243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1288 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_1288  rubredoxin  100 
 
 
288 aa  598  1e-170  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3171  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  54 
 
 
52 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000167353  normal  0.561512 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1288  flavin reductase-like, FMN-binding  25 
 
 
229 aa  67.4  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000609223 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22490  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.94 
 
 
53 aa  66.6  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000285186  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2713  flavin reductase domain protein FMN-binding  28.15 
 
 
227 aa  64.7  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.120734 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2186  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.94 
 
 
52 aa  64.3  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0152029  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0466  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  51.02 
 
 
52 aa  64.3  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1284  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  55.32 
 
 
53 aa  63.5  0.000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000469047  hitchhiker  0.0000101386 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0869  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  50 
 
 
52 aa  63.5  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000308024  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1245  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.98 
 
 
284 aa  62.8  0.000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0468502  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0973  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  53.06 
 
 
52 aa  62.8  0.000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000000469593  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2937  rubredoxin  52.83 
 
 
53 aa  62  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00804477  normal  0.0175439 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0270  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  53.06 
 
 
53 aa  60.8  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0460906  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0272  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  53.06 
 
 
53 aa  60.8  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000689971  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1052  rubredoxin  47.06 
 
 
52 aa  60.5  0.00000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0144051  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0847  rubredoxin  50 
 
 
52 aa  58.9  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4189  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  40.62 
 
 
115 aa  59.3  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.45545  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4149  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  40.62 
 
 
115 aa  59.3  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2515  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  46 
 
 
53 aa  58.9  0.00000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.310481  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2003  rubredoxin  53.33 
 
 
69 aa  58.9  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165789  normal  0.805568 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1197  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.08 
 
 
52 aa  58.5  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.1609  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4424  rubrerythrin  48.98 
 
 
237 aa  58.5  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0750  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.94 
 
 
52 aa  58.5  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000427442 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0620  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  51.06 
 
 
52 aa  58.9  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.343902  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0117  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  45.1 
 
 
52 aa  58.5  0.0000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.403873  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3344  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.94 
 
 
52 aa  58.5  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000210348  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3188  rubredoxin  48.94 
 
 
52 aa  57.8  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0735  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.94 
 
 
52 aa  58.2  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1125  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  47.92 
 
 
53 aa  58.2  0.0000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.228048  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0253  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  45.1 
 
 
52 aa  57.8  0.0000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0414  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  50 
 
 
52 aa  57  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0090  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  45.65 
 
 
52 aa  57.4  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3357  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  46 
 
 
52 aa  57  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0014  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  46.94 
 
 
52 aa  57  0.0000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.25088  normal  0.171003 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1443  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  47.92 
 
 
52 aa  56.6  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3765  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  44.44 
 
 
70 aa  56.2  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0677  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  47.06 
 
 
53 aa  56.2  0.0000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000269222  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1630  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  49.02 
 
 
54 aa  56.2  0.0000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3080  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  44.68 
 
 
54 aa  55.8  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.3234  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4069  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.94 
 
 
53 aa  56.2  0.0000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000133148  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0817  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  40.62 
 
 
115 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.187939 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1582  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  44.9 
 
 
54 aa  55.5  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3167  anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin  31.71 
 
 
479 aa  55.1  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0615  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  43.75 
 
 
52 aa  55.5  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2935  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  46.94 
 
 
53 aa  55.5  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1081  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  45.28 
 
 
54 aa  55.5  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0767205  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50520  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein, HoxR  51.11 
 
 
72 aa  55.1  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0418213  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0203  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  44.68 
 
 
52 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2013  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  50 
 
 
56 aa  55.5  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.269593  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2164  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  47.92 
 
 
52 aa  55.5  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0254  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48 
 
 
52 aa  55.1  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3982  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  44.9 
 
 
66 aa  54.3  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1472  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.94 
 
 
52 aa  54.7  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3930  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  46.94 
 
 
53 aa  54.3  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00186647 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2048  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  46.94 
 
 
52 aa  54.3  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.59994e-22 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2846  anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin  31.71 
 
 
479 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2022  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  44.9 
 
 
74 aa  54.3  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0916  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52.17 
 
 
59 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.602722 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27651  rubredoxin  48.94 
 
 
53 aa  53.9  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0979  beta-lactamase domain protein  30.49 
 
 
479 aa  53.5  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00228257  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0307  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  44.68 
 
 
52 aa  53.5  0.000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1002  anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin  30.49 
 
 
479 aa  53.5  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0118173  hitchhiker  0.000199326 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2994  anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin  30.49 
 
 
479 aa  53.5  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02560  anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin  30.49 
 
 
479 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.54657  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3960  anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin  30.49 
 
 
479 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3194  rubredoxin  42.55 
 
 
52 aa  53.1  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000000149179  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02525  hypothetical protein  30.49 
 
 
479 aa  53.1  0.000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.459726  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0139  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  47.83 
 
 
53 aa  53.1  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.43807 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2833  anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin  30.49 
 
 
479 aa  52.8  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0125184 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0886  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  51.02 
 
 
57 aa  53.1  0.000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1551  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  45.65 
 
 
50 aa  53.1  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00582708 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2184  rubrerythrin  50 
 
 
243 aa  52.8  0.000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0081  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  39.29 
 
 
642 aa  52.8  0.000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2960  anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin  36.36 
 
 
479 aa  52.8  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3260  anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin  36.21 
 
 
494 aa  52.8  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0437217  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1931  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  48.98 
 
 
65 aa  52.8  0.000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1321  rubredoxin  41.51 
 
 
490 aa  52.8  0.000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.920008  normal  0.0714632 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1857  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  44 
 
 
111 aa  52.4  0.000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2653  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  45.83 
 
 
53 aa  52.4  0.000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3026  anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin  36.36 
 
 
479 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000635155 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0332  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  47.83 
 
 
65 aa  52  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0245435  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2991  anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin  36.36 
 
 
479 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.69588  normal  0.0152929 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2480  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  44.68 
 
 
52 aa  52  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3368  HupH hydrogenase expression protein  44 
 
 
245 aa  52  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.536952  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3182  anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin  36.36 
 
 
482 aa  51.6  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1170  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  42 
 
 
70 aa  52  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2175  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  42.86 
 
 
52 aa  52  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.81123  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0782  rubredoxin  43.75 
 
 
53 aa  52  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0755  rubredoxin  38.78 
 
 
53 aa  52  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000950456  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0768  rubredoxin  43.75 
 
 
53 aa  52  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.108863  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1457  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  44.9 
 
 
58 aa  52.4  0.00001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.296231  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1537  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  42.55 
 
 
237 aa  52.4  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0402296  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3149  anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin  36.36 
 
 
479 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.540983  normal  0.0409708 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0147  rubredoxin  45.65 
 
 
52 aa  51.2  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2386  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  40.98 
 
 
65 aa  51.2  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.870937 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3502  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  39.62 
 
 
113 aa  51.2  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.373315 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_9570  predicted protein  39.22 
 
 
93 aa  51.2  0.00002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.99715  normal  0.0887132 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1473  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  42.55 
 
 
52 aa  50.4  0.00003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3222  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  42 
 
 
52 aa  50.8  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.798538  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3105  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  46.67 
 
 
283 aa  50.4  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.937161  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>