72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3925 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3925  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 		 101 aa  203  8e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.406637  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4364  anti-sigma-factor antagonist  98.02 
 
 		 101 aa  199  8e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1503  anti-sigma-factor antagonist  98.02 
 
 		 101 aa  199  8e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.696241  normal  0.186135 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3689  anti-sigma-factor antagonist  95.05 
 
 		 101 aa  193  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1541  anti-sigma-factor antagonist (STAS)  73.27 
 
 		 99 aa  152  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.875009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2820  anti-sigma-factor antagonist  67.33 
 
 		 101 aa  142  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0314331 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34370  antisigma-factor antagonist STAS domain protein  65.35 
 
 		 101 aa  141  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20770  hypothetical protein  63.37 
 
 		 101 aa  136  7e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1783  hypothetical protein  62.38 
 
 		 101 aa  135  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1992  anti-sigma-factor antagonist  63 
 
 		 107 aa  128  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3452  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  62.14 
 
 		 115 aa  124  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.466044  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1963  STAS domain protein  60.4 
 
 		 100 aa  122  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.259711  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3441  anti-sigma-factor antagonist  50.51 
 
 		 100 aa  99.8  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2158  anti-sigma-factor antagonist  46 
 
 		 101 aa  91.7  3e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.809632  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2416  anti-sigma-factor antagonist  46 
 
 		 112 aa  90.9  5e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.015086 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3579  anti-sigma-factor antagonist  45.56 
 
 		 105 aa  90.5  7e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2180  flagellar basal-body rod protein FlgB  48.51 
 
 		 129 aa  89.4  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0733  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  46.6 
 
 		 101 aa  87  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.515917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1593  anti-sigma-factor antagonist  40.59 
 
 		 101 aa  80.5  0.000000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1038  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  39.6 
 
 		 100 aa  78.2  0.00000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01716  putative anti-sigma factor antagonist  41 
 
 		 101 aa  77.8  0.00000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0440  anti-sigma-factor antagonist  43.43 
 
 		 101 aa  74.7  0.0000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0996499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0156  putative anti-sigma F factor antagonist  38 
 
 		 99 aa  70.5  0.000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2957  anti-sigma-factor antagonist  35.63 
 
 		 100 aa  67.4  0.00000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2225  anti-sigma-factor antagonist  41.86 
 
 		 100 aa  65.9  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.999685 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3296  anti-sigma-factor antagonist  34.12 
 
 		 92 aa  63.2  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3533  hypothetical protein  40.22 
 
 		 126 aa  63.5  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0945  anti-anti-sigma regulatory factor  32.65 
 
 		 104 aa  61.6  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000959965  hitchhiker  0.00175597 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3117  anti-anti-sigma regulatory factor  36.36 
 
 		 99 aa  62  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3069  hypothetical protein  33.66 
 
 		 109 aa  59.3  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401391 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1390  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  33.33 
 
 		 96 aa  58.2  0.00000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0946  anti-sigma F factor antagonist, putative  36.08 
 
 		 104 aa  57  0.00000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000349571  hitchhiker  0.00179777 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3203  anti-sigma-factor antagonist  35.96 
 
 		 109 aa  54.7  0.0000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000161401 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2150  anti-sigma-factor antagonist  33.72 
 
 		 99 aa  53.9  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.302168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2107  SpoIIAA family protein  34.09 
 
 		 96 aa  52.8  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2095  SpoIIAA family protein  34.09 
 
 		 94 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2250  SpoIIAA family protein  34.09 
 
 		 94 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0929846  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2367  SpoIIAA family protein  34.09 
 
 		 94 aa  52.4  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00979283  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2118  SpoIIAA family protein  35.56 
 
 		 94 aa  52.8  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0411  hypothetical protein  31.82 
 
 		 121 aa  52.4  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.368048  normal  0.907384 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2937  anti-sigma-factor antagonist  27.78 
 
 		 101 aa  48.5  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1498  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  29.17 
 
 		 113 aa  48.5  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2804  anti-sigma-factor antagonist  31.76 
 
 		 145 aa  47.8  0.00006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0398  anti-sigma-factor antagonist  27.17 
 
 		 105 aa  47  0.00009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.113145  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1315  sulphate transporter  31.33 
 
 		 520 aa  46.6  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2094  anti-sigma-factor antagonist  29.29 
 
 		 104 aa  45.8  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000638227  normal  0.178484 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1691  anti-sigma-factor antagonist  31.11 
 
 		 125 aa  46.2  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0136319  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2188  anti-sigma-factor antagonist  22.68 
 
 		 117 aa  45.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000563626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2221  anti-sigma-factor antagonist  32.18 
 
 		 97 aa  44.7  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2096  anti-sigma-factor antagonist  32.18 
 
 		 97 aa  44.3  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1878  anti-sigma-factor antagonist  32.18 
 
 		 97 aa  44.3  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.838395  normal  0.900553 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2671  anti-sigma-factor antagonist  31.65 
 
 		 119 aa  43.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4483  anti-sigma-factor antagonist  30.23 
 
 		 119 aa  42.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.882697  normal  0.29064 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0007  anti-sigma-factor antagonist  22.45 
 
 		 101 aa  42.4  0.002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000178812  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0152  anti-sigma-factor antagonist  34.04 
 
 		 134 aa  42.7  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0196  anti-sigma-factor antagonist  30.11 
 
 		 115 aa  42.7  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1771  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  30.21 
 
 		 102 aa  42.7  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3867  Anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)-like protein  25.51 
 
 		 114 aa  42  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0564534  normal  0.0300049 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0872  anti-sigma-factor antagonist  30.23 
 
 		 120 aa  42  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7188  anti-sigma-factor antagonist  25.51 
 
 		 115 aa  42  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0024  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  25 
 
 		 105 aa  42  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1103  anti-sigma-factor antagonist  28.71 
 
 		 112 aa  41.6  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1663  anti-sigma-factor antagonist  26.8 
 
 		 111 aa  41.6  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.457146  normal  0.122734 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1827  anti-sigma-factor antagonist  29.41 
 
 		 115 aa  41.6  0.004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2505  sulphate transporter  30.68 
 
 		 519 aa  41.6  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3055  anti-sigma factor antagonist  35.71 
 
 		 151 aa  41.2  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1451  hypothetical protein  25.88 
 
 		 98 aa  40.8  0.006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1556  sulphate transporter  27.71 
 
 		 568 aa  40.8  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.902777  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2198  anti-sigma-factor antagonist  24.72 
 
 		 146 aa  40.8  0.007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2616  anti-sigma-factor antagonist  27.55 
 
 		 111 aa  40.8  0.007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2031  sulphate transporter  27.27 
 
 		 518 aa  40.4  0.008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.62655  normal  0.79554 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2635  sulphate transporter  27.27 
 
 		 518 aa  40.4  0.008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000740978  normal  0.0190825 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>