More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0697 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0697  malate dehydrogenase  100 
 
 		 309 aa  621  1e-177  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0687  malate dehydrogenase  93.85 
 
 		 309 aa  587  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.663685  normal  0.0260965 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0654  malate dehydrogenase  93.17 
 
 		 278 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2802  malate dehydrogenase, NAD-dependent  57.52 
 
 		 311 aa  342  5e-93  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2971  malate dehydrogenase, NAD-dependent  58.31 
 
 		 307 aa  337  9.999999999999999e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.184219  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2377  malate dehydrogenase, NAD-dependent  56.35 
 
 		 307 aa  337  9.999999999999999e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.379215  normal  0.1398 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0253  malate dehydrogenase  46.58 
 
 		 309 aa  283  2.0000000000000002e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.041825  normal  0.0135962 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4206  malate dehydrogenase  45.13 
 
 		 314 aa  280  2e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0283  malate dehydrogenase  45.6 
 
 		 309 aa  280  3e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1121  malate dehydrogenase  48.32 
 
 		 309 aa  276  3e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4333  malate dehydrogenase  45.33 
 
 		 312 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4422  malate dehydrogenase  45 
 
 		 312 aa  272  5.000000000000001e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4723  malate dehydrogenase  45 
 
 		 312 aa  271  7e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4707  malate dehydrogenase  45 
 
 		 312 aa  271  7e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000597561 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4486  malate dehydrogenase  45 
 
 		 312 aa  271  7e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4321  malate dehydrogenase  45 
 
 		 312 aa  271  7e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4702  malate dehydrogenase  45 
 
 		 312 aa  271  7e-72  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.842149  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4837  malate dehydrogenase  45 
 
 		 312 aa  271  7e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4718  malate dehydrogenase  45 
 
 		 312 aa  271  7e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0536  malate dehydrogenase  45 
 
 		 312 aa  271  7e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00988703 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0912  malate dehydrogenase, NAD-dependent  47.06 
 
 		 312 aa  268  1e-70  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0881394  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3276  malate dehydrogenase  43 
 
 		 312 aa  268  1e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2290  malate dehydrogenase  44.16 
 
 		 309 aa  265  5e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.974079 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0347  malate dehydrogenase  42.16 
 
 		 313 aa  264  1e-69  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.536254  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1088  malate dehydrogenase, NAD-dependent  43.97 
 
 		 316 aa  264  1e-69  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00100592  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1867  malate dehydrogenase  44.41 
 
 		 308 aa  262  4.999999999999999e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00765461  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1951  malate dehydrogenase (NAD)  43.62 
 
 		 308 aa  261  1e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.800681 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2677  malate dehydrogenase  43.14 
 
 		 312 aa  260  2e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1029  malate dehydrogenase  42.35 
 
 		 310 aa  260  3e-68  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00758057  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0783  malate dehydrogenase  43 
 
 		 312 aa  259  3e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0862  malate dehydrogenase  43.32 
 
 		 310 aa  259  4e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0390301  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0832  malate dehydrogenase  41.37 
 
 		 310 aa  257  1e-67  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.328831  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2347  malate dehydrogenase, NAD-dependent  46.53 
 
 		 311 aa  257  2e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3020  malate dehydrogenase (NAD)  44.01 
 
 		 312 aa  256  5e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4129  malate dehydrogenase  41.45 
 
 		 320 aa  255  6e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1656  malate dehydrogenase, NAD-dependent  45.07 
 
 		 312 aa  255  6e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0930  malate dehydrogenase  42.11 
 
 		 320 aa  255  7e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1856  malate dehydrogenase  42.11 
 
 		 320 aa  254  1.0000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1510  malate dehydrogenase  42.35 
 
 		 310 aa  254  1.0000000000000001e-66  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0354026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1587  malate dehydrogenase, NAD-dependent  42.57 
 
 		 320 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.295644  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1927  malate dehydrogenase  41.78 
 
 		 320 aa  253  3e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0022  malate dehydrogenase  43.23 
 
 		 321 aa  253  3e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2374  malate dehydrogenase, NAD-dependent  42.02 
 
 		 311 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2829  malate dehydrogenase (NAD)  40.89 
 
 		 320 aa  253  4.0000000000000004e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0561  malate dehydrogenase  43.38 
 
 		 320 aa  251  8.000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.394685  normal  0.500877 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2193  malate dehydrogenase  40.63 
 
 		 318 aa  250  2e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000748395  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1603  malate dehydrogenase  42.02 
 
 		 310 aa  249  3e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1325  malate dehydrogenase  40.95 
 
 		 317 aa  249  3e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000410815 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1466  malate dehydrogenase  41.27 
 
 		 317 aa  249  4e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0862702  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3395  malate dehydrogenase  41.25 
 
