa  73.2  0.00000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3804  hypothetical protein  26.38 
 
 		 466 aa  71.6  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11316  hypothetical protein  26.18 
 
 		 521 aa  68.6  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.792444  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1106  hypothetical protein  24.53 
 
 		 432 aa  67  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1106  hypothetical protein  24.35 
 
 		 432 aa  65.1  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2028  N-6 adenine-specific DNA methylase  24.53 
 
 		 431 aa  63.9  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.144009 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1733  hypothetical protein  27.75 
 
 		 451 aa  60.1  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06095  hypothetical protein  23.2 
 
 		 429 aa  58.9  0.0000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1980  hypothetical protein  25.19 
 
 		 447 aa  57  0.0000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.258182  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1379  membrane protein-like protein  23.03 
 
 		 442 aa  49.7  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0469638  normal  0.415968 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2932  hypothetical protein  29.23 
 
 		 421 aa  46.6  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0142508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0898  hypothetical protein  38.1 
 
 		 432 aa  46.6  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3134  hypothetical protein  24.91 
 
 		 420 aa  43.9  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.142583  decreased coverage  0.0000406172 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>