More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2197 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_2197  tyrosyl-tRNA synthetase  100 
 
 
414 aa  852    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0747984  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1709  tyrosyl-tRNA synthetase  46.42 
 
 
413 aa  375  1e-103  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000941896  normal  0.172619 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2388  tyrosyl-tRNA synthetase  46.04 
 
 
406 aa  374  1e-102  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.262104  normal  0.700315 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1490  tyrosyl-tRNA synthetase  44.94 
 
 
404 aa  355  5.999999999999999e-97  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1368  tyrosyl-tRNA synthetase  44.55 
 
 
432 aa  353  2e-96  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0107166  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1034  tyrosyl-tRNA synthetase  45.95 
 
 
413 aa  351  1e-95  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1647  tyrosyl-tRNA synthetase  42.96 
 
 
407 aa  351  1e-95  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00531566  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05700  Tyrosyl-tRNA synthetase  43.24 
 
 
407 aa  350  2e-95  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0372  tyrosyl-tRNA synthetase  44.12 
 
 
421 aa  339  5.9999999999999996e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1110  tyrosine--tRNA ligase  42.82 
 
 
438 aa  339  5.9999999999999996e-92  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000317082  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3822  tyrosyl-tRNA synthetase  43.07 
 
 
404 aa  338  7e-92  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0387  tyrosyl-tRNA synthetase  43.84 
 
 
421 aa  336  5e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.523433  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0761  tyrosyl-tRNA synthetase  42.26 
 
 
402 aa  335  5.999999999999999e-91  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000977983  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1695  tyrosyl-tRNA synthetase  42.57 
 
 
405 aa  335  7e-91  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00574764  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1009  tyrosyl-tRNA synthetase  41.34 
 
 
403 aa  335  1e-90  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2123  tyrosyl-tRNA synthetase  43.35 
 
 
413 aa  335  1e-90  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0576  tyrosyl-tRNA synthetase  45.05 
 
 
396 aa  333  4e-90  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0496  tyrosyl-tRNA synthetase  43.78 
 
 
392 aa  332  8e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.182891  normal  0.219144 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0228  tyrosyl-tRNA synthetase  45.07 
 
 
395 aa  332  9e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2348  tyrosyl-tRNA synthetase  42.62 
 
 
413 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0476  tyrosyl-tRNA synthetase  43.14 
 
 
413 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.209364  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3371  tyrosyl-tRNA synthetase  42.62 
 
 
413 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0306351  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2527  tyrosyl-tRNA synthetase  42.62 
 
 
413 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0006  tyrosyl-tRNA synthetase  43.63 
 
 
413 aa  328  1.0000000000000001e-88  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.274156  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0261  tyrosyl-tRNA synthetase  42.62 
 
 
413 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.668867  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1123  tyrosyl-tRNA synthetase  42.62 
 
 
413 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2560  tyrosyl-tRNA synthetase  42.24 
 
 
432 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.181889  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1240  tyrosyl-tRNA synthetase  42.24 
 
 
413 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0307967  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0417  tyrosyl-tRNA synthetase  41.47 
 
 
413 aa  327  2.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.117344 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3769  tyrosyl-tRNA synthetase  42.09 
 
 
413 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3412  tyrosyl-tRNA synthetase  42.38 
 
 
435 aa  326  5e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.899029  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0706  tyrosyl-tRNA synthetase  41.52 
 
 
406 aa  326  6e-88  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3406  tyrosyl-tRNA synthetase  42.38 
 
 
413 aa  325  7e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3350  tyrosyl-tRNA synthetase  42.21 
 
 
416 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0699695  hitchhiker  0.0000481251 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3373  tyrosyl-tRNA synthetase  42.79 
 
 
398 aa  323  3e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1881  tyrosyl-tRNA synthetase  42.89 
 
 
410 aa  323  3e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00141012  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3310  tyrosyl-tRNA synthetase  41.58 
 
 
404 aa  323  4e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0899529  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2700  tyrosyl-tRNA synthetase  41.85 
 
 
454 aa  323  5e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.62079 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0200  tyrosyl-tRNA synthetase  42.09 
 
 
413 aa  323  5e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0743273  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0683  tyrosyl-tRNA synthetase  42.09 
 
 
413 aa  323  5e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.483128  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0603  tyrosyl-tRNA synthetase  41.85 
 
 
413 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780429  normal  0.696088 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0611  tyrosyl-tRNA synthetase  42.17 
 
 
416 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.706339  normal  0.345444 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0577  tyrosyl-tRNA synthetase  41.85 
 
 
413 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.133514  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1102  tyrosyl-tRNA synthetase  41.63 
 
 
403 aa  322  9.999999999999999e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0362281  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0650  tyrosyl-tRNA synthetase  42.61 
 
 
413 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0691605  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4767  tyrosyl-tRNA synthetase  43.73 
 
 
399 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000195797  normal  0.701844 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1585  tyrosyl-tRNA synthetase  42.75 
 
 
410 aa  320  3.9999999999999996e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0249853  normal  0.548234 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0850  tyrosyl-tRNA synthetase  44.83 
 
 
399 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.508518  normal  0.448764 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0528  tyrosyl-tRNA synthetase  40.44 
 
 
405 aa  318  7.999999999999999e-86  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.445418  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0809  tyrosyl-tRNA synthetase  42.51 
 
 
399 aa  318  9e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.00020616  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1182  tyrosyl-tRNA synthetase  42.57 
 
