183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2988 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_2988  dihydroorotate dehydrogenase  100 
 
 
337 aa  672    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.101094 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0768  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.85 
 
 
333 aa  333  3e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3045  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.54 
 
 
343 aa  306  4.0000000000000004e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.675973  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0729  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.15 
 
 
334 aa  299  5e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.465044  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4110  dihydroorotate dehydrogenase 2  50.76 
 
 
336 aa  293  3e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.000291648  normal  0.122878 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16810  Dihydroorotate dehydrogenase  48.06 
 
 
332 aa  286  4e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2635  dihydroorotate dehydrogenase  45.37 
 
 
355 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1785  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.5 
 
 
330 aa  281  1e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0293555 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4864  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.87 
 
 
340 aa  279  5e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4953  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.87 
 
 
340 aa  279  5e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.358997  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5232  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.87 
 
 
340 aa  277  2e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.768004 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2064  dihydroorotate dehydrogenase 2  44.55 
 
 
330 aa  273  2.0000000000000002e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.7981 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1262  dihydroorotate dehydrogenase 2  43.24 
 
 
343 aa  269  4e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4370  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.76 
 
 
347 aa  265  5.999999999999999e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.184677 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0808  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.13 
 
 
328 aa  260  2e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.335542  normal  0.0281736 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0185  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.17 
 
 
339 aa  256  3e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.373887 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0190  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.17 
 
 
339 aa  256  3e-67  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0606  dihydroorotate dehydrogenase  44.01 
 
 
332 aa  255  8e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0762  dihydroorotate dehydrogenase 2  43.9 
 
 
328 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0813  dihydroorotate dehydrogenase 2  43.6 
 
 
328 aa  245  8e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.362668  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0809  dihydroorotate dehydrogenase 2  43.6 
 
 
328 aa  244  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0801526  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2385  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.3 
 
 
340 aa  243  1.9999999999999999e-63  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00885466 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2467  dihydroorotate dehydrogenase 2  41.21 
 
 
336 aa  239  5e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.7745  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2839  dihydroorotate dehydrogenase 2  38.44 
 
 
336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2219  dihydroorotate dehydrogenase 2  38.14 
 
 
328 aa  204  2e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.32415  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2084  dihydroorotate dehydrogenase 2  40.07 
 
 
328 aa  195  9e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.231392  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2055  dihydroorotate dehydrogenase 2  33.13 
 
 
326 aa  192  6e-48  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.100405 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2445  dihydroorotate dehydrogenase 2  38.02 
 
 
375 aa  187  2e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2471  dihydroorotate dehydrogenase 2  36.13 
 
 
328 aa  179  4e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000361805  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2085  dihydroorotate dehydrogenase family protein  34.97 
 
 
381 aa  169  9e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00414883  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0444  dihydroorotate dehydrogenase  29.91 
 
 
390 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.114446  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0832  dihydroorotate dehydrogenase family protein  26.91 
 
 
299 aa  80.5  0.00000000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1309  dihydropyrimidine dehydrogenase  24.7 
 
 
432 aa  80.5  0.00000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0121  dihydroorotate dehydrogenase family protein  23.25 
 
 
360 aa  78.6  0.0000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2377  dihydropyrimidine dehydrogenase  23.81 
 
 
411 aa  77.4  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.750594  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2333  dihydropyrimidine dehydrogenase  23.81 
 
 
411 aa  77.4  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.757399  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2422  dihydropyrimidine dehydrogenase  23.81 
 
 
411 aa  77.4  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2534  dihydropyrimidine dehydrogenase  23.81 
 
 
411 aa  77.4  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.666903  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2426  dihydropyrimidine dehydrogenase  23.51 
 
 
411 aa  76.6  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3711  dihydroorotate dehydrogenase 1B  28.98 
 
 
309 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.657474  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0824  dihydropyrimidine dehydrogenase  23.51 
 
 
411 aa  75.5  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2533  dihydroorotate dehydrogenase 1B  28.34 
 
 
309 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02076  dihydropyrimidine dehydrogenase  23.51 
 
 
411 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1511  dihydroorotate dehydrogenase family protein  23.51 
 
 
411 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.823928  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02035  hypothetical protein  23.51 
 
 
411 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3929  dihydroorotate dehydrogenase 1B  28.66 
 
 
309 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3735  dihydroorotate dehydrogenase 1B  28.66 
 
 
309 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.329166  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3626  dihydroorotate dehydrogenase 1B  28.66 
 
 
309 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3643  dihydroorotate dehydrogenase 1B  28.66 
 
 
309 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4023  dihydroorotate dehydrogenase 1B  28.66 
 
 
309 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2294  dihydropyrimidine dehydrogenase  23.51 
 
 
411 aa  74.3  0.000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00484206 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3898  dihydroorotate dehydrogenase 1B  28.66 
 
 
309 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000211547 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2281  dihydropyrimidine dehydrogenase  23.51 
 
