185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3483 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3483  dihydroorotate dehydrogenase  100 
 
 
359 aa  708    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.825522  normal  0.388068 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0832  dihydroorotate dehydrogenase family protein  27.08 
 
 
299 aa  98.2  2e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3011  dihydroorotate dehydrogenase family protein  29.18 
 
 
320 aa  89.4  9e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.124702 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2085  dihydroorotate dehydrogenase family protein  27.11 
 
 
381 aa  85.9  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00414883  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1466  dihydroorotate dehydrogenase 1B  27.86 
 
 
301 aa  84.7  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.831826  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1092  dihydroorotate dehydrogenase 1B  27.85 
 
 
311 aa  84  0.000000000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.149271  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1436  dihydroorotate dehydrogenase 1B  25.91 
 
 
304 aa  82.8  0.000000000000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.405217  normal  0.196798 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1198  dihydroorotate dehydrogenase 1B  26.32 
 
 
304 aa  82.4  0.00000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.770719  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0450  dihydroorotate dehydrogenase 1B  29.36 
 
 
304 aa  80.1  0.00000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.187702  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1225  dihydroorotate dehydrogenase 1B  26.71 
 
 
300 aa  79.7  0.00000000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0613844  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1769  dihydroorotate dehydrogenase family protein  29.14 
 
 
311 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.960944 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0729  dihydroorotate dehydrogenase 2  27.67 
 
 
334 aa  79.3  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.465044  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0472  dihydroorotate dehydrogenase 1B  25.51 
 
 
304 aa  78.6  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.730654  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1674  dihydroorotate dehydrogenase family protein  28.44 
 
 
290 aa  78.6  0.0000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.194018  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1244  dihydroorotate dehydrogenase 1B  26.42 
 
 
310 aa  78.2  0.0000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0444  dihydroorotate dehydrogenase  26.14 
 
 
390 aa  76.3  0.0000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.114446  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1424  dihydroorotate dehydrogenase 1B  22.12 
 
 
304 aa  75.9  0.000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.601121  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0163  dihydroorotate dehydrogenase 1B  25.2 
 
 
311 aa  73.6  0.000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000375439  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0912  dihydroorotate dehydrogenase 1B  25.4 
 
 
305 aa  72.8  0.000000000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.53908  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2533  dihydroorotate dehydrogenase 1B  27.24 
 
 
309 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2350  dihydroorotate dehydrogenase 1B  25.98 
 
 
305 aa  72  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.893945 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0947  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  26.93 
 
 
307 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.302447  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2064  dihydroorotate dehydrogenase 2  27.99 
 
 
330 aa  71.6  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.7981 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1785  dihydroorotate dehydrogenase 2  28.62 
 
 
330 aa  70.5  0.00000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0293555 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3711  dihydroorotate dehydrogenase 1B  25.71 
 
 
309 aa  70.5  0.00000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.657474  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1259  dihydroorotate dehydrogenase 1B  26.07 
 
 
309 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3929  dihydroorotate dehydrogenase 1B  26.17 
 
 
309 aa  70.1  0.00000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3735  dihydroorotate dehydrogenase 1B  26.17 
 
 
309 aa  70.1  0.00000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.329166  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3626  dihydroorotate dehydrogenase 1B  26.17 
 
 
309 aa  70.1  0.00000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3643  dihydroorotate dehydrogenase 1B  26.17 
 
 
309 aa  70.1  0.00000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2084  dihydroorotate dehydrogenase 2  26.19 
 
 
328 aa  70.1  0.00000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.231392  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4023  dihydroorotate dehydrogenase 1B  26.17 
 
 
309 aa  70.1  0.00000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2199  dihydropyrimidine dehydrogenase  25.53 
 
 
426 aa  69.7  0.00000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3898  dihydroorotate dehydrogenase 1B  26.17 
 
 
309 aa  70.1  0.00000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000211547 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3933  dihydroorotate dehydrogenase 1B  26.17 
 
 
309 aa  70.1  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3045  dihydroorotate dehydrogenase 2  25.74 
 
 
343 aa  69.7  0.00000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.675973  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2385  dihydroorotate dehydrogenase 2  25.86 
 
 
340 aa  69.7  0.00000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00885466 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1049  dihydroorotate dehydrogenase 1B  25.16 
 
 
313 aa  69.3  0.00000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3982  dihydroorotate dehydrogenase 1B  26.07 
 
 
309 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3448  dihydropyrimidine dehydrogenase  24.29 
 
 
422 aa  68.6  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.117206  normal  0.0570725 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2467  dihydroorotate dehydrogenase 2  25.92 
 
 
336 aa  68.2  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.7745  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1262  dihydroorotate dehydrogenase 2  22.6 
 
 
343 aa  67.8  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2712  dihydropyrimidine dehydrogenase  25.97 
 
 
434 aa  67  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.462922  normal  0.632693 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0389  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  25.08 
 
 
321 aa  66.2  0.0000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.42122  normal  0.593329 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0982  dihydroorotate dehydrogenase/oxidoreductase, FAD-binding  27.71 
 
 
591 aa  65.5  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0423353  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1743  dihydroorotate dehydrogenase family protein  22.31 
 
 
363 aa  65.5  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2213  dihydropyrimidine dehydrogenase  24.85 
 
 
429 aa  64.7  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2635  dihydroorotate dehydrogenase  25.87 
 
 
355 aa  64.7  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1572  dihydroorotate dehydrogenase family protein  22.73 
 
