222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3105 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3105  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  100 
 
 
283 aa  576  1.0000000000000001e-163  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.937161  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0503  hypothetical protein  65.9 
 
 
252 aa  332  6e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2154  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  65.13 
 
 
252 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.29194  normal  0.080172 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3368  HupH hydrogenase expression protein  63.71 
 
 
245 aa  315  8e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.536952  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2180  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  50.43 
 
 
304 aa  238  1e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0673995  normal  0.302113 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1157  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  42.96 
 
 
295 aa  206  4e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.180993  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7258  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  32.61 
 
 
226 aa  113  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.453683  normal  0.45859 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4094  hypothetical protein  41.04 
 
 
165 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.69293  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1288  hypothetical protein  44.96 
 
 
158 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.159615  normal  0.692973 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3968  hypothetical protein  36.89 
 
 
183 aa  95.9  7e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50520  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein, HoxR  63.08 
 
 
72 aa  94.4  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0418213  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2022  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  60.29 
 
 
74 aa  90.1  4e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1289  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  56.52 
 
 
76 aa  88.6  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0226213  normal  0.669728 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3981  HupJ protein  42.15 
 
 
156 aa  87.4  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2003  rubredoxin  55.88 
 
 
69 aa  85.5  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165789  normal  0.805568 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2498  hypothetical protein  33.6 
 
 
215 aa  84.3  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.679047  normal  0.11682 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1967  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  56.92 
 
 
80 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.923056  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50510  hydrogenase expression/formation protein HoxT  42.61 
 
 
153 aa  82  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.024437  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1171  putative hydrogenase expression/formation protein HupJ  39.82 
 
 
176 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3982  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.94 
 
 
66 aa  80.1  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2021  hypothetical protein  36.07 
 
 
153 aa  78.2  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1170  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  60.71 
 
 
70 aa  77  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1163  HupJ protein  40.18 
 
 
174 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0481257  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3765  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  62.75 
 
 
70 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2818  hypothetical protein  34.68 
 
 
230 aa  75.5  0.0000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1162  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  55 
 
 
70 aa  75.5  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0573132  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1966  hypothetical protein  35.83 
 
 
180 aa  73.2  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.45855  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3764  putative hydrogenase expression/formation protein HupJ  38.71 
 
 
179 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2529  hydrogenase 2-specific chaperone  29.03 
 
 
186 aa  69.3  0.00000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.785718  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0332  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  60.87 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0245435  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2004  hydrogenase expression/formation  35.92 
 
 
167 aa  68.9  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268967  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3392  hydrogenase 2-specific chaperone  30.61 
 
 
162 aa  68.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.449761 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3318  hydrogenase 2-specific chaperone  30.61 
 
 
162 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000186738  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3493  hydrogenase 2-specific chaperone  30.61 
 
 
162 aa  68.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3327  hydrogenase 2-specific chaperone  30.61 
 
 
162 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.861923  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3398  hydrogenase 2-specific chaperone  31.58 
 
 
162 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1803  hydrogenase-1 operon protein HyaF2  48.28 
 
 
353 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.080124  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1645  hydrogenase-1 operon protein HyaF2  48.28 
 
 
353 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.714022  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1245  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  55.56 
 
 
284 aa  64.3  0.000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0468502  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1638  hydrogenase-1 operon protein HyaF2  49.09 
 
 
353 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.312684  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1704  hydrogenase-1 operon protein HyaF2  49.09 
 
 
353 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.605073  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1637  hydrogenase-1 operon protein HyaF2  49.09 
 
 
353 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1415  hydrogenase 2-specific chaperone  27.42 
 
 
158 aa  62  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02868  hydrogenase 2-specific chaperone  29.25 
 
 
162 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0704  hydrogenase-2 operon protein HybE  29.25 
 
 
162 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02817  hypothetical protein  29.25 
 
 
162 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3419  hydrogenase 2-specific chaperone  29.25 
 
 
162 aa  60.8  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3278  hydrogenase 2-specific chaperone  29.25 
 
 
162 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3461  hydrogenase 2-specific chaperone  29.25 
 