 
411 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3279  dihydropyrimidine dehydrogenase  23.51 
 
 
411 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.732887 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3933  dihydroorotate dehydrogenase 1B  28.66 
 
 
309 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1259  dihydroorotate dehydrogenase 1B  29.25 
 
 
309 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0618  dihydroorotate dehydrogenase family protein  27.4 
 
 
307 aa  73.2  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.056994  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3426  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  25.63 
 
 
312 aa  73.6  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3011  dihydroorotate dehydrogenase family protein  27.9 
 
 
320 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.124702 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3982  dihydroorotate dehydrogenase 1B  29.25 
 
 
309 aa  72.8  0.000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2442  dihydropyrimidine dehydrogenase  23.51 
 
 
411 aa  72.8  0.000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1183  dihydroorotate dehydrogenase 1B  25.93 
 
 
324 aa  72  0.00000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1769  dihydroorotate dehydrogenase family protein  25.31 
 
 
311 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.960944 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1501  dihydropyrimidine dehydrogenase  23.21 
 
 
411 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1372  dihydroorotate dehydrogenase 1B  26.98 
 
 
310 aa  71.6  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000766739  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1092  dihydroorotate dehydrogenase 1B  30.81 
 
 
311 aa  71.6  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.149271  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1743  dihydroorotate dehydrogenase family protein  26.1 
 
 
363 aa  71.2  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1049  dihydroorotate dehydrogenase 1B  27.12 
 
 
313 aa  70.9  0.00000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2304  dihydroorotate dehydrogenase 1B  26.57 
 
 
304 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.268618  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1153  dihydroorotate dehydrogenase  26.39 
 
 
417 aa  69.7  0.00000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00356185  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1919  dihydroorotate dehydrogenase 1B  26.8 
 
 
313 aa  68.6  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0785  dihydroorotate dehydrogenase family protein  25.93 
 
 
299 aa  67.8  0.0000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0051  dihydroorotate dehydrogenase family protein  24.53 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2629  dihydroorotate dehydrogenase 1B  27.67 
 
 
304 aa  66.2  0.0000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.372998  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2127  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  29.58 
 
 
352 aa  65.9  0.0000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.95796 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1950  dihydroorotate dehydrogenase family protein  26.67 
 
 
297 aa  65.9  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000449747  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2150  dihydroorotate dehydrogenase 1B  25.4 
 
 
305 aa  65.5  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000128716  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2350  dihydroorotate dehydrogenase 1B  30.73 
 
 
305 aa  64.7  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.893945 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2762  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  24.52 
 
 
303 aa  63.9  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1225  dihydroorotate dehydrogenase 1B  28.11 
 
 
300 aa  63.9  0.000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0613844  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1686  dihydroorotate dehydrogenase 1B  26.64 
 
 
304 aa  63.5  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00226183  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1244  dihydroorotate dehydrogenase 1B  26.41 
 
 
310 aa  63.5  0.000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1161  dihydroorotate dehydrogenase family protein  29.78 
 
 
299 aa  63.2  0.000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.109193  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5681  dihydroorotate dehydrogenase family protein  26.57 
 
 
325 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00753595  normal  0.0457266 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1300  dihydroorotate dehydrogenase family protein  28.57 
 
 
307 aa  62  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3010  dihydroorotate dehydrogenase family protein  30.53 
 
 
336 aa  60.8  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0061654  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0947  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  25.61 
 
 
307 aa  60.8  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.302447  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2286  dihydroorotate dehydrogenase 1B  23.42 
 
 
300 aa  60.8  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000160117  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1382  dihydroorotate dehydrogenase 1B  24.37 
 
 
299 aa  60.5  0.00000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0126255  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1197  dihydroorotate dehydrogenase 1B  24.37 
 
 
299 aa  60.5  0.00000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0733416  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1495  dihydroorotate dehydrogenase family protein  27.23 
 
 
303 aa  60.5  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5904  dihydroorotate dehydrogenase family protein  26.47 
 
 
325 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475547  hitchhiker  0.00651291 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3279  dihydroorotate dehydrogenase 1  25.7 
 
 
321 aa  59.7  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1380  dihydroorotate dehydrogenase family protein  20.56 
 
 
300 aa  59.3  0.00000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2665  dihydroorotate dehydrogenase family protein  27.23 
 
 
322 aa  59.3  0.00000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1424  dihydroorotate dehydrogenase 1B  21.2 
 
 
304 aa  58.9  0.0000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.601121  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0389  dihydroorotate oxidase B, catalytic subunit  23.58 
 
 
321 aa  58.2  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.42122  normal  0.593329 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4014  dihydroorotate dehydrogenase family protein  27.23 
 
 
314 aa  57.8  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0450  dihydroorotate dehydrogenase 1B  27.39 
 
 
304 aa  58.5  0.0000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.187702  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0657  dihydroorotate dehydrogenase family protein  26.07 
 
 
300 aa  58.2  0.0000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.345915  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>