 		 321 aa  249  5e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2900  malate dehydrogenase  40.95 
 
 		 317 aa  248  8e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000048511  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1048  malate dehydrogenase  43.61 
 
 		 319 aa  248  8e-65  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.466907  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1713  malate dehydrogenase  41.37 
 
 		 310 aa  248  1e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.905202  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1643  malate dehydrogenase, NAD-dependent  41.53 
 
 		 320 aa  247  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.160131  normal  0.329919 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2185  malate dehydrogenase  42.21 
 
 		 312 aa  246  2e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1900  malate dehydrogenase  40.39 
 
 		 310 aa  246  2e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1925  malate dehydrogenase, NAD-dependent  41.53 
 
 		 320 aa  247  2e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.282591  normal  0.451174 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1123  malate dehydrogenase, NAD-dependent  40.58 
 
 		 320 aa  246  3e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117995  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1748  malate dehydrogenase  42.86 
 
 		 307 aa  246  3e-64  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.747056 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0187  malate dehydrogenase  40.47 
 
 		 322 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.433088  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2944  malate dehydrogenase  41.78 
 
 		 320 aa  245  6e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.533999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5004  malate dehydrogenase  41.67 
 
 		 320 aa  245  6e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0539  malate dehydrogenase, NAD-dependent  42.72 
 
 		 320 aa  245  6e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0522  malate dehydrogenase, NAD-dependent  42.72 
 
 		 320 aa  245  6e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1799  malate dehydrogenase, NAD-dependent  38.56 
 
 		 320 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2327  malate dehydrogenase  40.32 
 
 		 317 aa  244  9.999999999999999e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000213554  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0080  malate dehydrogenase  42.05 
 
 		 320 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0919  malate dehydrogenase, NAD-dependent  41.85 
 
 		 320 aa  242  5e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0994344 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0968  malate dehydrogenase  39.74 
 
 		 338 aa  242  6e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3685  malate dehydrogenase  40.79 
 
 		 320 aa  242  7e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1626  malate dehydrogenase  41.56 
 
 		 312 aa  242  7e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3974  malate dehydrogenase  40.79 
 
 		 320 aa  242  7e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.342256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2628  malate dehydrogenase  39.74 
 
 		 320 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4459  malate dehydrogenase, NAD-dependent  42.14 
 
 		 309 aa  241  1e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.688925 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2161  malate dehydrogenase, NAD-dependent  40.58 
 
 		 320 aa  241  1e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.515147 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1450  malate dehydrogenase, NAD-dependent  39.94 
 
 		 333 aa  241  1e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1273  malate dehydrogenase  41.88 
 
 		 324 aa  240  2e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.570878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2876  malate dehydrogenase  41.39 
 
 		 320 aa  240  2e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2255  malate dehydrogenase  37.86 
 
 		 311 aa  239  5e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4496  malate dehydrogenase, NAD-dependent  42.47 
 
 		 313 aa  239  5e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.794515 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0153  malate dehydrogenase  42.24 
 
 		 321 aa  239  5e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3517  malate dehydrogenase  40.06 
 
 		 320 aa  238  6.999999999999999e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.734695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0864  malate dehydrogenase, NAD-dependent  39.67 
 
 		 312 aa  238  6.999999999999999e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343298 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2178  malate dehydrogenase, NAD-dependent  40.07 
 
 		 326 aa  238  1e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00838959 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0194  malate dehydrogenase  40.13 
 
 		 322 aa  237  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2234  malate dehydrogenase  41.88 
 
 		 312 aa  237  2e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2322  malate dehydrogenase  41.88 
 
 		 312 aa  237  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0749738  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0535  malate dehydrogenase  39.94 
 
 		 322 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1589  malate dehydrogenase  40.26 
 
 		 316 aa  237  2e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0268739 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1360  malate dehydrogenase  39.37 
 
 		 317 aa  236  3e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000756192  hitchhiker  0.0000000000000730576 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0281  malate dehydrogenase  39.3 
 
 		 322 aa  235  6e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1649  malate dehydrogenase  40.13 
 
 		 316 aa  234  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2226  malate dehydrogenase  40.13 
 
 		 316 aa  234  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.773058  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1037  malate dehydrogenase  37.38 
 
 		 318 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.217027  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0956  malate dehydrogenase, NAD-dependent  39.46 
 
 		 315 aa  234  2.0000000000000002e-60  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0545  malate dehydrogenase  39.3 
 
 		 322 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.557349  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1722  malate dehydrogenase  40.13 
 
 		 316 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0624  malate dehydrogenase  40.74 
 
 		 332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000517637  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0451  malate dehydrogenase  40.59 
 
 		 307 aa  232  7.000000000000001e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1121  malate dehydrogenase  37.75 
 
 		 316 aa  231  8.000000000000001e-60  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>