 
403 aa  318  1e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000828541  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1811  tyrosyl-tRNA synthetase  39.16 
 
 
412 aa  318  1e-85  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000303004  normal  0.076359 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2348  tyrosyl-tRNA synthetase  40.69 
 
 
408 aa  317  2e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140569  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_541  tyrosyl-tRNA synthetase  44.11 
 
 
396 aa  318  2e-85  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.32758  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03412  tyrosyl-tRNA synthetase  43.35 
 
 
395 aa  317  3e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1949  tyrosyl-tRNA synthetase  41.52 
 
 
398 aa  316  4e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101397  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01620  tyrosyl-tRNA synthetase  41.77 
 
 
399 aa  316  4e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0637  tyrosyl-tRNA synthetase  43.56 
 
 
392 aa  316  6e-85  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0469  tyrosyl-tRNA synthetase  42.96 
 
 
399 aa  315  7e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.000000000169724  decreased coverage  0.000126716 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08560  tyrosyl-tRNA synthetase  42.75 
 
 
399 aa  315  7e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0100825  decreased coverage  0.000000000888942 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3502  tyrosyl-tRNA synthetase  41.42 
 
 
401 aa  315  7e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00208085  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0445  tyrosyl-tRNA synthetase  41.26 
 
 
405 aa  315  8e-85  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002596  tyrosyl-tRNA synthetase  43.1 
 
 
395 aa  315  9e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000034927  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0466  tyrosyl-tRNA synthetase  43 
 
 
399 aa  315  9e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000141551  normal  0.218715 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08370  tyrosyl-tRNA synthetase  43.21 
 
 
405 aa  315  9e-85  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.464474 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4727  tyrosyl-tRNA synthetase  42.82 
 
 
399 aa  315  9.999999999999999e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.964495  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0436  tyrosyl-tRNA synthetase  41.99 
 
 
399 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00177319  normal  0.0465602 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5098  tyrosyl-tRNA synthetase  43.24 
 
 
399 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000121242  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1104  tyrosyl-tRNA synthetase  43.39 
 
 
398 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.358597 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2405  tyrosyl-tRNA synthetase  42.54 
 
 
400 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000233958  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3927  tyrosyl-tRNA synthetase  42.75 
 
 
399 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000017019  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0632  tyrosyl-tRNA synthetase  41.63 
 
 
410 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5905  tyrosyl-tRNA synthetase  40.43 
 
 
410 aa  313  2.9999999999999996e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1546  tyrosyl-tRNA synthetase  41.44 
 
 
410 aa  313  3.9999999999999997e-84  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.211898  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0697  tyrosyl-tRNA synthetase  40.45 
 
 
400 aa  313  4.999999999999999e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000250226  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1212  tyrosyl-tRNA synthetase  42.39 
 
 
398 aa  312  6.999999999999999e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.513557  normal  0.0233716 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1237  tyrosyl-tRNA synthetase  42 
 
 
399 aa  312  7.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1139  tyrosyl-tRNA synthetase  41.38 
 
 
403 aa  311  1e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.147435  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1970  tyrosyl-tRNA synthetase  41.03 
 
 
403 aa  311  1e-83  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.362658  unclonable  0.00000174204 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4045  tyrosyl-tRNA synthetase  42.34 
 
 
410 aa  311  2e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.411426 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0611  tyrosyl-tRNA synthetase  41.39 
 
 
410 aa  311  2e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.166109  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1311  tyrosyl-tRNA synthetase  42.82 
 
 
388 aa  310  2e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000763452  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0995  tyrosyl-tRNA synthetase  42.16 
 
 
398 aa  311  2e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15334  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0601  tyrosyl-tRNA synthetase  44.11 
 
 
396 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00761156  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1808  tyrosyl-tRNA synthetase  39.8 
 
 
405 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3050  tyrosyl-tRNA synthetase  41.23 
 
 
398 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000057737  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02330  tyrosyl-tRNA synthetase  40.99 
 
 
403 aa  310  4e-83  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.083172  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1161  tyrosyl-tRNA synthetase  38.57 
 
 
402 aa  310  4e-83  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2810  tyrosyl-tRNA synthetase  42.12 
 
 
398 aa  310  4e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0678103  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0886  tyrosyl-tRNA synthetase  41.03 
 
 
396 aa  310  4e-83  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000451813  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1307  tyrosyl-tRNA synthetase  40.5 
 
 
395 aa  309  5e-83  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00344765  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2033  tyrosyl-tRNA synthetase  42.01 
 
 
398 aa  309  5.9999999999999995e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0657081  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0588  tyrosyl-tRNA synthetase  41.94 
 
 
403 aa  309  5.9999999999999995e-83  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00683761  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0628  tyrosyl-tRNA synthetase  41.21 
 
 
401 aa  309  6.999999999999999e-83  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4672  tyrosyl-tRNA synthetase  41.38 
 
 
410 aa  308  8e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0970  tyrosyl-tRNA synthetase  39.9 
 
 
403 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000274252  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0611  tyrosyl-tRNA synthetase  41.21 
 
 
401 aa  308  1.0000000000000001e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1022  tyrosyl-tRNA synthetase  42.08 
 
 
398 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0241609  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0861  tyrosyl-tRNA synthetase  40.19 
 
 
405 aa  307  3e-82  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2221  tyrosyl-tRNA synthetase  38.97 
 
 
414 aa  306  3e-82  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>