 
306 aa  65.1  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0950593  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2839  dihydroorotate dehydrogenase 2  25.08 
 
 
336 aa  64.7  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5681  dihydroorotate dehydrogenase family protein  28.53 
 
 
325 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00753595  normal  0.0457266 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1919  dihydroorotate dehydrogenase 1B  25.15 
 
 
313 aa  64.3  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5904  dihydroorotate dehydrogenase family protein  28.21 
 
 
325 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475547  hitchhiker  0.00651291 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4864  dihydroorotate dehydrogenase 2  27.12 
 
 
340 aa  63.5  0.000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4953  dihydroorotate dehydrogenase 2  27.12 
 
 
340 aa  63.5  0.000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.358997  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6035  dihydropyrimidine dehydrogenase  25 
 
 
441 aa  62.4  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.181923  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1380  dihydroorotate dehydrogenase family protein  23.05 
 
 
300 aa  62.4  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0618  dihydroorotate dehydrogenase family protein  23.17 
 
 
307 aa  62  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.056994  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05740  dihydropyrimidine dehydrogenase  26.05 
 
 
425 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.744293  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0606  dihydroorotate dehydrogenase  26 
 
 
332 aa  62  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1820  dihydroorotate dehydrogenase 1B  26.4 
 
 
305 aa  61.6  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0131374 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1458  dihydropyrimidine dehydrogenase  25.3 
 
 
434 aa  61.6  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.850585  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0540  dihydropyrimidine dehydrogenase  26.05 
 
 
424 aa  62  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727923  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1841  dihydroorotate dehydrogenase 1B  26.14 
 
 
305 aa  60.8  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000167258  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5232  dihydroorotate dehydrogenase 2  27.12 
 
 
340 aa  60.8  0.00000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.768004 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1183  dihydroorotate dehydrogenase 1B  24.85 
 
 
324 aa  60.8  0.00000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09420  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  27.24 
 
 
304 aa  60.5  0.00000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000187971  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2988  dihydroorotate dehydrogenase  26.84 
 
 
337 aa  60.1  0.00000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.101094 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2150  dihydroorotate dehydrogenase 1B  25.07 
 
 
305 aa  60.1  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000128716  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1390  dihydroorotate dehydrogenase family protein  23.01 
 
 
303 aa  59.7  0.00000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0045  dihydropyrimidine dehydrogenase  24.38 
 
 
437 aa  59.7  0.00000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4014  dihydroorotate dehydrogenase family protein  22.02 
 
 
314 aa  59.7  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2399  dihydroorotate dehydrogenase 1B  25.74 
 
 
305 aa  59.3  0.00000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.317433  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1644  dihydroorotate dehydrogenase 1A  22.29 
 
 
311 aa  59.3  0.00000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.95904  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1800  dihydropyrimidine dehydrogenase  25.31 
 
 
424 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.287074  normal  0.942647 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0125  dihydroorotate dehydrogenase 1B  30.32 
 
 
308 aa  58.9  0.0000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000118304  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1534  dihydropyrimidine dehydrogenase  29.65 
 
 
436 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.553983  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2333  dihydropyrimidine dehydrogenase  25.62 
 
 
411 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.757399  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2108  dihydroorotate dehydrogenase family protein  25.43 
 
 
461 aa  58.5  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.110161  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2534  dihydropyrimidine dehydrogenase  25.62 
 
 
411 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.666903  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2426  dihydropyrimidine dehydrogenase  25.62 
 
 
411 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1469  dihydroorotate dehydrogenase 1B  27.92 
 
 
311 aa  57.4  0.0000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0123797  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1363  dihydropyrimidine dehydrogenase  27.03 
 
 
432 aa  57.8  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.709069 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4038  dihydropyrimidine dehydrogenase  25 
 
 
424 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1686  dihydroorotate dehydrogenase 1B  26.9 
 
 
304 aa  57.4  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00226183  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2762  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  23.48 
 
 
303 aa  57  0.0000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1153  dihydroorotate dehydrogenase  24.51 
 
 
417 aa  56.6  0.0000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00356185  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5965  dihydropyrimidine dehydrogenase  29.65 
 
 
435 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.663226  normal  0.568701 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6712  dihydropyrimidine dehydrogenase  29.65 
 
 
437 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.302469 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5721  dihydropyrimidine dehydrogenase  29.65 
 
 
435 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.85505  normal  0.854887 
 
 
-
 
NC_002950  PG2055  dihydroorotate dehydrogenase 2  24.06 
 
 
326 aa  56.6  0.0000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.100405 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1595  dihydropyrimidine dehydrogenase  29.65 
 
 
437 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2422  dihydropyrimidine dehydrogenase  25.21 
 
 
411 aa  56.2  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6236  dihydropyrimidine dehydrogenase  29.65 
 
 
437 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.182337  normal  0.153451 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2377  dihydropyrimidine dehydrogenase  25.21 
 
 
411 aa  56.6  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.750594  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6656  dihydropyrimidine dehydrogenase  29.65 
 
 
438 aa  56.2  0.0000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.569417  normal  0.0129308 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3640  dihydropyrimidine dehydrogenase  25.46 
 
 
424 aa  56.2  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0957824  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0282  dihydropyrimidine dehydrogenase  25.3 
 
 
436 aa  55.8  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.384818  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3279  dihydropyrimidine dehydrogenase  24.38 
 
 
411 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.732887 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2281  dihydropyrimidine dehydrogenase  24.38 
 
 
411 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>