More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0208 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0208  NADH dehydrogenase I chain F  100 
 
 
425 aa  864    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0157  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  60.14 
 
 
422 aa  518  1e-146  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3441  NADH dehydrogenase I, F subunit  59.19 
 
 
423 aa  517  1.0000000000000001e-145  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0329  NADH dehydrogenase (quinone)  58.33 
 
 
433 aa  518  1.0000000000000001e-145  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0158  NADH dehydrogenase (quinone)  57.04 
 
 
421 aa  504  1e-141  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.589974 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0176  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  56.59 
 
 
421 aa  503  1e-141  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1355  NADH dehydrogenase I, F subunit  55.4 
 
 
427 aa  451  1e-125  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1123  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  53.53 
 
 
429 aa  451  1e-125  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1017  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  53.43 
 
 
425 aa  442  1e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3821  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.74 
 
 
426 aa  432  1e-120  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.400637  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2864  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.25 
 
 
454 aa  426  1e-118  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  hitchhiker  0.00675695 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1564  NADH dehydrogenase I subunit F  52.27 
 
 
461 aa  420  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1458  NADH dehydrogenase I subunit F  52.27 
 
 
461 aa  420  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1812  NADH dehydrogenase I subunit F  52.27 
 
 
461 aa  420  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.848425 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02209  NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F  50.71 
 
 
445 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1373  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.71 
 
 
445 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00215992  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2438  NADH dehydrogenase I subunit F  50.71 
 
 
445 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2577  NADH dehydrogenase I subunit F  50.71 
 
 
445 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.85076  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2828  NADH dehydrogenase I subunit F  51.18 
 
 
445 aa  416  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.208712  normal  0.514139 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2660  NADH dehydrogenase I subunit F  50.71 
 
 
445 aa  417  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.142172  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3423  NADH dehydrogenase I subunit F  50.71 
 
 
445 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2433  NADH dehydrogenase I subunit F  50.71 
 
 
445 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1368  NADH dehydrogenase I subunit F  50.71 
 
 
445 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.104051  normal  0.821975 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02169  hypothetical protein  50.71 
 
 
445 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1496  NADH dehydrogenase I subunit F  52.67 
 
 
449 aa  415  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.376582  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2563  NADH dehydrogenase I subunit F  50.47 
 
 
445 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2508  NADH dehydrogenase I subunit F  50.47 
 
 
445 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2552  NADH dehydrogenase I subunit F  50.47 
 
 
445 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.433687  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2670  NADH dehydrogenase I subunit F  50.47 
 
 
445 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.793863 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2463  NADH dehydrogenase I subunit F  50.47 
 
 
445 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.560534  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3304  NADH dehydrogenase I subunit F  50.12 
 
 
450 aa  412  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0360562  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2768  NADH dehydrogenase I subunit F  52.18 
 
 
449 aa  411  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.261993  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1017  NADH dehydrogenase I subunit F  52.4 
 
 
461 aa  411  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3618  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.81 
 
 
421 aa  411  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.997911  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28480  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.66 
 
 
449 aa  406  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5058  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.29 
 
 
439 aa  404  1e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2566  NADH dehydrogenase I subunit F  52.43 
 
 
448 aa  403  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0377  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.57 
 
 
444 aa  404  1e-111  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.372414  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4123  NADH dehydrogenase I subunit F  50.48 
 
 
453 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1869  NADH dehydrogenase I subunit F  50.48 
 
 
458 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.123144 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3695  NADH dehydrogenase I subunit F  50.48 
 
 
454 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.196409  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2416  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.21 
 
 
448 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0718255  normal  0.148536 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1742  NADH dehydrogenase I subunit F  50.48 
 
 
453 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00767478  normal  0.368262 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2690  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.03 
 
 
438 aa  393  1e-108  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.363357  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0714  NADH dehydrogenase (quinone)  53.69 
 
 
428 aa  395  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.934005  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4413  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  47.39 
 
 
433 aa  392  1e-108  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1116  NADH dehydrogenase (quinone)  48.79 
 
 
434 aa  392  1e-108  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1398  NADH dehydrogenase I subunit F  52.91 
 
 
449 aa  394  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.940574  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4067  NADH dehydrogenase (quinone)  50 
 
