62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3329 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3329  hypothetical protein  100 
 
 		 429 aa  861    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4849  hypothetical protein  48.67 
 
 		 425 aa  395  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3284  hypothetical protein  50.12 
 
 		 431 aa  388  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0320918  normal  0.738751 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002432  predicted membrane protein  47.38 
 
 		 422 aa  373  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.268557  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1264  hypothetical protein  49.4 
 
 		 429 aa  363  5.0000000000000005e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.937612  normal  0.593096 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1425  hypothetical protein  48.92 
 
 		 429 aa  362  6e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1214  hypothetical protein  48.15 
 
 		 443 aa  355  1e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.213973  normal  0.677617 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0508  hypothetical protein  45.06 
 
 		 437 aa  305  1.0000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0148293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1905  membrane protein  37.8 
 
 		 429 aa  276  6e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2388  hypothetical protein  37.56 
 
 		 429 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1931  membrane protein  37.56 
 
 		 429 aa  272  7e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1938  membrane protein  37.32 
 
 		 421 aa  271  2e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.890047 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2825  membrane protein-like protein  39.47 
 
 		 426 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261788 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0016  hypothetical protein  38.33 
 
 		 429 aa  257  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1348  hypothetical protein  38.95 
 
 		 429 aa  257  3e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02018  predicted membrane protein  36.22 
 
 		 435 aa  253  3e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.439665  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2342  hypothetical protein  41.54 
 
 		 411 aa  249  7e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0185425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2990  cellulose binding, type IV  37.78 
 
 		 414 aa  238  1e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.99957  hitchhiker  0.00000012817 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1190  membrane protein  39.11 
 
 		 419 aa  231  2e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2274  hypothetical protein  39.23 
 
 		 394 aa  224  2e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.433332  normal  0.375315 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1877  hypothetical protein  34.6 
 
 		 424 aa  191  2e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.706063  normal  0.740241 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2389  hypothetical protein  30.61 
 
 		 444 aa  110  4.0000000000000004e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4587  hypothetical protein  27.9 
 
 		 465 aa  104  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0145917 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1904  N-6 Adenine-specific DNA methylase  27.25 
 
 		 445 aa  103  7e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.919082 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1901  hypothetical protein  26.27 
 
 		 442 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000424088 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4135  hypothetical protein  24.26 
 
 		 451 aa  101  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.938574  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2693  hypothetical protein  28.3 
 
 		 451 aa  97.1  5e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0705216  normal  0.0750468 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2648  hypothetical protein  28.3 
 
 		 451 aa  97.1  5e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2677  hypothetical protein  28.53 
 
 		 441 aa  96.7  7e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.385081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1341  hypothetical protein  25.62 
 
 		 448 aa  95.9  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000193144 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0468  hypothetical protein  26.5 
 
 		 442 aa  95.1  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1020  hypothetical protein  26.21 
 
 		 435 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2732  hypothetical protein  28.04 
 
 		 454 aa  94.7  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45143  predicted protein  26.76 
 
 		 457 aa  93.6  7e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.537975  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6041  hypothetical protein  26.33 
 
 		 430 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.753451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4215  hypothetical protein  24.94 
 
 		 443 aa  92  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.717116 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0986  hypothetical protein  28.12 
 
 		 468 aa  92  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3348  formate C-acetyltransferase glycine radical  29.6 
 
 		 429 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.724632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0392  hypothetical protein  26.15 
 
 		 452 aa  92  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3804  hypothetical protein  27.1 
 
 		 466 aa  89  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3822  hypothetical protein  27.4 
 
 		 434 aa  87.8  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3522  hypothetical protein  26.13 
 
 		 452 aa  87.4  4e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00487246  normal  0.144649 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5129  hypothetical protein  26.84 
 
 		 487 aa  84.3  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.452166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3748  hypothetical protein  26.33 
 
 		 432 aa  83.2  0.000000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3825  Protein of unknown function DUF2254, membrane  29.45 
 
 		 452 aa  80.9  0.00000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.4512  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2028  N-6 adenine-specific DNA methylase  26.98 
 
 		 431 aa  75.9  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.144009 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1733  hypothetical protein  27.95 
 
 		 451 aa  75.9  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11316  hypothetical protein  26.18 
 
 		 521 aa  75.1  0.000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.792444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1980  hypothetical protein  25.94 
 
 		 447 aa  74.7  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.258182  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1106  hypothetical protein  28.47 
 
 		 432 aa  74.3  0.000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1379  membrane protein-like protein  26.42 
 
 		 442 aa  73.6  0.000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0469638  normal  0.415968 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0535  hypothetical protein  23.67 
 
 		 540 aa  72.4  0.00000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.034175 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0953  hypothetical protein  25.69 
 
 		 459 aa  72  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.206093  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2678  hypothetical protein  25.44 
 
 		 448 aa  71.6  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.397076  normal  0.0401101 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1106  hypothetical protein  27.76 
 
 		 432 aa  71.6  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2428  membrane protein-like  28.98 
 
 		 438 aa  71.6  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.577913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0547  hypothetical protein  23.31 
 
 		 559 aa  69.7  0.0000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06095  hypothetical protein  20.74 
 
 		 429 aa  67.8  0.0000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3134  hypothetical protein  25.29 
 
 		 420 aa  64.3  0.000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.142583  decreased coverage  0.0000406172 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0898  hypothetical protein  28.04 
 
 		 432 aa  63.2  0.000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2932  hypothetical protein  31.82 
 
 		 421 aa  58.2  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0142508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2628  membrane protein-like protein  38.81 
 
 		 125 aa  45.4  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000115122  hitchhiker  0.00240187 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>