More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0535 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0535  malate dehydrogenase  100 
 
 		 322 aa  641    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0187  malate dehydrogenase  94.1 
 
 		 322 aa  616  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.433088  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0281  malate dehydrogenase  97.83 
 
 		 322 aa  613  1e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0545  malate dehydrogenase  93.17 
 
 		 322 aa  594  1e-169  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.557349  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0194  malate dehydrogenase  93.17 
 
 		 322 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0392  malate dehydrogenase  92.24 
 
 		 322 aa  580  1e-164  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.293299  normal  0.208989 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0419  malate dehydrogenase  89.75 
 
 		 322 aa  573  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.425489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1856  malate dehydrogenase  83.07 
 
 		 320 aa  538  9.999999999999999e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0930  malate dehydrogenase  82.76 
 
 		 320 aa  538  9.999999999999999e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1927  malate dehydrogenase  82.45 
 
 		 320 aa  534  1e-151  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0022  malate dehydrogenase  79.31 
 
 		 321 aa  528  1e-149  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3395  malate dehydrogenase  78.06 
 
 		 321 aa  520  1e-146  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4129  malate dehydrogenase  79.31 
 
 		 320 aa  518  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3604  malate dehydrogenase, NAD-dependent  81.39 
 
 		 320 aa  508  1e-143  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.321555  normal  0.254256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1587  malate dehydrogenase, NAD-dependent  77.74 
 
 		 320 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.295644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0153  malate dehydrogenase  78.37 
 
 		 321 aa  499  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1450  malate dehydrogenase, NAD-dependent  76.03 
 
 		 333 aa  500  1e-140  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2944  malate dehydrogenase  78.06 
 
 		 320 aa  499  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.533999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3685  malate dehydrogenase  78.37 
 
 		 320 aa  494  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3974  malate dehydrogenase  78.37 
 
 		 320 aa  494  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.342256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1123  malate dehydrogenase, NAD-dependent  77.78 
 
 		 320 aa  489  1e-137  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117995  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1925  malate dehydrogenase, NAD-dependent  77.74 
 
 		 320 aa  489  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.282591  normal  0.451174 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0968  malate dehydrogenase  73.98 
 
 		 338 aa  488  1e-137  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1643  malate dehydrogenase, NAD-dependent  77.74 
 
 		 320 aa  489  1e-137  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.160131  normal  0.329919 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2628  malate dehydrogenase  73.98 
 
 		 320 aa  488  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2161  malate dehydrogenase, NAD-dependent  76.83 
 
 		 320 aa  487  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.515147 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2876  malate dehydrogenase  74.77 
 
 		 320 aa  484  1e-136  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0080  malate dehydrogenase  73.35 
 
 		 320 aa  484  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2501  malate dehydrogenase, NAD-dependent  75.7 
 
 		 321 aa  475  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.448823 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0818  malate dehydrogenase  73.65 
 
 		 320 aa  476  1e-133  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.68973 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3517  malate dehydrogenase  72.1 
 
 		 320 aa  475  1e-133  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.734695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0561  malate dehydrogenase  73.65 
 
 		 320 aa  475  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.394685  normal  0.500877 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0919  malate dehydrogenase, NAD-dependent  74.29 
 
 		 320 aa  474  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0994344 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2829  malate dehydrogenase (NAD)  73.04 
 
 		 320 aa  473  1e-132  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1300  malate dehydrogenase  72.73 
 
 		 320 aa  472  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1210  malate dehydrogenase  72.24 
 
 		 318 aa  450  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1182  malate dehydrogenase  68.65 
 
 		 320 aa  448  1e-125  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.333007  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2230  malate dehydrogenase  69.59 
 
 		 320 aa  447  1.0000000000000001e-124  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5004  malate dehydrogenase  68.57 
 
 		 320 aa  438  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1121  malate dehydrogenase  62.46 
 
 		 316 aa  433  1e-120  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1466  malate dehydrogenase  61.83 
 
 		 317 aa  397  1e-109  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0862702  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2193  malate dehydrogenase  60.06 
 
 		 318 aa  392  1e-108  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000748395  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1589  malate dehydrogenase  61.71 
 
 		 316 aa  392  1e-108  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0268739 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2327  malate dehydrogenase  60.57 
 
 		 317 aa  391  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000213554  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1325  malate dehydrogenase  60.57 
 
 		 317 aa  385  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000410815 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1649  malate dehydrogenase  60.44 
 
 		 316 aa  386  1e-106  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2226  malate dehydrogenase  60.44 
 
 		 316 aa  386  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.773058  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1722  malate dehydrogenase  60.44 
 
 		 316 aa  386  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1625  malate dehydrogenase  59.43 
 
 		 321 aa  382  1e-105  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000635356  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2900  malate dehydrogenase  60.57 
 
 		 317 aa  379  1e-104  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000048511  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1360  malate dehydrogenase  58.36 
 
 		 317 aa  379  1e-104  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000756192  hitchhiker  0.0000000000000730576 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0398  malate dehydrogenase  55.66 
 