 
428 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0902793  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0589  NADH dehydrogenase (quinone)  47.41 
 
 
428 aa  390  1e-107  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.232944  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3369  NADH dehydrogenase I, F subunit  48.92 
 
 
452 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3201  NADH dehydrogenase I subunit F  48.92 
 
 
452 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103684  normal  0.0135586 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2546  NADH dehydrogenase I subunit F  51.58 
 
 
449 aa  387  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.698943  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3607  NADH dehydrogenase I subunit F  49.39 
 
 
451 aa  388  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2711  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.88 
 
 
444 aa  386  1e-106  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1955  NADH dehydrogenase (quinone)  51.91 
 
 
421 aa  388  1e-106  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0948172  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1613  NADH dehydrogenase (ubiquinone), F subunit  48.02 
 
 
422 aa  387  1e-106  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0550  NADH-quinone oxidoreductase chain F  48.02 
 
 
422 aa  388  1e-106  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.842517  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1044  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.99 
 
 
434 aa  382  1e-105  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1278  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.57 
 
 
444 aa  383  1e-105  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.327335  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2625  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.76 
 
 
427 aa  384  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0544  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.41 
 
 
448 aa  382  1e-105  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.789941 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2252  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.76 
 
 
427 aa  384  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000522116 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7686  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.06 
 
 
441 aa  381  1e-104  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0588  NADH dehydrogenase I, F subunit  46.65 
 
 
474 aa  379  1e-104  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1760  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.94 
 
 
426 aa  380  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0272  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  47.49 
 
 
434 aa  380  1e-104  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0525  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.21 
 
 
440 aa  380  1e-104  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4331  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.58 
 
 
441 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4354  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.58 
 
 
441 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.168378  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4199  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.58 
 
 
441 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0543  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.93 
 
 
443 aa  376  1e-103  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.315884  normal  0.338133 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1695  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.32 
 
 
537 aa  377  1e-103  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.316564  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0696  NADH dehydrogenase (quinone)  44.71 
 
 
545 aa  375  1e-103  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000417436  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0397  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.46 
 
 
706 aa  377  1e-103  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0577  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.41 
 
 
474 aa  375  1e-103  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3084  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.12 
 
 
422 aa  372  1e-102  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1241  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  47.93 
 
 
456 aa  374  1e-102  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07430  NADH dehydrogenase subunit F  48.53 
 
 
449 aa  372  1e-102  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0432719 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3128  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  47.86 
 
 
446 aa  374  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0914  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.57 
 
 
446 aa  373  1e-102  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0720  NADH dehydrogenase (quinone)  44.71 
 
 
545 aa  374  1e-102  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00999729  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0474  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.7 
 
 
448 aa  375  1e-102  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2238  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.12 
 
 
449 aa  370  1e-101  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2057  NADH dehydrogenase I chain F  45.5 
 
 
431 aa  369  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.728933  normal  0.0269366 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1886  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.73 
 
 
431 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.415851  normal  0.35892 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0286  NADH-quinone oxidoreductase subunit F  45.99 
 
 
428 aa  371  1e-101  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2209  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.73 
 
 
431 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.377911 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6089  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.68 
 
 
447 aa  371  1e-101  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0248618 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13171  NADH dehydrogenase I chain F nuoF (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain F)  48.59 
 
 
445 aa  370  1e-101  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0932  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.97 
 
 
431 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.5981  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1311  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  47.52 
 
 
439 aa  371  1e-101  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3862  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  47.25 
 
 
443 aa  371  1e-101  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1872  NADH-quinone oxidoreductase F subunit  46.92 
 
 
438 aa  371  1e-101  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.901047  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4348  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  47.26 
 
 
441 aa  370  1e-101  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.548898  normal  0.181766 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3224  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  47.94 
 
 
439 aa  368  1e-100  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762011 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5572  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.26 
 
 
436 aa  365  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.294569  normal  0.298665 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1096  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.29 
 
 
425 aa  366  1e-100  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.763284  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1377  NADH dehydrogenase I chain F  48.66 
 
 
448 aa  367  1e-100  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0721979  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2282  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.5 
 
 
436 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.502286  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>