 
162 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0701  hydrogenase 2-specific chaperone  29.25 
 
 
162 aa  60.8  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1649  rubrerythrin  49.02 
 
 
238 aa  60.1  0.00000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.429351 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3172  hydrogenase 2-specific chaperone  29.7 
 
 
162 aa  60.1  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2653  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  54.17 
 
 
53 aa  59.3  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4304  hydrogenase 2-specific chaperone  28.3 
 
 
162 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.270108  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1288  flavin reductase-like, FMN-binding  53.33 
 
 
229 aa  57.8  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000609223 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0203  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  59.09 
 
 
52 aa  56.2  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0817  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  45.65 
 
 
115 aa  55.8  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.187939 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1179  rubredoxin  46.67 
 
 
138 aa  55.1  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1284  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  56.82 
 
 
53 aa  55.1  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000469047  hitchhiker  0.0000101386 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0630  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  46.94 
 
 
591 aa  55.1  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.123449  normal  0.0516378 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1538  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  46.94 
 
 
237 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.029752 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1511  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  46.94 
 
 
237 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2184  rubrerythrin  51.11 
 
 
243 aa  54.3  0.000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2533  rubrerythrin  53.33 
 
 
237 aa  54.7  0.000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0916  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  46.67 
 
 
59 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.602722 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2480  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  56.82 
 
 
52 aa  54.7  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22490  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  53.33 
 
 
53 aa  54.3  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000285186  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2226  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.89 
 
 
110 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.300994  normal  0.248438 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4853  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  46.55 
 
 
445 aa  53.9  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0852064 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0842  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  43.18 
 
 
63 aa  53.5  0.000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000763829  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2713  flavin reductase domain protein FMN-binding  51.11 
 
 
227 aa  53.5  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.120734 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4149  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  45.83 
 
 
115 aa  53.1  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4189  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  45.83 
 
 
115 aa  53.1  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.45545  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3080  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  51.02 
 
 
54 aa  53.1  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.3234  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4424  rubrerythrin  44.9 
 
 
237 aa  52.8  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27651  rubredoxin  52.27 
 
 
53 aa  52.8  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1857  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  45.65 
 
 
111 aa  52.8  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2937  rubredoxin  47.73 
 
 
53 aa  52.4  0.000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00804477  normal  0.0175439 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3194  rubredoxin  54.55 
 
 
52 aa  52.4  0.000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000000149179  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0466  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  51.11 
 
 
52 aa  52  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0615  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  50 
 
 
52 aa  51.2  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0090  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  56.82 
 
 
52 aa  51.2  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0916  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  50 
 
 
100 aa  50.8  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.537464  normal  0.0622882 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1288  rubredoxin  46.67 
 
 
288 aa  50.4  0.00003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1537  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  38.03 
 
 
237 aa  50.8  0.00003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0402296  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0272  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.27 
 
 
53 aa  50.8  0.00003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000689971  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2515  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.98 
 
 
53 aa  50.4  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.310481  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1321  rubredoxin  35.71 
 
 
490 aa  50.8  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.920008  normal  0.0714632 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2379  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  41.18 
 
 
493 aa  50.4  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.883563 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0253  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.27 
 
 
52 aa  50.8  0.00003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0973  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.89 
 
 
52 aa  50.8  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000000469593  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0270  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.27 
 
 
53 aa  50.8  0.00003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0460906  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1197  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  50 
 
 
52 aa  50.1  0.00004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.1609  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0750  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  54.55 
 
 
52 aa  50.4  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000427442 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0117  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.17 
 
 
52 aa  50.1  0.00004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.403873  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28841  rubredoxin:rubrerythrin:rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  46.67 
 
 
235 aa  50.4  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_9570  predicted protein  44.44 
 
 
93 aa  50.4  0.00004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.99715  normal  0.0887132 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1308  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  40 
 
 
444 aa  50.1  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0869  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.27 
 
 
52 aa  50.1  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000308024  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1125  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  47.73 
 
 
53 aa  49.7  0.00005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.228048  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>