 		 313 aa  376  1e-103  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2374  malate dehydrogenase, NAD-dependent  57.56 
 
 		 311 aa  372  1e-102  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1121  malate dehydrogenase  56.96 
 
 		 309 aa  370  1e-101  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4584  malate dehydrogenase, NAD-dependent  58.73 
 
 		 320 aa  358  7e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0641  malate dehydrogenase  55.34 
 
 		 313 aa  356  2.9999999999999997e-97  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1951  malate dehydrogenase (NAD)  55.37 
 
 		 308 aa  356  3.9999999999999996e-97  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.800681 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2185  malate dehydrogenase  61.76 
 
 		 312 aa  355  6.999999999999999e-97  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1626  malate dehydrogenase  62.75 
 
 		 312 aa  352  4e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1037  malate dehydrogenase  51.43 
 
 		 318 aa  345  6e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.217027  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4206  malate dehydrogenase  52.4 
 
 		 314 aa  343  2e-93  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1867  malate dehydrogenase  53.4 
 
 		 308 aa  342  5e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00765461  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0253  malate dehydrogenase  53.05 
 
 		 309 aa  342  7e-93  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.041825  normal  0.0135962 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2322  malate dehydrogenase  62.09 
 
 		 312 aa  341  9e-93  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0749738  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2234  malate dehydrogenase  62.09 
 
 		 312 aa  341  9e-93  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3276  malate dehydrogenase  52.56 
 
 		 312 aa  339  2.9999999999999998e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0283  malate dehydrogenase  52.08 
 
 		 309 aa  337  9.999999999999999e-92  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0783  malate dehydrogenase  52.41 
 
 		 312 aa  336  3.9999999999999995e-91  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2677  malate dehydrogenase  52.09 
 
 		 312 aa  333  2e-90  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0956  malate dehydrogenase, NAD-dependent  50.64 
 
 		 315 aa  333  2e-90  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4723  malate dehydrogenase  51.45 
 
 		 312 aa  332  7.000000000000001e-90  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4486  malate dehydrogenase  51.45 
 
 		 312 aa  332  7.000000000000001e-90  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4321  malate dehydrogenase  51.45 
 
 		 312 aa  332  7.000000000000001e-90  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4718  malate dehydrogenase  51.45 
 
 		 312 aa  332  7.000000000000001e-90  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4707  malate dehydrogenase  51.45 
 
 		 312 aa  332  7.000000000000001e-90  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000597561 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4837  malate dehydrogenase  51.45 
 
 		 312 aa  332  7.000000000000001e-90  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4702  malate dehydrogenase  51.45 
 
 		 312 aa  332  7.000000000000001e-90  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.842149  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0536  malate dehydrogenase  51.45 
 
 		 312 aa  332  7.000000000000001e-90  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00988703 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4422  malate dehydrogenase  51.13 
 
 		 312 aa  330  1e-89  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4333  malate dehydrogenase  51.45 
 
 		 312 aa  331  1e-89  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1510  malate dehydrogenase  50.17 
 
 		 310 aa  323  2e-87  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0354026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1900  malate dehydrogenase  50.96 
 
 		 310 aa  323  2e-87  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2178  malate dehydrogenase, NAD-dependent  49.67 
 
 		 326 aa  322  6e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00838959 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1029  malate dehydrogenase  50.31 
 
 		 310 aa  318  7e-86  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00758057  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0832  malate dehydrogenase  49.2 
 
 		 310 aa  315  5e-85  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.328831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2290  malate dehydrogenase  50.48 
 
 		 309 aa  314  9.999999999999999e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.974079 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0539  malate dehydrogenase, NAD-dependent  47.68 
 
 		 320 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0522  malate dehydrogenase, NAD-dependent  47.68 
 
 		 320 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1748  malate dehydrogenase  48.22 
 
 		 307 aa  305  7e-82  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.747056 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0912  malate dehydrogenase, NAD-dependent  48.57 
 
 		 312 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0881394  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1273  malate dehydrogenase  47.71 
 
 		 324 aa  303  3.0000000000000004e-81  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.570878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0862  malate dehydrogenase  45.19 
 
 		 310 aa  302  6.000000000000001e-81  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0390301  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0347  malate dehydrogenase  45.37 
 
 		 313 aa  301  1e-80  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.536254  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1713  malate dehydrogenase  50.17 
 
 		 310 aa  300  3e-80  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.905202  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1603  malate dehydrogenase  49.53 
 
 		 310 aa  300  3e-80  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2347  malate dehydrogenase, NAD-dependent  52.41 
 
 		 311 aa  293  3e-78  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1656  malate dehydrogenase, NAD-dependent  46.75 
 
 		 312 aa  282  7.000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1799  malate dehydrogenase, NAD-dependent  45.95 
 
 		 320 aa  281  1e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3020  malate dehydrogenase (NAD)  45.02 
 
 		 312 aa  276  4e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1088  malate dehydrogenase, NAD-dependent  42.58 
 
 		 316 aa  275  9e-73  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00100592  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>